GENOM 2005: 高度なマイクロアレイ解析ソフトウェア
GENOM 2005は、マイクロアレイおよびアレイを用いた遺伝子発現差分実験の高度な解析を目的として設計された、包括的で機能豊富なバイオインフォマティクス・プラットフォームです。Affymetrix社製のアレイなど、高密度アレイに対応するよう特別に設計されたこの使いやすいソフトウェアは、生データの処理と、生物学的知見の獲得との間のギャップを埋めます。 GENOM 2005は、多手法による解析パイプライン、自動化されたシグナル伝達経路のマッピング、予測的機能ゲノミクス、および文献との直接的な相互参照機能を統合することで、分子生物学者、遺伝学者、臨床研究者の発見ワークフローを加速させます。
動的発現プロファイリング
迅速なデータ監査を目的として設計された、カスタマイズ可能な高コントラストのカラーコーディングにより、マルチシグナルアレイデータを即座に可視化できます。各トランスクリプト行は、対応する公式の遺伝子シンボルおよび標準データベースのアクセッション番号に完全にマッピングされています。
遺伝子発現グラフ
どのアレイデータにピークが最も多くあるかを素早く確認できます。ズームイン／ズームアウトして、アレイ上の注目すべき箇所を簡単に見つけることができます。
インタラクティブな3Dマイクロアレイのトポロジー
没入型の3D空間ビューでプローブの強度をレンダリングします。複数のアレイを並べて簡単に比較し、統計的に有意な外れ値のプローブセットを特定できます。生物学的機能や物理的な染色体座標に基づいて、データを動的に並べ替えることができます。
染色体マッピング座標
染色体上の物理的な座標分布に基づいて、転写プロファイルを順次マッピングおよび表示し、領域ごとの遺伝子の発現上昇または低下を明らかにする。
経時的な発現の軌跡
一連の時点や条件にわたって、特定のプローブセットの動態を追跡します。線形トレンドグラフにより、複雑な実験段階において共調節される遺伝子群を特定することができます。
ダイレクト・パスウェイの統合
読み込んだトランスクリプトームプロファイルを、標準化された生物学的経路マップに即座に重ね合わせることができます。このネイティブなクロスリンク機能により、全身的な代謝やシグナル伝達の変化を一目で把握することができます。
精密パスウェイ・アーキテクト
統合されたベクトルマップエディタを活用して、独自の分子経路をゼロから構築したり、既存の公開ネットワークを素早く編集して、ご自身の研究室独自の仮説に合わせて調整したりすることができます。
自動化されたBLASTによる機能予測
未同定の配列や発現配列タグ（EST）が、もはや発見の範囲を制限することはありません。アノテーションされていない転写産物やカスタムFASTA配列を、プラットフォームを通じて直接オンラインBLASTクエリに送信し、新規遺伝子の機能や構造的同一性を予測することができます。
関数予測の詳細
関数予測に関する詳細。
統合型PubMed文献マイニング
ソフトウェアのワークスペース内で、PubMedのグローバルアーカイブを直接検索できます。フィルタリングした遺伝子やターゲットキーワードに基づいて、文脈に即した医学・科学文献を抽出して表示します。
MeSHセマンティクスの最適化
統合された医学用語体系（MeSH）の階層構造を活用し、文献の自動検索に向けた正確かつ高精度なクエリ文字列を構築する。
動的な遺伝子相互作用ネットワーク
取得したPubMedの抄録に含まれる共起関係や科学的相関関係に基づいて関係図を生成し、複雑な遺伝子間の相互作用ネットワークを可視化する。
マイクロアレイにおける遺伝子の機能
このアルゴリズムは、以前にフィルタリングした遺伝子すべての遺伝子機能を含むデータを表形式で表示します。これはアレイ全体に対して実行可能です。
Gene Ontology (GO) コアマッピング
構造化されたGene Ontology（GO）用語を用いて、フィルタリングされたデータセットを分類し、検証します。インタラクティブなGOツリー全体にわたってプローブセットの分布を分析し、細胞構成要素、分子機能、あるいは全体的な生物学的プロセスを評価することができます。
プローブセット情報
「遺伝子情報」ダイアログです。ここでは、検索クエリに基づいて、配列や説明など、より詳細な情報を確認できます。
クエリへの即時ハイパーリンク
データの取り込みに手間をかけずに、外部のゲノムリポジトリにアクセスできます。プローブセットカード内の参照リンクをクリックするだけで、Web検索フォームに手動で入力することなく、正確なオンラインのターゲットページを直接開くことができます。
プローブセットの関数
その遺伝子に関連する遺伝子機能を示す、もう1つのGeneOntologyグラフ。
詳細なインシリコ研究とデータベース間の相互リンク
GENOM 2005 は、外部データベースをインターフェースに直接統合しているため、Web ブラウザと外部検索フォームの間を手動で切り替える必要がありません。
行列階層的クラスタリング
最小限の設定で、複雑なクラスタリングアルゴリズムを実行できます。このソフトウェアは、類似した遺伝子発現プロファイルを自動的にグループ化し、明確で解釈しやすいヒートマップやデンドログラムを生成します。
インタラクティブな散布図
動的な多変量散布図を用いて、トランスクリプトの全体的な変動を評価し、技術的または生物学的反復の均一性を評価し、発現量の比較における偏差を追跡します。