GENOM 2005
Programm zur Analyse von Microarrays.
Genom 2005 ist ein komplexes, aber dennoch leicht zu bedienendes Programm zur Analyse von Microarray-Genexpressionsexperimenten (Affymetrix bzw. Ähnliche Technologien). Schwerpunkte: Funktionsvorhersage, Pathways, Cluster, Sequenzanalyse...
Genom 2005 ist ein komplexes, aber dennoch leicht zu bedienendes Programm zur Analyse von Microarray-Genexpressionsexperimenten (Affymetrix bzw. ähnliche Technologien).
Microarray DNA Analyse
Dies sieht zunächst wie eine gewöhnliche Exceltabelle aus. Jedoch werden hier automatisch die Farben der Signalwerte angepasst. Dadurch erhält man einen schnellen Überblick über die einzelnen Werte.
Genexpression im Diagramm
Dieses Diagramm zeigt für jedes Probeset einen Balken. Auffällige Regionen werden so, vor allem in einer Vergleichsansicht, schnell sichtbar.
3D-Ansicht
Es kann jedes Signal in einer 3D-Ansicht darstellt werden. Bei Vergleichen mit einem zweiten Array (Differenz bzw. Quotient) können "Ausreißer" schnell erkannt werden. Durch das Sortieren der Ansicht nach Genfunktionen oder chromosomaler Position ist ein weiterer Informationsgewinn gegeben.
Chromosomposition
Diese Ansicht zeigt Probesets, die nach ihrer chromosomalen Position sortiert sind. Schnell lassen sich auffällige Regionen erkennen.
Genexpression im Zeitverlauf
Es werden alle Probesets über mehrere Zeitläufe in einem Graphen dargestellt.
Pathway-Ansicht
Dieser Bildschirmabzug zeigt einen geladenen Pathway mit eingefärbten Genen (Farben korrespondieren mit der Höhe der Signalwerte).
Pathway-Editor
Mit einem integrierten MapEditor können Sie schnell und einfach neue Pathways erstellen und vorhandene anpassen.
Genfunktionenvorhersage
Sehr oft fehlen Informationen zu Probesets, beispielsweise biologische und regulatorische Funktionen von ESTs. Mit diesem Modul können Sie mögliche neue Genfunktionen anhand von Sequenzvergleichen ermitteln.
Funktionsvorhersage von Genen
Weitere Details zur Funktionsvorhersage.
PubMED Recherche
PubMED ist die weltweit größte Datenbank mit medizinischen Publikationen. Mit diesem Modul können Sie diese Datenbank nach gewünschten Begriffen oder Genbeziehungen durchsuchen.
MeSH Recherche
MeSH steht für "Medical Subject Headings" und stellt dem Benutzer ein geordnetes Vokabular zur Verfügung, was die Suche in PubMED optimiert.
Gennetzwerk
Abstracts von PubMED, mit den extrahierten Genbeziehungen, werden hier dargestellt.
Genefunktionen von Microarrays
Dieser Algorithmus erstellt Ihnen eine Tabelle mit allen bekannten Genfunktionen (in dieser Ansicht gefiltert).
GeneOntology eines Microarrays
Hier sieht man die Genfunktionen gelistet in einem üblichen GeneOntology-Graphen.
Informationen zum Probeset
Resultat der Suche mit Gen- und Proteinnamen.
Probeset Details
Weitere Informationen zum eingegebenen Suchbegriff, wie etwa die Sequenz, Genbeschreibung etc...
Funktionen eines Probeset
Ein weiterer GeneOntology-Graph der Genfunktionen.
Internet Recherche
In diesem Bild sehen Sie direkte Internetverweise zu weiteren Informationen Ihrer Suche. Im Gegensatz zu anderen Programmen müssen Sie hier keine Formulare der Internetseiten ausfüllen oder Schaltflächen anklicken. Die gewünschten Informationen werden automatisch abgerufen.
Cluster-Ansicht
Dieser Cluster kann auf einfache Weise erstellt werden. Dieser Bildschirmabzug zeigt die ähnlichsten Probesets auf einer Achse.
Scatterplot
Ein Scatterplot zweier Arrays zur Ähnlichkeitsuntersuchung.
