Advanced Pathway Painter: Biologinio kelio vizualizavimo programinė įranga
„Advanced Pathway Painter“ (APP) yra galinga, lengva bioinformatikos platforma, skirta sudėtingiems biologiniams tinklams nustatyti ir vizualizuoti. Ši programinė įranga, sukurta specialiai tyrėjams, gydytojams ir duomenų analitikams, sklandžiai perkelia kiekybinius genomikos, transkriptomikos ir proteomikos eksperimentų duomenis tiesiai į medžiagų apykaitos ir ląstelių kelius. Paversdama neapdorotus daugiafunkcinius duomenų rinkinius į intuityvias, spalvomis koduotas kelio diagramas, APP pagreitina atradimą, supaprastina duomenų interpretavimą ir pagerina akademinių ataskaitų teikimą.
Lengvai atraskite reikšmingas biologines įžvalgas
Daugiomikinių eksperimentinių duomenų priskyrimas biologiniams procesams gali būti labai sudėtingas ir laiko reikalaujantis uždavinys. „GSA Advanced Pathway Painter“ automatizuoja šį duomenų gavybos procesą, sutaupydamas jums valandas, kurias praleistumėte rankiniu būdu lygindami duomenis.
- Kiekybinių duomenų perdengimas: tiesioginis genų ekspresijos skirtumų ir baltymų koncentracijų atvaizdavimas nustatytuose biologiniuose tinkluose (kur pasirinktiniai gradientai ir spalvos atspindi tikslias skaitines vertes).
- Tarpplatforminis identifikatorių susiejimas: automatiškai susieti signalinio kelio komponentus ir eksperimentinius duomenų rinkinius, naudojant standartinius genų simbolius, baltymų pavadinimus arba oficialius duomenų bazių registracijos numerius.
- Išsami duomenų bazių integracija: akimirksniu sinchronizuokite ir atnaujinkite biologinius procesų kelius naudodami automatizuotas žiniatinklio sąsajas, jungiančias su pagrindinėmis viešosiomis duomenų bazėmis, įskaitant KEGG, BioCarta ir GenMAPP.
- Internetinė anotacijų analizė: dinamiškai gaunamos papildomos genų ir baltymų anotacijos. Per integruotą internetinę sąsają galima akimirksniu pasiekti reikiamus informacinius puslapius, nereikia rankiniu būdu pildyti internetinių paieškos formų.
- Lankstus akademinių ataskaitų rengimas: eksportuokite aukštos raiškos, publikavimui parengtas vektorines ir rastrines diagramas, optimizuotas mokslo žurnalams, pristatymams ir skaitmeniniams portfeliams.
Intuityvus duomenų lentelės vaizdas
APP pateikia neapdorotus multiomikos duomenų rinkinius, kiekvienam signalui priskirdama skirtingus, vartotojo nustatytus spalvų perėjimus. Ši struktūrizuota vizualizacija suteikia greitą ir išsamų eksperimentinių duomenų taškų apžvalgą prieš pradedant arba vykdant signalų kelių žemėlapių sudarymą.
Dinaminė kelių integracija
Įkelkite bet kurį standartizuotą biologinį kelią ir pamatysite, kaip jis iš karto susilieja su jūsų pasirinktomis genų ekspresijos matricomis. Daugiasluoksnis atvaizdavimo variklis realiuoju laiku atnaujina lokalizuotus mazgus, remdamasis jūsų aktyviais eksperimentiniais kintamaisiais.
Išsamus genų ir baltymų profiliavimas
Vienu paspaudimu galite pasiekti išsamias molekulinės informacijos anotacijas. Skirtingai nuo tradicinių bioinformatikos įrankių, kuriuose reikia nuolat pildyti paieškos formas, mūsų programinė įranga išorines hipernuorodas tiesiogiai susieja su tiksline nuorodos mazgu, suteikdama galimybę akimirksniu pasiekti šaltinių duomenų bazes.
Automatinis maršrutų sinchronizavimas
Užtikrinkite visišką tyrimų tikslumą naudodamiesi automatiniais atnaujinimais internete. Atsisiųskite naujausius KEGG, GenMAPP ir BioCarta tinklų struktūrinius apibrėžimus be varginančio rankinio failų paieškos darbo.
Produkto suderinamumas: nemokama versija ir „GENOM 2005 Suite“
„Advanced Pathway Painter“ – tai specializuotas savarankiškas įrankis, sukurtas remiantis mūsų išsamiu genominių analizės paketų rinkiniu. Toliau pateikiamas tiesioginis palyginimas, parodantis, kaip šis įrankis atitinka jūsų tyrimų sritį.
| Funkcija / Metrika | GSA „Advanced Pathway Painter“ (APP) | GSA GENOM 2005 „Premium Suite“ |
|---|---|---|
| Licencijavimo modelis | 100 % nemokama / nemokama versija | Vienkartinė mokama licencija (įmonėms / akademinėms įstaigoms) |
| Maršruto vizualizacija | Visiškai įjungta (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Visiškai įgalinta + individualizuoto kelio kūrėjas |
| Duomenų atvaizdavimas | Kiekybinė genų ir baltymų ekspresija | Išsamus mikromatricos tyrimas, naujos kartos sekvenavimas ir masės spektrometrijos tyrimai |
| 3D klasterių analizė | Pagrindiniai 2D atvaizdavimo ir kartografavimo principai | Išplėstiniai 3D išraiškos grafikai ir sklaidos diagramos |
| Duomenų bazių tarpusavio susiejimas | Standartinės žiniatinklio sąsajos hipernuorodos | Išsami „SQL“, „PubMed“ ir „GeneOntology“ integracija |
| Techninė pagalba | Bendruomenės forumas ir standartinis el. laiškas | Prioritetinė 24/7 pagalba kūrėjams ir prieiga prie API |
Dažnai užduodami klausimai (DUK)
► Kas yra „Advanced Pathway Painter“ ir kaip jis padeda man atlikti tyrimus?
Tai speciali bioinformatikos programinė įranga, kuri vizualizuoja biologinius kelius ir integruoja juos su kiekybiniais eksperimentiniais duomenimis. Sujungus skaitines reikšmes į kelio žemėlapius, jis leidžia akimirksniu nustatyti, kurie biologiniai procesai yra reguliuojami arba sumažinami jūsų mėginių grupėse.
► Kurie eksperimentiniai duomenų rinkiniai ir platformos palaikomi?
Programinė įranga apdoroja bet kokį standartinį kiekybinį duomenų rinkinį, įskaitant mikromasyvų nuorašus (pvz., Affymetrix matricas), RNR-Seq skaičių ir tikslinius proteomikos profilius. Tol, kol jūsų duomenyse yra atpažintų genų ar baltymų pavadinimų arba prisijungimo numerių, įrankis gali atlikti atvaizdavimą.
► Ar man reikia mokėti už kelio atnaujinimus ar prieigą prie duomenų bazės?
Ne. GSA Advanced Pathway Painter yra nemokama programa. Automatiniai tinklo naujinimai iš KEGG, BioCarta ir GenMAPP yra visiškai nemokami ir gali būti paleisti tiesiai iš programinės įrangos skydelio.
► Ar ši programinė įranga visiškai suderinama su virtualizuota aplinka?
Taip. Programinė įranga yra puikiai optimizuota, kompaktiška ir nereikalauja didelių išorinių duomenų bazių. Ji veikia tiesiogiai visose šiuolaikinėse „Windows“ operacinėse sistemose ir „Windows Server“ versijose. Be to, „Mac“ ir „Linux“ tyrėjai gali ją lengvai įdiegti naudodami virtualizacijos sluoksnius, pavyzdžiui, „Parallels“, „Wine“ ar standartines virtualias mašinas.