GENOM 2005: Napredna programska oprema za analizo mikromrež
GENOM 2005 je obsežna bioinformatska platforma, bogata s funkcijami, zasnovana za napredno analizo eksperimentov z mikromrežami in diferencialnim genskim izražanjem na osnovi nizov. Ta uporabniku prijazna programska oprema, zasnovana posebej za podporo nizov z visoko gostoto – kot so tisti iz Affymetrixa – premosti vrzel med obdelavo neobdelanih podatkov in biološkimi vpogledi z velikim vplivom. Z integracijo večmetodnih analitičnih cevovodov, avtomatiziranega kartiranja poti, napovedne funkcionalne genomike in neposrednega navzkrižnega sklicevanja na literaturo GENOM 2005 pospešuje delovne tokove odkrivanja za molekularne biologe, genetike in klinične raziskovalce.
Dinamično profiliranje izrazov
Takoj vizualizirajte podatke niza z več signali s prilagodljivim barvnim kodiranjem z visokim kontrastom, zasnovanim za hitro revizijo podatkov. Vsaka vrstica prepisa je v celoti preslikana na svoj ustrezni uradni genski simbol in standardno pristopno številko baze podatkov.
Graf izražanja genov
Hitro si oglejte, kateri matrični podatki imajo največ vrhov. Povečajte/pomanjšajte, da preprosto najdete zanimiva mesta v nizu.
Interaktivna 3D mikromrežna topologija
Upodabljanje intenzivnosti sonde v poglobljenem 3D prostorskem pogledu. Enostavno primerjajte več nizov enega ob drugem, da natančno določite statistično pomembne izstopajoče nabore sond. Dinamično razvrstite podatke po biološki funkciji ali fizičnem kromosomskem lokusu.
Koordinate kromosomskega preslikave
Zaporedoma preslikajte in prikažite profile prepisov glede na njihovo porazdelitev fizičnih koordinat po kromosomih, kar razkrije regionalne genetske regulacije navzgor ali navzdol.
Trajektorije izražanja časovnega poteka
Sledite določeni kinetiki nabora sond v zaporednih časovnih točkah ali pogojih. Grafi linearnega trenda izolirajo soregulirane genske skupine v kompleksnih eksperimentalnih fazah.
Integracija neposredne poti
Takoj prekrijte svoje naložene transkriptomske profile na standardizirane zemljevide bioloških poti. To izvorno navzkrižno povezovanje vam omogoča, da na prvi pogled opazujete sistemske presnovne ali signalne prilagoditve.
Precision Pathway Architect
Uporabite integrirani urejevalnik vektorskih zemljevidov za izdelavo izvirnih molekularnih poti po meri iz nič ali hitro uredite obstoječa javna omrežja, da se ujemajo z vašimi edinstvenimi laboratorijskimi hipotezami.
Avtomatizirano funkcionalno predvidevanje BLAST
Neznačilna zaporedja in oznake izraženih zaporedij (EST) ne omejujejo več vašega obsega odkrivanja. Predložite neoznačene transkripte ali zaporedja FASTA po meri v spletno poizvedbo BLAST neposredno prek platforme za predvidevanje novih genskih funkcij in strukturnih identitet.
Podrobnosti napovedi funkcije
Podrobnosti o napovedi funkcije.
Integrirano rudarjenje literature PubMed
Poizvedujte po globalnem arhivu PubMed neposredno v delovnem prostoru programske opreme. Izvlecite in vrnite kontekstualno relevantno medicinsko in znanstveno literaturo na podlagi filtriranih genov ali ciljnih ključnih besed.
Optimizacija semantike MeSH
Izkoristite integrirane hierarhije medicinskih naslovov (MeSH) za izdelavo natančnih nizov poizvedb z visoko natančnostjo za avtomatizirano pridobivanje literature.
Omrežja dinamične interakcije genov
Ustvarite diagrame odnosov, ki temeljijo na sopojavljanju in znanstvenih korelacijah znotraj pridobljenih izvlečkov PubMed, ki vizualizirajo kompleksna omrežja interakcij med genoma.
Funkcije genov za Microarray
Ta algoritem predstavi podatke v tabeli z vsemi funkcijami genov iz genov, ki ste jih predhodno filtrirali. To je mogoče storiti za celotno polje.
GeneOntology (GO) Core Mapping
Kategorizirajte in pregledujte filtrirane nize podatkov z uporabo strukturirane terminologije GeneOntology. Porazdelitve nabora sond je mogoče analizirati prek interaktivnih dreves GO, da se ocenijo celične komponente, molekularne funkcije ali splošni biološki procesi.
Informacije o probesetu
Pogovorno okno z informacijami o genih. Tukaj dobite podrobnejše informacije iz iskane poizvedbe, kot so zaporedje, opis in drugo.
Hiperpovezava takojšnje poizvedbe
Dostopajte do zunanjih genomskih skladišč brez trenja glede podatkov. Preprosto kliknite katero koli referenčno povezavo znotraj kartice probeset, da zaženete točno spletno ciljno stran brez ročnega izpolnjevanja obrazcev za spletno iskanje.
Funkcije za Probeset
Še en graf GeneOntology funkcij gena iz gena.
Internetne raziskave
Na tej zaslonski sliki so prikazane neposredne povezave za več informacij o poizvedbi. V nasprotju z drugimi programi lahko kliknete na povezavo in pridete neposredno na stran z rezultati, ne da bi morali izpolnjevati spletne obrazce.
Pogled na grozd
Ta grozd je mogoče preprosto izdelati. Prikazuje najbolj enake vrednosti, ki so združene v paru v grafu.
Diagram razpršitve
Še en pogled na algoritem grozdenja.