GENOM 2005: Analýza mikročipov pre matice Affymetrix
Funkčne bohatá a používateľsky prívetivá aplikácia na analýzu experimentov s maticami (napr. od poskytovateľa Affymetrix). Obsahuje dodatočné informácie o génoch, viaceré metódy analýzy, automatické mapovanie dráh pomocou editora, predpovedanie funkcií...
Analýza DNA pomocou mikročipov
Genom 2005 prezentuje údaje pre každý signál rôznymi farbami. Získate tak rýchly prehľad o údajoch. V každom riadku je uvedený názov génu a prístupové číslo pre každú sadu sond.
Graf expresie génov
Toto je diagram s jedným poľom. Zobrazuje stĺpec pre každú sadu sond.
3D pohľad
Každý signál na poli môžete zobraziť v 3D zobrazení. Pri porovnávaní s iným poľom môžete ľahko nájsť zaujímavé sady sond. Signály môžete tiež triediť podľa funkcie génu alebo umiestnenia génu.
Umiestnenie chromozómu
V tomto zobrazení sa zobrazia všetky sady sond podľa ich umiestnenia na chromozóme.
Proces expresie génov
Tento obrázok zobrazuje graf, v ktorom je každá sada sond reprezentovaná čiarou. Zobrazuje reguláciu génu smerom hore/dole medzi rôznymi časovými obdobiami.
Pohľad na cestu
Na tomto obrázku je zobrazená načítaná cesta, ktorá je priamo kombinovaná s údajmi poľa, ktoré ste načítali.
Editor cesty
Pomocou tohto integrovaného editora máp môžete jednoducho vytvárať nové cesty alebo upravovať existujúce.
Predpovedanie funkcie génu
Často nemáte žiadne informácie o sondách, pretože ide o EST alebo neboli predtým analyzované. Pomocou tohto modulu môžete získať nové informácie zo sondových súborov alebo vlastných sekvencií prostredníctvom vyhľadávania BLAST (online). Potom sa zobrazia možné nové funkcie génov.
Podrobnosti o predpovedi funkcie
Podrobnosti o predpovedi funkcie.
Výskum PubMED
PubMED je najväčšia databáza lekárskych článkov na svete (umiestnená na webovej stránke Ncbi). Tento modul vyhľadáva v tejto databáze a vracia relevantné výsledky k zadanému termínu (alebo génu).
Výskum MeSH
MeSH (Medical Subject Headings) poskytuje usporiadané termíny na zlepšenie vyhľadávania PubMED, napríklad.
Sieť génov
Vzťahy medzi génmi opísanými v abstraktoch z PubMED sú tu zobrazené ako diagram vzťahov.
Funkcie génov pre Microarray
Tento algoritmus prezentuje údaje v tabuľke so všetkými génovými funkciami z génov, ktoré ste predtým vyfiltrovali, alebo sa môže vykonať pre celú maticu.
GeneOntológia pre pole
Zobrazí funkcie génov v zobrazení podobnom GeneOntology.
Informácie o sondách
Dialógové okno s informáciami o géne. Tu získate podrobnejšie informácie z vyhľadávaného dotazu, ako je sekvencia, opis a ďalšie.
Podrobnosti o sondách
Na tejto snímke obrazovky máte priamy prístup k odkazom, kde nájdete ďalšie informácie o svojej požiadavke. Na rozdiel od iných programov môžete kliknúť na odkaz a priamo sa dostať na stránku s výsledkami bez vypĺňania webových formulárov.
Funkcie pre Probeset
Ďalší graf GeneOntology funkcií génu z génu.
Internetový výskum
Na tomto obrázku môžete vidieť priame odkazy na ďalšie informácie o vašej požiadavke. Na rozdiel od iných programov môžete kliknúť na odkaz a dostať sa priamo na stránku s výsledkami bez vypĺňania webových formulárov.
Zobrazenie klastra
Toto zoskupenie sa dá ľahko vytvoriť. Zobrazuje najviac rovnakých hodnôt spárovaných v grafe.
Rozptyl
Ďalší pohľad na zhlukový algoritmus.