GENOM 2005
Mikroarray-analyse til Affymetrix-arrays
Funktionsrig og brugervenlig applikation til analyse af array-eksperimenter (f.eks. fra leverandøren Affymetrix). Det omfatter yderligere geninformation, flere analysemetoder, automatisk kortlægning af veje med en editor, forudsigelse af funktioner...
Microarray DNA-analyse
Genom 2005 præsenterer data i forskellige farver for hvert signal. Du får et hurtigt overblik over dataene. Et gennavn og et accessionsnummer for hvert probesæt præsenteres i hver række.
Graf over genekspression
Dette er et diagram med et array. Det viser en bjælke for hvert probesæt.
3D-visning
Du kan vise hvert signal på dit array i en 3D-visning. Når du sammenligner det med et andet array, kan du nemt finde interessante probesæt. Du kan også sortere signalerne efter genfunktion eller genplacering.
Kromosomets placering
Denne visning viser alle probesæt i rækkefølge efter deres placering på kromosomet.
Genekspressionsproces
Dette skærmbillede viser en graf, hvor hvert probesæt er repræsenteret af en linje. Det viser op/ned-reguleringen af et gen mellem forskellige tidspunkter.
Vejvisning
Dette skærmbillede viser en indlæst bane, som kombineres direkte med de array-data, du har indlæst.
Redaktør af forløb
Med denne integrerede korteditor kan du nemt oprette nye stier eller redigere en eksisterende.
Forudsigelse af genfunktion
Ofte har man ingen oplysninger om et probesæt, fordi det er en EST, eller fordi det ikke er blevet analyseret før. Med dette modul kan du få nye oplysninger fra probesæt eller brugerdefinerede sekvenser via en BLAST-søgning (online). Mulige nye genfunktioner vil derefter blive vist.
Detaljer om funktionsforudsigelse
Detaljer om funktionsforudsigelsen.
PubMED-forskning
PubMED er verdens største database med medicinske artikler (hostet på Ncbi's hjemmeside). Dette modul søger i denne database og returnerer relevante resultater for den indtastede term (eller gen).
MeSH-forskning
MeSH (Medical Subject Headings) giver ordnede termer for at forbedre PubMED-søgninger, for eksempel.
Gen-netværk
Forholdet mellem de gener, der er beskrevet i abstracts fra PubMED, vises her som et relationsdiagram.
Genfunktioner til mikroarray
Denne algoritme præsenterer dataene i en tabel med alle genfunktionerne fra de gener, du tidligere har filtreret, eller kan udføres for hele arrayet.
GeneOntology for en matrix
Dette viser genfunktionerne i en GeneOntology-lignende visning.
Information om probesæt
Dialogboksen med genoplysninger. Her får du mere detaljerede oplysninger fra den søgte forespørgsel som sekvens, beskrivelse og meget mere.
Detaljer om probesæt
I dette skærmbillede kan du få direkte adgang til links for at få flere oplysninger om din forespørgsel. I modsætning til andre programmer kan du klikke på et link og få direkte adgang til resultatsiden uden at udfylde webformularer.
Funktioner til Probeset
En anden GeneOntology-graf over genfunktionerne fra genet.
Forskning på internettet
I dette skærmbillede kan du se direkte links til mere information om din forespørgsel. I modsætning til andre programmer kan du klikke på et link og komme direkte til resultatsiden uden at udfylde webformularer.
Klyngevisning
Denne klynge kan nemt laves. Den viser de mest lige værdier parret sammen i en graf.
Spredningsdiagram
Et andet billede af klyngealgoritmen.
