GENOM 2005: Avanceret Microarray-analysesoftware
GENOM 2005 er en omfattende, funktionsrig bioinformatikplatform designet til avanceret analyse af mikroarray- og array-baserede differentielle genekspressionseksperimenter. Specielt udviklet til at understøtte arrays med høj tæthed - såsom dem fra Affymetrix - bygger denne brugervenlige software bro over kløften mellem rå databehandling og biologisk indsigt med stor effekt. Ved at integrere multi-metode analytiske pipelines, automatiseret pathway mapping, forudsigelig funktionel genomik og direkte litteraturkrydsreference fremskynder GENOM 2005 opdagelsesarbejdsgange for molekylærbiologer, genetikere og kliniske forskere.
Dynamisk udtryksprofilering
Visualiser multi-signal array data øjeblikkeligt med brugerdefinerbar, højkontrast farvekodning designet til hurtig data revision. Hver transkriptrække er fuldt ud kortlagt til dets tilsvarende officielle gensymbol og standarddatabaseadgangsnummer.
Genekspressionsgraf
Se hurtigt, hvilke array-data der har flest toppe. Zoom ind/ud for nemt at finde de interessante steder på dit array.
Interaktiv 3D Microarray Topologi
Gengiv sondeintensiteter i en fordybende 3D rumlig visning. Sammenlign ubesværet flere arrays side om side for at lokalisere statistisk signifikante afvigende probesets. Sorter data dynamisk efter biologisk funktion eller fysisk kromosomalt locus.
Kromosomale kortlægningskoordinater
Kortlæg og vis transkriptionsprofiler sekventielt baseret på deres fysiske koordinatfordeling på tværs af kromosomer, og afslører regionale genetiske op- eller nedreguleringer.
Tidsforløbsudtryksbaner
Spor specifik probesætkinetik på tværs af sekventielle tidspunkter eller betingelser. Lineære trendgrafer isolerer co-regulerede gengrupper på tværs af komplekse eksperimentelle faser.
Direkte Pathway Integration
Overlæg øjeblikkeligt dine indlæste transkriptomiske profiler på standardiserede biologiske vejkort. Denne native tværbinding giver dig mulighed for at observere systemiske metaboliske eller signaleringsjusteringer med et øjeblik.
Precision Pathway Arkitekt
Brug den integrerede vektorkorteditor til at konstruere originale, skræddersyede molekylære veje fra bunden, eller rediger hurtigt eksisterende offentlige netværk for at matche dine unikke laboratoriehypoteser.
Automatiseret BLAST funktionel forudsigelse
Ikke-karakteriserede sekvenser og Expressed Sequence Tags (EST'er) begrænser ikke længere dit opdagelsesomfang. Send uannoterede transskriptioner eller tilpassede FASTA-sekvenser til en online BLAST-forespørgsel direkte gennem platformen for at forudsige nye genfunktioner og strukturelle identiteter.
Funktionsforudsigelsesdetaljer
Detaljer om funktionsforudsigelsen.
Integreret PubMed Litteratur Mining
Forespørg det globale PubMed-arkiv direkte i softwarearbejdsområdet. Uddrag og returner kontekstuelt relevant medicinsk og videnskabelig litteratur baseret på filtrerede gener eller målsøgeord.
MeSH semantikoptimering
Udnyt integrerede Medical Subject Headings (MeSH) hierarkier til at konstruere præcise, højnøjagtige forespørgselsstrenge til automatiseret litteraturindhentning.
Dynamiske geninteraktionsnetværk
Generer relationsdiagrammer baseret på samtidig forekomst og videnskabelige korrelationer inden for hentede PubMed-abstrakter, visualisering af komplekse gen-til-gen interaktom-netværk.
Genfunktioner for Microarray
Denne algoritme præsenterer dataene i en tabel med alle genfunktionerne fra de gener, du tidligere har filtreret fra. Dette kan gøres for hele arrayet.
GeneOntology (GO) Core Mapping
Kategoriser og gennemgå filtrerede datasæt ved hjælp af struktureret GeneOntology-terminologi. Probesetfordelinger kan analyseres på tværs af interaktive GO-træer for at evaluere cellulære komponenter, molekylære funktioner eller overordnede biologiske processer.
Probeset information
Geninformationsdialogen. Her får du mere detaljeret information fra den søgte forespørgsel som rækkefølge, beskrivelse og mere.
Øjeblikkelig forespørgselshyperlink
Få adgang til eksterne genomiske depoter uden datafriktion. Du skal blot klikke på et referencelink inde i et probeset-kort for at starte den nøjagtige online-målside uden at udfylde webopslagsformularer manuelt.
Funktioner til Probeset
En anden GeneOntology-graf af genet fungerer fra genet.
Deep In-Silico Research & Database Cross-Linking
GENOM 2005 integrerer eksterne databaser direkte i sin grænseflade, hvilket eliminerer behovet for manuelt at skifte mellem webbrowsere og eksterne søgeformularer.
Matrix hierarkisk klyngning
Udfør komplekse klyngealgoritmer med minimal konfiguration. Softwaren grupperer automatisk lignende genekspressionsprofiler sammen og genererer klare, fortolkende heatmaps og dendrogrammer.
Interaktive scatterplots
Evaluer globale transkriptvarianser, vurder teknisk eller biologisk replikatensartethed, og spor komparative udtryksafvigelser ved hjælp af dynamiske, multivariable scatterplot-grafer.