GENOM 2005: Mikroarray-analys för Affymetrix-arrayer
Funktionsrik och användarvänlig applikation för analys av array-experiment (t.ex. från leverantören Affymetrix). Den innehåller ytterligare geninformation, flera analysmetoder, automatisk kartläggning av vägar med en editor, funktionsprediktion...
DNA-analys med mikroarray
Genom 2005 presenterar data i olika färger för varje signal. Du får en snabb överblick över data. Ett gennamn och ett accessionsnummer för varje probeset presenteras i varje rad.
Graf över genuttryck
Detta är ett diagram med en matris. Det visar en stapel för varje probeset.
3D-vy
Du kan visa varje signal i din array i en 3D-vy. När du jämför den med en annan array kan du enkelt hitta intressanta probeset. Du kan också sortera signalerna efter genfunktion eller genplacering.
Kromosomens läge
I den här vyn visas alla probesets ordnade efter deras plats på kromosomen.
Genexpressionsprocessen
Den här skärmdumpen visar ett diagram där varje probeset representeras av en linje. Den visar upp- och nedregleringen av en gen mellan olika tidpunkter.
Utsikt över banor
Den här skärmdumpen visar en laddad pathway som kombineras direkt med de array-data som du har laddat.
Pathway Editor
Med den här integrerade kartredigeraren kan du enkelt skapa nya vägar eller redigera en befintlig.
Förutsägelse av genfunktion
Ofta har du ingen information om en probeset eftersom den är en EST eller inte har analyserats tidigare. Med den här modulen kan du få ny information från probeset eller anpassade sekvenser via en BLAST-sökning (online). Möjliga nya genfunktioner kommer sedan att visas.
Detaljer om funktionsförutsägelse
Detaljer om funktionsförutsägelsen.
PubMED Forskning
PubMED är den största databasen i världen med medicinska artiklar (finns på Ncbis webbplats). Den här modulen söker i databasen och returnerar relevanta resultat för den angivna termen (eller genen).
MeSH forskning
MeSH (Medical Subject Headings) tillhandahåller ordnade termer för att förbättra PubMED-sökningar, t.ex.
Gen-nätverk
Förhållandet mellan de gener som beskrivs i sammanfattningarna från PubMED visas här som ett relationsdiagram.
Genfunktioner för mikroarray
Denna algoritm presenterar data i en tabell med alla genfunktioner från de gener som du tidigare filtrerade, eller kan göras för hela arrayen.
GeneOntologi för en matris
Här visas genfunktionerna i en GeneOntology-liknande vy.
Probeset Information
Dialogrutan för geninformation. Här får du mer detaljerad information från den sökta frågan, t.ex. sekvens, beskrivning och mer.
Probeset Detaljer
I den här skärmdumpen kan du direkt komma åt länkarna för mer information om din fråga. Till skillnad från i andra program kan du klicka på en länk och komma direkt till resultatsidan utan att fylla i webbformulär.
Funktioner för Probeset
En annan GeneOntology-graf av genfunktionerna från genen.
Internetforskning
I den här skärmdumpen kan du se direktlänkar för mer information om din fråga. Till skillnad från i andra program kan du klicka på en länk och komma direkt till resultatsidan utan att fylla i webbformulär.
Klustervy
Detta kluster kan göras enkelt. Det visar de mest lika värdena parade tillsammans i en graf.
Spridningsdiagram
En annan vy från klusteralgoritmen.