GENOM 2005: Affymetrix dizileri için mikroarray analizi
Dizi deneylerini (örneğin Affymetrix sağlayıcısından) analiz etmek için zengin özelliklere sahip ve kullanıcı dostu bir uygulama. Ek gen bilgileri, çoklu analiz yöntemleri, bir editör ile otomatik yol haritalama, fonksiyon tahmini içerir...
Mikroarray DNA Analizi
Genom 2005, verileri her sinyal için farklı renklerde sunar. Verilere hızlı bir genel bakış elde edersiniz. Her satırda bir gen adı ve her probeset için bir erişim numarası sunulur.
Gen İfade Grafiği
Bu, tek dizili bir diyagramdır. Her prob seti için bir çubuk gösterir.
3D Görünüm
Dizinizdeki her sinyali 3D görünümde görüntüleyebilirsiniz. Başka bir dizi ile karşılaştırırken, ilginç prob setlerini kolayca bulabilirsiniz. Sinyalleri gen fonksiyonuna veya gen konumuna göre de sıralayabilirsiniz.
Kromozom Konumu
Bu görünüm, kromozom üzerindeki konumlarına göre sıralanan tüm prob setlerini görüntüler.
Gen İfade Süreci
Bu ekran görüntüsü, her prob setinin bir çizgi ile temsil edildiği bir grafiği göstermektedir. Bir genin farklı zamanlar arasındaki yukarı/aşağı regülasyonunu gösterir.
Yol Görünümü
Bu ekran görüntüsü, yüklediğiniz dizi verileriyle doğrudan birleştirilen yüklenmiş bir yolu göstermektedir.
Pathway Editörü
Bu entegre harita editörü ile kolayca yeni yollar oluşturabilir veya mevcut bir yolu düzenleyebilirsiniz.
Gen Fonksiyonu Tahmini
Genellikle bir probeset hakkında bilginiz yoktur çünkü bu bir EST'dir veya daha önce analiz edilmemiştir. Bu modül ile bir BLAST araması (çevrimiçi) üzerinden probesetlerden veya özel dizilerden yeni bilgiler alabilirsiniz. Olası yeni gen fonksiyonları daha sonra gösterilecektir.
Fonksiyon Tahmin Detayları
İşlev tahminiyle ilgili ayrıntılar.
PubMED Araştırma
PubMED, tıbbi makaleler içeren dünyanın en büyük veritabanıdır (Ncbi web sitesinde barındırılmaktadır). Bu modül bu veritabanında arama yapar ve girilen terimle (veya genle) ilgili sonuçları döndürür.
MeSH Araştırma
MeSH (Tıbbi Konu Başlıkları), örneğin PubMED aramalarını iyileştirmek için sıralı terimler sağlar.
Gen Ağı
PubMED'den alınan özetlerde açıklanan genlerin ilişkisi burada ilişki diyagramı olarak gösterilmiştir.
Mikroarray için gen fonksiyonları
Bu algoritma, verileri daha önce filtrelediğiniz genlerden gelen tüm gen işlevlerini içeren bir tabloda sunar veya tüm dizi için yapılabilir.
Bir Dizi için GenOntolojisi
Bu, gen fonksiyonlarını GeneOntology benzeri bir görünümde görüntüler.
Probeset Bilgileri
Gen bilgileri iletişim kutusu. Burada, aranan sorgudan sekans, açıklama ve daha fazlası gibi daha ayrıntılı bilgiler alırsınız.
Probeset Detayları
Bu ekran görüntüsünde, sorgunuz hakkında daha fazla bilgi için bağlantılara doğrudan erişebilirsiniz. Diğer programlardan farklı olarak bir bağlantıya tıklayabilir ve web formlarını doldurmadan doğrudan sonuç sayfasına erişebilirsiniz.
Probeset için Fonksiyonlar
Genden gelen gen fonksiyonlarının başka bir GeneOntology grafiği.
İnternet Araştırması
Bu ekran görüntüsünde, sorgunuz hakkında daha fazla bilgi için doğrudan bağlantıları görebilirsiniz. Diğer programların aksine, bir bağlantıya tıklayabilir ve web formlarını doldurmadan doğrudan sonuç sayfasına gidebilirsiniz.
Küme Görünümü
Bu küme kolayca oluşturulabilir. Bir grafikte bir araya getirilmiş en eşit değerleri gösterir.
Scatterplot
Küme algoritmasından başka bir görünüm.