GENOM 2005: Разширен софтуер за анализ на микрочипове
GENOM 2005 е цялостна, богата на функции биоинформатична платформа, предназначена за усъвършенстван анализ на експерименти с микрочипове и базирани на масиви диференциални генни експресии. Специално проектиран да поддържа масиви с висока плътност - като тези от Affymetrix - този удобен за потребителя софтуер преодолява празнината между обработката на необработени данни и биологичните прозрения с голямо въздействие. Чрез интегриране на многометодични аналитични канали, автоматизирано картографиране на пътеки, предсказуема функционална геномика и директни литературни кръстосани препратки, GENOM 2005 ускорява работните потоци за откриване за молекулярни биолози, генетици и клинични изследователи.
Профилиране на динамично изразяване
Визуализирайте незабавно данни от множество сигнали с цветно кодиране с възможност за персонализиране, с висок контраст, предназначено за бърз одит на данни. Всеки ред на транскрипция е напълно картографиран към съответния официален генен символ и стандартен номер за достъп до базата данни.
Графика на генната експресия
Бързо вижте кой масив от данни има най-много пикове. Увеличете/намалете мащаба, за да намерите лесно интересните места във вашия масив.
Интерактивна 3D топология на микрочипове
Изобразете интензитетите на сондата в потапящ 3D пространствен изглед. Без усилие сравнявайте множество масиви един до друг, за да определите статистически значими набори от сондажи за отклонения. Сортирайте данните динамично по биологична функция или физически хромозомен локус.
Координати на хромозомно картографиране
Картирайте и покажете профили на транскрипции последователно въз основа на физическото им координатно разпределение в хромозомите, излагайки регионални генетични регулации нагоре или надолу.
Траектории на изрази във времето
Проследете специфична кинетика на сондата през последователни времеви точки или условия. Линейните трендови графики изолират съвместно регулирани генни групи в сложни експериментални фази.
Директна интеграция на пътя
Незабавно наслагвайте вашите заредени транскриптомични профили върху стандартизирани карти на биологични пътища. Това естествено кръстосано свързване ви позволява да наблюдавате системните метаболитни или сигнални корекции с един поглед.
Архитект на Precision Pathway
Използвайте интегрирания редактор на векторни карти, за да конструирате оригинални, поръчкови молекулярни пътища от нулата или бързо да редактирате съществуващи публични мрежи, за да съответстват на вашите уникални лабораторни хипотези.
Автоматизирано функционално прогнозиране на BLAST
Неохарактеризираните последователности и етикетите на изразени последователности (EST) вече не ограничават обхвата ви на откриване. Изпратете неанотирани транскрипти или персонализирани FASTA последователности към онлайн BLAST заявка директно през платформата, за да предвидите нови генни функции и структурни идентичности.
Подробности за прогнозиране на функцията
Подробности за прогнозирането на функцията.
Интегрирано копаене на литература на PubMed
Извършете запитване до глобалния архив на PubMed директно в работното пространство на софтуера. Извличане и връщане на свързана с контекста медицинска и научна литература въз основа на филтрирани гени или целеви ключови думи.
Оптимизация на семантиката на MeSH
Използвайте интегрирани йерархии на медицински предметни заглавия (MeSH), за да конструирате прецизни низове за заявки с висока точност за автоматизирано търсене на литература.
Динамични мрежи за взаимодействие на гени
Генерирайте диаграми на взаимоотношения, базирани на съвместно възникване и научни корелации в рамките на извлечени абстракти на PubMed, визуализирайки сложни интерактомни мрежи от ген към ген.
Генни функции за Microarray
Този алгоритъм представя данните в таблица с всички генни функции от гените, които преди това сте филтрирали. Това може да се направи за целия масив.
GeneOntology (GO) Core Mapping
Категоризирайте и прегледайте филтрираните набори от данни, като използвате структурирана терминология на GeneOntology. Разпределенията на Probeset могат да бъдат анализирани в интерактивни GO дървета, за да се оценят клетъчните компоненти, молекулярните функции или цялостните биологични процеси.
Информация за Probeset
Диалогът за генна информация. Тук получавате по-подробна информация от търсената заявка като последователност, описание и други.
Незабавно хипервръзка на заявка
Достъп до външни геномни хранилища с нулево триене на данни. Просто щракнете върху която и да е референтна връзка в карта с набор от проби, за да стартирате точната онлайн целева страница, без да попълвате ръчно формуляри за уеб търсене.
Функции за Probeset
Друга графика на GeneOntology на гена функционира от гена.
Deep In-Silico изследвания и кръстосано свързване на бази данни
GENOM 2005 интегрира външни бази данни директно в своя интерфейс, елиминирайки необходимостта от ръчно превключване между уеб браузъри и външни форми за търсене.
Матрично йерархично клъстериране
Изпълнявайте сложни алгоритми за клъстериране с минимална конфигурация. Софтуерът автоматично групира подобни профили на генна експресия заедно, генерирайки ясни, интерпретативни топлинни карти и дендрограми.
Интерактивни точкови диаграми
Оценете глобалните вариации на транскрипция, оценете техническата или биологичната еднородност на репликата и проследете сравнителните отклонения на експресията, като използвате динамични графики с много променливи.