GENOM 2005: Analisis microarray untuk array Affymetrix
Aplikasi yang kaya fitur dan ramah pengguna untuk menganalisis eksperimen larik (misalnya dari penyedia Affymetrix). Ini termasuk informasi gen tambahan, beberapa metode analisis, pemetaan jalur otomatis dengan editor, prediksi fungsi ...
Analisis DNA Microarray
Genom 2005 menyajikan data dalam warna yang berbeda untuk setiap sinyal. Anda dapat melihat gambaran umum data secara cepat. Nama gen dan nomor aksesi untuk setiap probeset disajikan pada setiap baris.
Grafik Ekspresi Gen
Ini adalah diagram dengan satu larik. Diagram ini menunjukkan batang untuk setiap probe.
Tampilan 3D
Anda dapat menampilkan setiap sinyal pada larik Anda dalam tampilan 3D. Saat membandingkannya dengan larik lain, Anda dapat dengan mudah menemukan probe yang menarik. Anda juga dapat mengurutkan sinyal berdasarkan fungsi gen atau lokasi gen.
Lokasi Kromosom
Tampilan ini menampilkan semua urutan probeset berdasarkan lokasinya pada kromosom.
Proses Ekspresi Gen
Tangkapan layar ini menunjukkan grafik di mana setiap probeset diwakili oleh sebuah garis. Ini menunjukkan regulasi naik/turunnya suatu gen di antara waktu yang berbeda.
Tampilan Jalur
Tangkapan layar ini menunjukkan jalur yang dimuat yang secara langsung digabungkan dengan data array yang telah Anda muat.
Editor Jalur
Dengan editor peta terintegrasi ini, Anda dapat dengan mudah membuat jalur baru atau mengedit jalur yang sudah ada.
Prediksi Fungsi Gen
Seringkali Anda tidak memiliki informasi mengenai suatu probeset karena probeset tersebut merupakan EST atau belum pernah dianalisis sebelumnya. Dengan modul ini Anda dapat memperoleh informasi baru dari probeset atau sekuen khusus melalui pencarian BLAST (online). Kemungkinan fungsi gen baru kemudian akan ditampilkan.
Detail Prediksi Fungsi
Detail tentang prediksi fungsi.
Penelitian PubMED
PubMED adalah pangkalan data terbesar di dunia yang berisi artikel-artikel medis (dihosting di situs web Ncbi). Modul ini mencari pangkalan data tersebut dan mengembalikan hasil yang relevan dengan istilah (atau gen) yang dimasukkan.
Penelitian MeSH
MeSH (Medical Subject Headings) menyediakan istilah yang dipesan untuk meningkatkan pencarian PubMED, misalnya.
Jaringan Gen
Hubungan gen yang dijelaskan dalam abstrak dari PubMED ditampilkan di sini sebagai diagram hubungan.
Fungsi gen untuk Microarray
Algoritma ini menyajikan data dalam sebuah tabel dengan semua fungsi gen dari gen yang Anda filter sebelumnya, atau dapat dilakukan untuk seluruh larik.
GeneOntology untuk sebuah Array
Ini menampilkan fungsi gen dalam tampilan seperti GeneOntology.
Informasi Probeset
Dialog informasi gen. Di sini Anda mendapatkan informasi lebih rinci dari kueri yang dicari seperti urutan, deskripsi, dan lainnya.
Rincian Probeset
Dalam tangkapan layar ini, Anda dapat langsung mengakses tautan untuk informasi lebih lanjut tentang kueri Anda. Tidak seperti di program lain, Anda dapat mengklik tautan dan langsung mengakses halaman hasil tanpa mengisi formulir web.
Fungsi untuk Probeset
Grafik GeneOntology lain dari fungsi gen dari gen tersebut.
Riset Internet
Dalam tangkapan layar ini Anda dapat melihat tautan langsung untuk informasi lebih lanjut tentang kueri Anda. Tidak seperti di program lain, Anda dapat mengklik tautan dan langsung menuju ke halaman hasil tanpa mengisi formulir web.
Tampilan Cluster
Klaster ini dapat dibuat dengan mudah. Klaster ini menunjukkan nilai yang paling sama yang dipasangkan bersama dalam grafik.
Scatterplot
Tampilan lain dari algoritma cluster.