Advanced Pathway Painter: Hiển thị các con đường cho các thí nghiệm gen/protein
Chương trình này hình dung con đường. Người dùng có thể hiển thị bất kỳ loại dữ liệu định lượng nào từ các thí nghiệm gen và protein trực tiếp trong các đường dẫn (màu sắc đại diện cho giá trị). Cập nhật đường dẫn tự động từ Kegg, Biocarta và Genmapp.
Chương trình phần mềm miễn phí này trực quan hóa các con đường (KEGG, GenMapp , Biocarta ...). Người dùng có khả năng hiển thị bất kỳ loại dữ liệu định lượng nào từ các thí nghiệm gen và protein (ví dụ: từ microarrays Sự liên kết giữa các mục con đường và dữ liệu thí nghiệm được thực hiện qua tên gen hoặc protein và số gia nhập của chúng. Hơn nữa, người dùng có một cái nhìn tổng quan nhanh về gen/protein với các liên kết được thu thập trong giao diện web (liên kết trực tiếp).
Chương trình này chỉ bao gồm một phần nhỏ của các chức năng từ phần mềm Genom 2005.
Chương trình này chỉ bao gồm một phần nhỏ của các chức năng từ phần mềm Genom 2005.
- Lớp phủ dữ liệu định lượng: Hiển thị trực tiếp các biểu hiện gen khác biệt và nồng độ protein trong các mạng sinh học đã thiết lập (trong đó độ dốc và màu sắc tùy chỉnh biểu thị các giá trị số chính xác).
- Ánh xạ ID đa nền tảng: Tự động liên kết các thành phần của lộ trình và bộ dữ liệu thử nghiệm bằng cách sử dụng ký hiệu gen tiêu chuẩn, tên protein hoặc số gia nhập cơ sở dữ liệu chính thức.
- Tích hợp cơ sở dữ liệu toàn diện: Đồng bộ hóa và cập nhật ngay lập tức các lộ trình sinh học thông qua giao diện web tự động kết nối với các kho lưu trữ công cộng hàng đầu, bao gồm KEGG, BioCarta và GenMAPP.
- Thông tin chú thích dựa trên web: Tự động tìm nạp các chú thích gen và protein bổ sung. Truy cập các trang thông tin được nhắm mục tiêu ngay lập tức thông qua giao diện web tích hợp mà không cần điền thủ công vào các biểu mẫu tìm kiếm trên web.
- Báo cáo học thuật có thể mở rộng: Xuất biểu đồ vectơ và raster có độ phân giải cao, sẵn sàng xuất bản được tối ưu hóa cho các tạp chí khoa học, bài thuyết trình và danh mục đầu tư kỹ thuật số.
Chế độ xem bảng
Ứng dụng trình bày dữ liệu bằng các màu khác nhau cho mỗi tín hiệu, vì vậy bạn có một cái nhìn tổng quan nhanh về dữ liệu.
Con đường có biểu hiện gen
Ảnh chụp màn hình này cho thấy một con đường được tải trực tiếp kết hợp với dữ liệu bạn đã tải.
Chi tiết gen
Trong ảnh chụp màn hình này, bạn có thể truy cập trực tiếp các liên kết để biết thêm thông tin về truy vấn của bạn. Không giống như trong các chương trình khác, bạn có thể nhấp vào liên kết và truy cập trực tiếp trang kết quả mà không cần điền vào các biểu mẫu web.
Cập nhật con đường
Cập nhật dễ dàng các con đường từ internet mà không có thời gian tìm kiếm chuyên sâu.
Khả năng tương thích của sản phẩm: Phiên bản miễn phí so với GENOM 2005 Suite
Advanced Pathway Painter là một công cụ độc lập chuyên dụng được lấy từ bộ phân tích bộ gen toàn diện của chúng tôi. Dưới đây là so sánh trực tiếp cho thấy công cụ này phù hợp với phạm vi nghiên cứu của bạn như thế nào.
| Tính năng/Số liệu | Họa sĩ con đường nâng cao GSA (APP) | Bộ cao cấp GSA GENOM 2005 |
|---|---|---|
| Mô hình cấp phép | Phiên bản miễn phí / miễn phí 100% | Giấy phép trả phí một lần (Doanh nghiệp/Học thuật) |
| Trực quan hóa lộ trình | Đã kích hoạt đầy đủ (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Đã kích hoạt đầy đủ + Kiến trúc sư lộ trình tùy chỉnh |
| Ánh xạ dữ liệu | Biểu hiện gen và protein định lượng | Microarray đầy đủ, Trình tự thế hệ tiếp theo & Thông số khối lượng |
| Phân tích cụm 3D | Kết xuất & lập bản đồ 2D cơ bản | Biểu đồ & biểu đồ phân tán 3D nâng cao |
| Liên kết chéo cơ sở dữ liệu | Siêu liên kết giao diện web tiêu chuẩn | Tích hợp Deep SQL, PubMed và GeneOntology |
| Hỗ trợ kỹ thuật | Diễn đàn cộng đồng & Email tiêu chuẩn | Ưu tiên hỗ trợ nhà phát triển & truy cập API 24/7 |
Câu hỏi thường gặp (FAQ)
► Advanced Pathway Painter là gì và nó hỗ trợ nghiên cứu của tôi như thế nào?
Đây là một phần mềm tin sinh học chuyên dụng giúp trực quan hóa các quá trình sinh học và tích hợp chúng với dữ liệu thực nghiệm định lượng. Bằng cách ánh xạ các giá trị số lên bản đồ lộ trình, nó cho phép bạn xác định ngay lập tức quá trình sinh học nào được điều chỉnh tăng hoặc giảm trong các nhóm mẫu của bạn.
► Những bộ dữ liệu và nền tảng thử nghiệm nào được hỗ trợ?
Phần mềm xử lý bất kỳ tập dữ liệu định lượng tiêu chuẩn nào, bao gồm các bản phiên mã microarray (chẳng hạn như mảng Affymetrix), số lượng RNA-Seq và hồ sơ proteomics được nhắm mục tiêu. Miễn là dữ liệu của bạn chứa tên gen hoặc protein hoặc số gia nhập được công nhận, công cụ này có thể thực hiện ánh xạ.
► Tôi có cần trả tiền để cập nhật lộ trình hoặc truy cập cơ sở dữ liệu không?
Không. GSA Advanced Pathway Painter là một ứng dụng phần mềm miễn phí. Các bản cập nhật mạng tự động từ KEGG, BioCarta và GenMAPP hoàn toàn miễn phí và có thể được kích hoạt trực tiếp từ bảng điều khiển phần mềm.
► Phần mềm này có tương thích hoàn toàn với môi trường ảo hóa không?
Đúng. Phần mềm được tối ưu hóa cao, nhẹ và không yêu cầu cơ sở dữ liệu bên ngoài cồng kềnh. Nó chạy tự nhiên trên tất cả các phiên bản Windows OS và Windows Server hiện đại. Hơn nữa, các nhà nghiên cứu Mac và Linux có thể dễ dàng triển khai nó bằng cách sử dụng các lớp ảo hóa như Parallels, Wine hoặc máy ảo tiêu chuẩn.