GENOM 2005: Προηγμένο λογισμικό ανάλυσης μικροσυστοιχιών
Το GENOM 2005 είναι μια ολοκληρωμένη πλατφόρμα βιοπληροφορικής με πλούσιες λειτουργίες, σχεδιασμένη για την προηγμένη ανάλυση πειραμάτων μικροσυστοιχιών και πειραμάτων διαφορικής έκφρασης γονιδίων που βασίζονται σε συστοιχίες. Ειδικά σχεδιασμένο για να υποστηρίζει συστοιχίες υψηλής πυκνότητας —όπως αυτές της Affymetrix—, αυτό το φιλικό προς τον χρήστη λογισμικό γεφυρώνει το χάσμα μεταξύ της επεξεργασίας ακατέργαστων δεδομένων και των βιολογικών συμπερασμάτων υψηλής σημασίας. Μέσω της ενσωμάτωσης αναλυτικών ροών πολλαπλών μεθόδων, της αυτοματοποιημένης χαρτογράφησης μεταβολικών οδών, της προγνωστικής λειτουργικής γονιδιωματικής και της άμεσης διασταύρωσης με τη βιβλιογραφία, το GENOM 2005 επιταχύνει τις ροές εργασίας ανακάλυψης για μοριακούς βιολόγους, γενετιστές και κλινικούς ερευνητές.
Δυναμική ανάλυση προφίλ έκφρασης
Απεικονίστε άμεσα δεδομένα συστοιχιών πολλαπλών σημάτων με προσαρμόσιμη χρωματική κωδικοποίηση υψηλής αντίθεσης, σχεδιασμένη για γρήγορο έλεγχο των δεδομένων. Κάθε σειρά μεταγραφής αντιστοιχεί πλήρως στο αντίστοιχο επίσημο σύμβολο γονιδίου και στον τυποποιημένο αριθμό καταχώρισης της βάσης δεδομένων.
Γράφημα έκφρασης γονιδίων
Δείτε γρήγορα ποια δεδομένα του πίνακα παρουσιάζουν τις περισσότερες κορυφές. Μεγεθύνετε ή σμικρύνετε την εικόνα για να εντοπίσετε εύκολα τα σημεία που σας ενδιαφέρουν στον πίνακά σας.
Διαδραστική τοπολογία μικροσυστοιχιών σε 3D
Απεικονίστε τις εντάσεις των ανιχνευτών σε μια εμβυθιστική τρισδιάστατη χωρική προβολή. Συγκρίνετε εύκολα πολλαπλές συστοιχίες δίπλα-δίπλα για να εντοπίσετε στατιστικά σημαντικές συστοιχίες ανιχνευτών που αποτελούν ακραίες τιμές. Ταξινομήστε τα δεδομένα δυναμικά ανά βιολογική λειτουργία ή φυσική χρωμοσωμική θέση.
Συντεταγμένες χρωμοσωμικής χαρτογράφησης
Χαρτογράφηση και απεικόνιση των προφίλ μεταγραφών κατά σειρά, με βάση τη φυσική κατανομή των συντεταγμένων τους στα χρωμοσώματα, αποκαλύπτοντας περιφερειακές γενετικές αυξήσεις ή μειώσεις της έκφρασης.
Τροχιές έκφρασης κατά τη διάρκεια του χρόνου
Παρακολουθήστε την κινητική συγκεκριμένων συνόλων ανιχνευτών σε διαδοχικά χρονικά σημεία ή συνθήκες. Τα γραφήματα γραμμικής τάσης απομονώνουν ομάδες γονιδίων που ρυθμίζονται από κοινού σε σύνθετες πειραματικές φάσεις.
Άμεση ενσωμάτωση διαδρομών
Επικάλυψε αμέσως τα μεταγραφωματικά προφίλ που έχεις φορτώσει πάνω σε τυποποιημένους χάρτες βιολογικών οδών. Αυτή η ενσωματωμένη διασταύρωση δεδομένων σου επιτρέπει να παρατηρήσεις με μια ματιά τις συστημικές μεταβολικές ή σηματοδοτικές προσαρμογές.
Αρχιτέκτονας Διαδρομών Ακριβείας
Χρησιμοποιήστε τον ενσωματωμένο επεξεργαστή διανυσματικών χαρτών για να δημιουργήσετε από το μηδέν πρωτότυπες, εξατομικευμένες μοριακές οδούς ή να επεξεργαστείτε γρήγορα υπάρχοντα δημόσια δίκτυα, ώστε να ανταποκρίνονται στις δικές σας εργαστηριακές υποθέσεις.
Αυτοματοποιημένη πρόβλεψη λειτουργίας με BLAST
Οι μη χαρακτηρισμένες αλληλουχίες και οι Ετικέτες Εκφραζόμενων Αλληλουχιών (EST) δεν περιορίζουν πλέον το εύρος των ανακαλύψεών σας. Υποβάλετε μη σχολιασμένα μεταγραφώματα ή προσαρμοσμένες αλληλουχίες FASTA σε μια διαδικτυακή αναζήτηση BLAST απευθείας μέσω της πλατφόρμας, προκειμένου να προβλέψετε νέες γονιδιακές λειτουργίες και δομικές ταυτότητες.
Λεπτομέρειες πρόβλεψης λειτουργιών
Λεπτομέρειες σχετικά με την πρόβλεψη της συνάρτησης.
Ολοκληρωμένη εξόρυξη βιβλιογραφίας από το PubMed
Πραγματοποιήστε αναζήτηση στο παγκόσμιο αρχείο PubMed απευθείας από το περιβάλλον εργασίας του λογισμικού. Εξάγετε και εμφανίστε ιατρική και επιστημονική βιβλιογραφία σχετική με το συγκεκριμένο πλαίσιο, με βάση φιλτραρισμένα γονίδια ή συγκεκριμένες λέξεις-κλειδιά.
Βελτιστοποίηση της σημασιολογίας του MeSH
Αξιοποιήστε τις ενσωματωμένες ιεραρχίες του Medical Subject Headings (MeSH) για τη δημιουργία ακριβών και υψηλής ακρίβειας συμβολοσειρών αναζήτησης για την αυτοματοποιημένη αναζήτηση βιβλιογραφίας.
Δυναμικά δίκτυα γονιδιακών αλληλεπιδράσεων
Δημιουργία διαγραμμάτων σχέσεων με βάση τη συνύπαρξη και τις επιστημονικές συσχετίσεις εντός των περιλήψεων που έχουν ανακτηθεί από τη βάση δεδομένων PubMed, με σκοπό την οπτικοποίηση σύνθετων δικτύων αλληλεπιδράσεων μεταξύ γονιδίων.
Λειτουργίες γονιδίων για μικροσυστοιχίες
Αυτός ο αλγόριθμος παρουσιάζει τα δεδομένα σε έναν πίνακα με όλες τις λειτουργίες των γονιδίων που είχατε φιλτράρει προηγουμένως. Αυτό μπορεί να γίνει για ολόκληρο το πλέγμα.
Βασική αντιστοίχιση της Gene Ontology (GO)
Κατηγοριοποιήστε και εξετάστε τα φιλτραρισμένα σύνολα δεδομένων χρησιμοποιώντας τη δομημένη ορολογία της Gene Ontology. Οι κατανομές των συνόλων ανιχνευτών μπορούν να αναλυθούν σε διαδραστικά δέντρα GO, προκειμένου να αξιολογηθούν τα κυτταρικά συστατικά, οι μοριακές λειτουργίες ή οι γενικές βιολογικές διεργασίες.
Πληροφορίες για το σύνολο ερωτήσεων
Το παράθυρο διαλόγου με τις πληροφορίες για το γονίδιο. Εδώ μπορείτε να βρείτε πιο λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με το αποτέλεσμα της αναζήτησης, όπως την αλληλουχία, την περιγραφή και άλλα.
Άμεση δημιουργία υπερσυνδέσμων για ερωτήματα
Αποκτήστε πρόσβαση σε εξωτερικά αποθετήρια γονιδιωματικών δεδομένων χωρίς κανένα εμπόδιο. Απλώς κάντε κλικ σε οποιονδήποτε σύνδεσμο αναφοράς μέσα σε μια κάρτα συνόλου ανιχνευτών για να ανοίξετε την ακριβή διαδικτυακή σελίδα-στόχο, χωρίς να χρειαστεί να συμπληρώσετε χειροκίνητα φόρμες αναζήτησης στο διαδίκτυο.
Συναρτήσεις για το Probeset
Ένα ακόμη διάγραμμα GeneOntology που απεικονίζει τις λειτουργίες του γονιδίου.
Εμπεριστατωμένη έρευνα in silico και διασταύρωση δεδομένων
Το GENOM 2005 ενσωματώνει εξωτερικές βάσεις δεδομένων απευθείας στη διεπαφή του, εξαλείφοντας την ανάγκη να μεταβαίνετε χειροκίνητα από τους περιηγητές ιστού στις εξωτερικές φόρμες αναζήτησης.
Ιεραρχική ομαδοποίηση με τη μέθοδο Matrix
Εκτελέστε πολύπλοκους αλγόριθμους ομαδοποίησης με ελάχιστες ρυθμίσεις. Το λογισμικό ομαδοποιεί αυτόματα παρόμοια προφίλ γονιδιακής έκφρασης, δημιουργώντας σαφείς και κατανοητούς χάρτες θερμότητας και δενδρογράμματα.
Διαδραστικά διαγράμματα διασποράς
Αξιολογήστε τις γενικές αποκλίσεις μεταγραφής, αξιολογήστε την τεχνική ή βιολογική ομοιομορφία αντιγραφής και παρακολουθήστε τις συγκριτικές αποκλίσεις έκφρασης χρησιμοποιώντας δυναμικά γραφήματα διασποράς πολλαπλών μεταβλητών.