Advanced Pathway Painter: Căi de afișare pentru experimente pe gene/proteine
Acest program vizualizează căile. Utilizatorul poate afișa orice tip de date cantitative din experimentele cu gene și proteine direct în cadrul căilor (culorile reprezintă valoarea). Actualizare automată a căilor din KEGG, BioCarta și GenMAPP.
Acest program freeware vizualizează căile(KEGG, GenMAPP, BioCarta...). Utilizatorul are posibilitatea de a afișa orice tip de date cantitative din experimentele cu gene și proteine (de exemplu, microarrays de la Affymetrix) direct în cadrul căilor (culorile reprezintă valoarea). Legătura dintre elementele căii și datele experimentului se realizează prin intermediul numelor genelor sau proteinelor și al numerelor de accesare ale acestora. În plus, utilizatorul are o imagine de ansamblu rapidă asupra genei/proteinei cu link-urile colectate în interfața web (link-uri directe).
Acest program include doar o mică parte a funcțiilor din programul GENOM 2005.
Acest program include doar o mică parte a funcțiilor din programul GENOM 2005.
- Suprapunere de date cantitative: redați direct expresiile genetice diferențiate și concentrațiile de proteine în cadrul rețelelor biologice stabilite (unde gradienții și culorile personalizate reprezintă valori numerice precise).
- Cartografiarea ID-ului pe mai multe platforme: conectați automat componentele căii și seturile de date experimentale utilizând simboluri standard ale genelor, nume de proteine sau numere oficiale de acces la baza de date.
- Integrare completă a bazelor de date: sincronizați și actualizați instantaneu căile biologice prin interfețe web automate care se conectează la depozite publice de premiere, inclusiv KEGG, BioCarta și GenMAPP.
- Intelligence pentru adnotări bazate pe web: obțineți în mod dinamic adnotări suplimentare pentru gene și proteine. Accesați paginile de informații vizate instantaneu printr-o interfață web integrată, fără a completa manual formularele de căutare web.
- Raportare academică scalabilă: exportați diagrame vectoriale și raster de înaltă rezoluție, pregătite pentru publicare, optimizate pentru reviste științifice, prezentări și portofolii digitale.
Vizualizare tabel
APP prezintă datele în culori diferite pentru fiecare semnal, astfel încât să aveți o imagine de ansamblu rapidă a datelor.
Căi cu expresii genetice
Această captură de ecran arată o cale încărcată care este combinată direct cu datele pe care le-ați încărcat.
Detalii genetice
În această captură de ecran, puteți accesa direct linkurile pentru mai multe informații despre interogarea dvs. Spre deosebire de alte programe, puteți să faceți clic pe un link și să accesați direct pagina cu rezultate fără a completa formulare web.
Căi de actualizare
Actualizări ușoare ale căilor de acces de pe internet, fără căutări care necesită mult timp.
Compatibilitatea produsului: versiunea gratuită vs. GENOM 2005 Suite
Advanced Pathway Painter este un instrument autonom specializat, derivat din suita noastră cuprinzătoare de analiză genomică. Mai jos este o comparație directă care arată cum acest instrument se potrivește domeniului dvs. de cercetare.
| Caracteristică / Metric | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | GSA GENOM 2005 Premium Suite |
|---|---|---|
| Model de licență | Ediție 100% gratuită/freeware | Licență unică plătită (întreprindere/academică) |
| Vizualizarea căii | Complet activat (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Complet activat + Arhitectul căii personalizate |
| Maparea datelor | Expresia cantitativă a genelor și proteinelor | Microarray complet, secvențiere de generație următoare și spec. de masă |
| Analiza clusterelor 3D | Randare și cartografiere 2D de bază | Grafice avansate de expresie 3D și diagrame de dispersie |
| Legătura încrucișată a bazelor de date | Hyperlinking interfață web standard | Integrari Deep SQL, PubMed și GeneOntology |
| Suport tehnic | Forum comunitar și e-mail standard | Asistență pentru dezvoltatori prioritară 24/7 și acces API |
Întrebări frecvente (FAQs)
► Ce este Advanced Pathway Painter și cum îmi ajută cercetarea?
Este un software bioinformatic dedicat care vizualizează căile biologice și le integrează cu date experimentale cantitative. Prin cartografierea valorilor numerice pe hărți de căi, vă permite să identificați instantaneu ce procese biologice sunt reglate în sus sau în jos în cadrul grupurilor dvs. de eșantion.
► Ce seturi de date experimentale și ce platforme sunt acceptate?
Software-ul procesează orice set de date cantitative standard, inclusiv transcrierile de microarray (cum ar fi matricele Affymetrix), numărul de ARN-Seq și profilele proteomice vizate. Atâta timp cât datele dumneavoastră conțin nume recunoscute de gene sau proteine sau numere de acces, instrumentul poate executa maparea.
► Trebuie să plătesc pentru actualizările căii sau accesul la baza de date?
Nu. GSA Advanced Pathway Painter este o aplicație gratuită. Actualizările automate ale rețelei de la KEGG, BioCarta și GenMAPP sunt complet gratuite și pot fi declanșate direct din panoul software.
► Este acest software pe deplin compatibil cu mediile virtualizate?
Da. Software-ul este foarte optimizat, ușor și nu necesită baze de date externe voluminoase. Funcționează nativ pe toate edițiile moderne Windows OS și Windows Server. În plus, cercetătorii Mac și Linux îl pot implementa cu ușurință folosind straturi de virtualizare precum Parallels, Wine sau mașini virtuale standard.