GENOM 2005
Mikroarray-analyse for Affymetrix-matriser
Funksjonsrikt og brukervennlig program for analyse av array-eksperimenter (f.eks. fra leverandøren Affymetrix). Det inkluderer ekstra geninformasjon, flere analysemetoder, automatisk kartlegging av baner med en editor, funksjonsprediksjon...
DNA-analyse med mikroarray
Genom 2005 presenterer dataene i forskjellige farger for hvert signal. Du får en rask oversikt over dataene. Gennavn og aksesjonsnummer for hvert probesett vises i hver rad.
Graf over genuttrykk
Dette er et diagram med én matrise. Det viser en søyle for hvert probesett.
3D-visning
Du kan vise hvert signal på matrisen i en 3D-visning. Når du sammenligner den med en annen matrise, kan du enkelt finne interessante probesett. Du kan også sortere signalene etter genfunksjon eller genplassering.
Kromosomets plassering
Denne visningen viser alle probesett i rekkefølge etter plassering på kromosomet.
Genekspresjonsprosessen
Dette skjermbildet viser en graf der hvert probesett er representert med en linje. Den viser opp-/nedreguleringen av et gen mellom ulike tidspunkter.
Pathway View
Dette skjermbildet viser en innlastet bane som er direkte kombinert med matrisedataene du har lastet inn.
Pathway Editor
Med denne integrerte kartredigeringen kan du enkelt opprette nye stier eller redigere eksisterende.
Prediksjon av genfunksjon
Ofte har du ingen informasjon om et probesett fordi det er en EST eller fordi det ikke har blitt analysert før. Med denne modulen kan du få ny informasjon fra probesett eller egendefinerte sekvenser via et BLAST-søk (online). Mulige nye genfunksjoner vil da bli vist.
Detaljer om funksjonsforutsigelse
Detaljer om funksjonsprediksjonen.
PubMED-forskning
PubMED er verdens største database med medisinske artikler (ligger på Ncbis nettsted). Denne modulen søker i denne databasen og returnerer relevante resultater for det angitte begrepet (eller genet).
MeSH-forskning
MeSH (Medical Subject Headings) gir ordnede termer for å forbedre PubMED-søk, for eksempel.
Genetisk nettverk
Forholdet mellom genene som er beskrevet i sammendragene fra PubMED, vises her som et relasjonsdiagram.
Genfunksjoner for mikroarray
Denne algoritmen presenterer dataene i en tabell med alle genfunksjonene fra genene du tidligere har filtrert, eller du kan gjøre det for hele matrisen.
GeneOntology for en matrise
Dette viser genfunksjonene i en GeneOntology-lignende visning.
Informasjon om probesett
Dialogboksen for geninformasjon. Her får du mer detaljert informasjon fra søket, som sekvens, beskrivelse og mer.
Detaljer om probesettet
I dette skjermbildet har du direkte tilgang til lenkene for mer informasjon om søket ditt. I motsetning til i andre programmer kan du klikke på en lenke og få direkte tilgang til resultatsiden uten å fylle ut webskjemaer.
Funksjoner for Probeset
En annen GeneOntology-graf av genfunksjonene fra genet.
Forskning på Internett
I dette skjermbildet kan du se direktekoblinger for mer informasjon om søket ditt. I motsetning til i andre programmer kan du klikke på en lenke og komme direkte til resultatsiden uten å fylle ut webskjemaer.
Klyngevisning
Denne klyngen kan enkelt lages. Den viser de mest like verdiene sammenkoblet i en graf.
Spredningsdiagram
En annen visning fra klyngealgoritmen.
