GENOM 2005: Phần mềm phân tích Microarray nâng cao
GENOM 2005 là một nền tảng tin sinh học toàn diện, giàu tính năng được thiết kế để phân tích nâng cao các thí nghiệm biểu hiện gen khác biệt dựa trên mảng và microarray. Được thiết kế đặc biệt để hỗ trợ các mảng mật độ cao - chẳng hạn như các mảng từ Affymetrix - phần mềm thân thiện với người dùng này thu hẹp khoảng cách giữa xử lý dữ liệu thô và hiểu biết sinh học có tác động cao. Bằng cách tích hợp các quy trình phân tích đa phương pháp, lập bản đồ lộ trình tự động, bộ gen chức năng dự đoán và tham khảo chéo tài liệu trực tiếp, GENOM 2005 tăng tốc quy trình khám phá cho các nhà sinh học phân tử, nhà di truyền học và nhà nghiên cứu lâm sàng.
Hồ sơ biểu thức động
Trực quan hóa dữ liệu mảng đa tín hiệu ngay lập tức bằng mã màu có độ tương phản cao, có thể tùy chỉnh được thiết kế để kiểm tra dữ liệu nhanh chóng. Mỗi hàng bảng điểm được ánh xạ đầy đủ tới ký hiệu gen chính thức tương ứng và số truy cập cơ sở dữ liệu tiêu chuẩn.
Biểu đồ biểu hiện gen
Nhanh chóng xem dữ liệu mảng nào có nhiều đỉnh nhất. Phóng to/thu nhỏ để dễ dàng tìm thấy những điểm thú vị trên mảng của bạn.
Cấu trúc liên kết Microarray 3D tương tác
Hiển thị cường độ đầu dò trong chế độ xem không gian 3D sống động. Dễ dàng so sánh nhiều mảng cạnh nhau để xác định các tập hợp đầu dò ngoại lệ có ý nghĩa thống kê. Sắp xếp dữ liệu linh hoạt theo chức năng sinh học hoặc vị trí nhiễm sắc thể vật lý.
Tọa độ bản đồ nhiễm sắc thể
Lập bản đồ và hiển thị các cấu hình bảng điểm một cách tuần tự dựa trên sự phân bổ tọa độ vật lý của chúng trên các nhiễm sắc thể, thể hiện các quy định tăng hoặc giảm di truyền theo khu vực.
Quỹ đạo biểu hiện thời gian
Theo dõi động học của bộ thăm dò cụ thể qua các điểm thời gian hoặc điều kiện liên tiếp. Biểu đồ xu hướng tuyến tính cô lập các nhóm gen đồng điều hòa qua các giai đoạn thử nghiệm phức tạp.
Tích hợp lộ trình trực tiếp
Ngay lập tức phủ các hồ sơ phiên mã đã tải của bạn lên các bản đồ lộ trình sinh học được tiêu chuẩn hóa. Liên kết chéo tự nhiên này cho phép bạn quan sát nhanh các điều chỉnh trao đổi chất hoặc tín hiệu toàn thân.
Kiến trúc sư con đường chính xác
Sử dụng trình chỉnh sửa bản đồ vectơ tích hợp để xây dựng các lộ trình phân tử ban đầu, riêng biệt ngay từ đầu hoặc nhanh chóng chỉnh sửa các mạng công cộng hiện có để phù hợp với các giả thuyết trong phòng thí nghiệm độc đáo của bạn.
Dự đoán chức năng BLAST tự động
Trình tự không được ký tự và Thẻ trình tự được biểu thị (EST) không còn giới hạn phạm vi khám phá của bạn nữa. Gửi bản phiên mã không được quản lý hoặc chuỗi FASTA tùy chỉnh tới truy vấn BLAST trực tuyến trực tiếp thông qua nền tảng để dự đoán các chức năng gen mới và nhận dạng cấu trúc.
Chi tiết dự đoán chức năng
Chi tiết về dự đoán chức năng.
Khai thác tài liệu PubMed tích hợp
Truy vấn kho lưu trữ PubMed toàn cầu trực tiếp trong không gian làm việc của phần mềm. Trích xuất và trả về tài liệu khoa học và y tế có liên quan theo ngữ cảnh dựa trên các gen được lọc hoặc từ khóa mục tiêu.
Tối ưu hóa ngữ nghĩa MeSH
Tận dụng hệ thống phân cấp Tiêu đề Chủ đề Y tế (MeSH) tích hợp để xây dựng các chuỗi truy vấn chính xác, có độ chính xác cao nhằm tìm nguồn tài liệu tự động.
Mạng tương tác gen động
Tạo sơ đồ mối quan hệ dựa trên sự xuất hiện đồng thời và mối tương quan khoa học trong các bản tóm tắt PubMed được tìm nạp, trực quan hóa các mạng tương tác giữa gen với gen phức tạp.
Chức năng gen cho Microarray
Thuật toán này trình bày dữ liệu trong một bảng có tất cả các chức năng gen từ các gen bạn đã lọc trước đó. Điều này có thể được thực hiện cho toàn bộ mảng.
Bản đồ lõi GeneOntology (GO)
Phân loại và xem xét các tập dữ liệu đã lọc bằng thuật ngữ GeneOntology có cấu trúc. Phân phối thăm dò có thể được phân tích trên các cây GO tương tác để đánh giá các thành phần tế bào, chức năng phân tử hoặc các quá trình sinh học tổng thể.
Thông tin thăm dò
Hộp thoại thông tin gen. Tại đây bạn sẽ có được thông tin chi tiết hơn từ truy vấn được tìm kiếm như trình tự, mô tả, v.v.
Siêu liên kết truy vấn tức thì
Truy cập kho lưu trữ bộ gen bên ngoài mà không gặp rắc rối về dữ liệu. Chỉ cần nhấp vào bất kỳ liên kết tham chiếu nào bên trong thẻ thăm dò để khởi chạy trang mục tiêu trực tuyến chính xác mà không cần điền thủ công các biểu mẫu tra cứu trên web.
Chức năng cho đầu dò
Một biểu đồ GeneOnology khác của các chức năng gen từ gen.
Liên kết chéo cơ sở dữ liệu và nghiên cứu sâu trong Silico
GENOM 2005 tích hợp cơ sở dữ liệu bên ngoài trực tiếp vào giao diện của nó, loại bỏ nhu cầu chuyển đổi thủ công giữa các trình duyệt web và các hình thức tìm kiếm bên ngoài.
Phân cụm phân cấp ma trận
Thực hiện các thuật toán phân cụm phức tạp với cấu hình tối thiểu. Phần mềm tự động nhóm các hồ sơ biểu hiện gen tương tự lại với nhau, tạo ra các bản đồ nhiệt và chương trình dendro rõ ràng, có thể diễn giải.
Biểu đồ phân tán tương tác
Đánh giá các phương sai của bảng điểm toàn cầu, đánh giá tính đồng nhất của bản sao kỹ thuật hoặc sinh học và theo dõi các sai lệch biểu thức so sánh bằng cách sử dụng biểu đồ phân tán động, đa biến.