See tasuta programm visualiseerib teekondi(KEGG, GenMAPP, BioCarta...). Kasutajal on võimalus kuvada mis tahes kvantitatiivseid andmeid geenide ja valkude eksperimentidest (nt Affymetrixi mikrosirud) otse radade sees (värvid tähistavad väärtust). Seos radade elementide ja eksperimendiandmete vahel toimub geenide või valkude nimede ja nende liitumisnumbrite kaudu. Lisaks on kasutajal kiire ülevaade geenist/valgustist koos kogutud linkidega veebiliideses (otselinkide abil).
See programm sisaldab ainult väikest osa tarkvara GENOM 2005 funktsioonidest.
See programm sisaldab ainult väikest osa tarkvara GENOM 2005 funktsioonidest.
- Kvantitatiivne andmekate: renderdage diferentseeritud geeniekspressioonid ja valgukontsentratsioonid väljakujunenud bioloogilistes võrkudes (kus kohandatud gradiendid ja värvid esindavad täpseid arvväärtusi).
- Platvormideülene ID kaardistamine: linkige automaatselt raja komponendid ja eksperimentaalsed andmekogumid, kasutades standardseid geenisümboleid, valkude nimesid või ametlikke andmebaasi juurdepääsunumbreid.
- Põhjalik andmebaasi integreerimine: sünkroonige ja värskendage koheselt bioloogilisi teid läbi automaatsete veebiliideste, mis loovad ühenduse esmaklassiliste avalike hoidlate, sealhulgas KEGG, BioCarta ja GenMAPP kaudu.
- Veebipõhine märkuste intelligentsus: hankige dünaamiliselt täiendavaid geeni- ja valgumärkusi. Juurdepääs sihitud teabelehtedele integreeritud veebiliidese kaudu koheselt, ilma veebiotsingu vorme käsitsi täitmata.
- Skaleeritav akadeemiline aruandlus: eksportige kõrge eraldusvõimega avaldamisvalmis vektor- ja rasterdiagramme, mis on optimeeritud teadusajakirjade, esitluste ja digitaalsete portfellide jaoks.
Vaade tabelis
APP esitab andmed iga signaali kohta eri värvides, et teil oleks kiire ülevaade andmetest.
Geeniekspressioonidega teed
Sellel ekraanipildil on kujutatud laetud rada, mis on otse kombineeritud teie poolt laetud andmetega.
Geeni üksikasjad
Sellel ekraanipildil saate otse juurde pääseda linkidele, mis annavad lisateavet teie päringu kohta. Erinevalt teistest programmidest saate klõpsata lingil ja pääseda otse tulemuslehele ilma veebivormide täitmiseta.
Uuendusteed
Lihtsad uuendused radade kohta internetist ilma aeganõudva otsinguta.
Toote ühilduvus: tasuta versioon vs. GENOM 2005 Suite
Advanced Pathway Painter on spetsiaalne eraldiseisev tööriist, mis on tuletatud meie ulatuslikust genoomianalüüsi komplektist. Allpool on otsene võrdlus, mis näitab, kuidas see tööriist sobib teie uurimisvaldkonnaga.
| Funktsioon / mõõdik | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | GSA GENOM 2005 Premium Suite |
|---|---|---|
| Litsentsi mudel | 100% tasuta / vabavara väljaanne | Ühekordne tasuline litsents (ettevõtlus/akadeemiline) |
| Raja visualiseerimine | Täielikult lubatud (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Täielikult lubatud + kohandatud rajaarhitekt |
| Andmete kaardistamine | Kvantitatiivne geeni ja valgu ekspressioon | Täielik mikrokiip, järgmise põlvkonna sekveneerimine ja massispetsifikatsioon |
| 3D-klastri analüüs | Põhiline 2D-renderdamine ja kaardistamine | Täiustatud 3D-ekspressioonigraafikud ja hajuvusgraafikud |
| Andmebaasi ristsidumine | Standardne veebiliidese hüperlinkimine | Sügavad SQL-i, PubMedi ja GeneOntoloogia integratsioonid |
| Tehniline tugi | Kogukonna foorum ja tavaline e-post | Prioriteetne 24/7 arendajate tugi ja API juurdepääs |
Korduma kippuvad küsimused (KKK)
► Mis on Advanced Pathway Painter ja kuidas see minu uurimistööd abistab?
See on spetsiaalne bioinformaatika tarkvara, mis visualiseerib bioloogilisi radu ja integreerib need kvantitatiivsete eksperimentaalsete andmetega. Arvväärtuste kaardistamisel radade kaartidele võimaldab see kohe tuvastada, millised bioloogilised protsessid on teie proovirühmades üles- või allareguleeritud.
► Milliseid eksperimentaalseid andmekogumeid ja platvorme toetatakse?
Tarkvara töötleb mis tahes standardset kvantitatiivset andmekogumit, sealhulgas mikrokiibi transkripte (nt Affymetrixi massiivid), RNA-Seq loendeid ja sihitud proteoomika profiile. Kuni teie andmed sisaldavad tunnustatud geeni- või valgunimesid või juurdepääsunumbreid, saab tööriist kaardistada.
► Kas ma pean maksma raja värskenduste või andmebaasi juurdepääsu eest?
Ei. GSA Advanced Pathway Painter on vabavararakendus. KEGG, BioCarta ja GenMAPP automaatsed võrguvärskendused on täiesti tasuta ja neid saab käivitada otse tarkvarapaneelilt.
► Kas see tarkvara ühildub täielikult virtualiseeritud keskkondadega?
Jah. Tarkvara on väga optimeeritud, kerge ja ei vaja mahukaid väliseid andmebaase. See töötab algselt kõigis kaasaegsetes Windows OS-i ja Windows Serveri väljaannetes. Lisaks saavad Maci ja Linuxi teadlased seda hõlpsasti juurutada, kasutades virtualiseerimiskihte, nagu Parallels, Wine või standardsed virtuaalmasinad.