Advanced Pathway Painter: Zobrazení cest pro experimenty s geny/proteiny
Tento program vizualizuje cesty. Uživatel může zobrazit libovolné kvantitativní údaje z genových a proteinových experimentů přímo v rámci drah (barvy představují hodnoty). Automatická aktualizace cest z KEGG, BioCarta a GenMAPP.
Tento freewarový program vizualizuje cesty (KEGG, GenMAPP, BioCarta...). Uživatel má možnost zobrazit jakýkoli druh kvantitativních dat z genových a proteinových experimentů (např. microarrays od Affymetrix) přímo v rámci drah (barvy představují hodnoty). Propojení mezi položkami cest a daty z experimentů se provádí přes názvy genů nebo proteinů a jejich přístupová čísla. Kromě toho má uživatel rychlý přehled o genu/proteinu pomocí shromážděných odkazů ve webovém rozhraní (přímé odkazy).
Tento program obsahuje pouze malou část funkcí ze softwaru GENOM 2005.
Tento program obsahuje pouze malou část funkcí ze softwaru GENOM 2005.
- Kvantitativní překrytí dat: Přímo vykresluje rozdílné genové exprese a koncentrace proteinů v rámci zavedených biologických sítí (kde vlastní gradienty a barvy představují přesné číselné hodnoty).
- Mapování ID napříč platformami: Automaticky propojujte komponenty cesty a experimentální datové sady pomocí standardních genových symbolů, názvů proteinů nebo oficiálních přístupových čísel do databáze.
- Komplexní integrace databáze: Okamžitě synchronizujte a aktualizujte biologické cesty prostřednictvím automatizovaných webových rozhraní, která se připojují k předním veřejným úložištím, včetně KEGG, BioCarta a GenMAPP.
- Web-Based Annotation Intelligence: Dynamicky načítat doplňkové genové a proteinové anotace. Okamžitý přístup k cíleným informačním stránkám prostřednictvím integrovaného webového rozhraní bez ručního vyplňování formulářů pro vyhledávání na webu.
- Scalable Academic Reporting: Exportujte vektorové a rastrové diagramy ve vysokém rozlišení, připravené k publikaci, optimalizované pro vědecké časopisy, prezentace a digitální portfolia.
Zobrazení tabulky
Aplikace APP zobrazuje data v různých barvách pro každý signál, takže máte rychlý přehled o datech.
Dráhy s genovými expresemi
Na tomto snímku obrazovky je zobrazena načtená cesta, která je přímo kombinována s načtenými daty.
Podrobnosti o genu
Na tomto snímku obrazovky máte přímý přístup k odkazům, kde najdete další informace o svém dotazu. Na rozdíl od jiných programů můžete kliknout na odkaz a přímo se dostat na stránku s výsledky bez vyplňování webových formulářů.
Aktualizace cest
Snadná aktualizace cest z internetu bez časově náročného hledání.
Kompatibilita produktu: Bezplatná verze vs. GENOM 2005 Suite
Advanced Pathway Painter je specializovaný samostatný nástroj odvozený z naší komplexní sady pro genomickou analýzu. Níže je přímé srovnání, které ukazuje, jak tento nástroj vyhovuje vašemu rozsahu výzkumu.
| Funkce / Metrika | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | GSA GENOM 2005 Premium Suite |
|---|---|---|
| Licenční model | Edice 100% zdarma / Freeware | Jednorázová placená licence (podniková/akademická) |
| Vizualizace cesty | Plně povoleno (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Plně povoleno + architekt vlastní cesty |
| Mapování dat | Kvantitativní exprese genů a proteinů | Kompletní Microarray, sekvenování nové generace a hmotnostní specifikace |
| 3D shluková analýza | Základní 2D vykreslování a mapování | Pokročilé grafy 3D výrazů a rozptylové grafy |
| Křížové propojení databáze | Standardní hypertextové propojení webového rozhraní | Hluboké integrace SQL, PubMed a GeneOntology |
| Technická podpora | Komunitní fórum a standardní e-mail | Prioritní nepřetržitá podpora pro vývojáře a přístup k API |
Často kladené otázky (FAQ)
► Co je Advanced Pathway Painter a jak pomáhá mému výzkumu?
Je to specializovaný bioinformatický software, který vizualizuje biologické cesty a integruje je s kvantitativními experimentálními daty. Mapováním číselných hodnot do map drah vám umožňuje okamžitě identifikovat, které biologické procesy jsou ve vašich skupinách vzorků up-regulovány nebo down-regulovány.
► Které experimentální datové sady a platformy jsou podporovány?
Software zpracovává jakýkoli standardní kvantitativní soubor dat, včetně mikročipových transkriptů (jako jsou pole Affymetrix), počty RNA-Seq a cílené proteomické profily. Pokud vaše data obsahují rozpoznané názvy genů nebo proteinů nebo přístupová čísla, může nástroj provést mapování.
► Musím platit za aktualizace cest nebo přístup k databázi?
Ne. GSA Advanced Pathway Painter je bezplatná aplikace. Automatické aktualizace sítě z KEGG, BioCarta a GenMAPP jsou zcela zdarma a lze je spustit přímo ze softwarového panelu.
► Je tento software plně kompatibilní s virtualizovanými prostředími?
Ano. Software je vysoce optimalizovaný, lehký a nevyžaduje žádné objemné externí databáze. Nativně běží na všech moderních edicích Windows OS a Windows Server. Výzkumníci pro Mac a Linux jej navíc mohou snadno nasadit pomocí virtualizačních vrstev, jako jsou Parallels, Wine nebo standardní virtuální stroje.