GENOM 2005: Mikrosirujen analyysi Affymetrix-matriiseja varten
Ominaisuusrikas ja käyttäjäystävällinen sovellus array-kokeiden analysointiin (esim. Affymetrixin tarjoama). Se sisältää lisägeenitietoja, useita analyysimenetelmiä, automaattisen polkukartoituksen editorin avulla, toimintojen ennustamisen....
DNA-mikrosirujen analyysi
Genom 2005 esittää tiedot eri väreillä kunkin signaalin osalta. Saat nopean yleiskuvan tiedoista. Jokaisella rivillä esitetään geenin nimi ja liittymisnumero kullekin koettimelle.
Geeniekspressiokaavio
Tämä on kaavio, jossa on yksi joukko. Siinä näkyy palkki jokaiselle koettimelle.
3D-näkymä
Voit näyttää jokaisen signaalin 3D-näkymässä. Kun vertaat sitä toiseen arrayyn, voit helposti löytää mielenkiintoisia koettimien sarjoja. Voit myös lajitella signaalit geenifunktion tai geenin sijainnin mukaan.
Kromosomin sijainti
Tässä näkymässä näytetään kaikki koesarjat niiden sijainnin mukaan kromosomissa.
Geenien ilmentymisprosessi
Tässä kuvakaappauksessa näkyy kuvaaja, jossa jokainen koettimien joukko on esitetty viivalla. Se osoittaa geenin ylös/alas-säätelyn eri ajankohtien välillä.
Polunäkymä
Tässä kuvakaappauksessa näkyy ladattu polku, joka yhdistetään suoraan lataamiisi array-tietoihin.
Polkujen toimittaja
Tämän integroidun karttaeditorin avulla voit helposti luoda uusia polkuja tai muokata olemassa olevia polkuja.
Geenin toiminnan ennustaminen
Usein sinulla ei ole tietoa koejoukosta, koska se on EST tai sitä ei ole analysoitu aiemmin. Tämän moduulin avulla voit saada uutta tietoa probeseteistä tai mukautetuista sekvensseistä BLAST-haun avulla (verkossa). Tällöin näytetään mahdolliset uudet geenitoiminnot.
Toiminnon ennusteen yksityiskohdat
Toiminnon ennustetta koskevat tiedot.
PubMED-tutkimus
PubMED on maailman suurin lääketieteellisiä artikkeleita sisältävä tietokanta (Ncbi-sivustolla). Tämä moduuli tekee haun kyseisestä tietokannasta ja palauttaa syötetyn termin (tai geenin) kannalta olennaiset tulokset.
MeSH-tutkimus
MeSH (Medical Subject Headings) tarjoaa järjestettyjä termejä PubMED-hakujen parantamiseksi, esimerkiksi.
Geeniverkosto
PubMEDin tiivistelmissä kuvattujen geenien väliset suhteet esitetään tässä suhdekaaviossa.
Geenitoiminnot mikrosiruja varten
Tämä algoritmi esittää tiedot taulukkona, jossa on kaikki aiemmin suodattamiesi geenien geenifunktiot, tai se voidaan tehdä koko arraylle.
GeneOntology for Array
Tämä näyttää geenien toiminnot GeneOntologyn kaltaisessa näkymässä.
Probeset-tiedot
Geenitiedot-valintaikkuna. Täältä saat tarkempia tietoja haetusta kyselystä, kuten sekvenssin, kuvauksen ja muita tietoja.
Koettimen tiedot
Tässä kuvakaappauksessa pääset suoraan linkkeihin, joista saat lisätietoja kyselystäsi. Toisin kuin muissa ohjelmissa, voit napsauttaa linkkiä ja siirtyä suoraan tulossivulle täyttämättä verkkolomakkeita.
Probeset-toiminnot
Toinen GeneOntology-kuvaaja geenin toiminnoista geenistä.
Internet-tutkimus
Tässä kuvakaappauksessa näet suorat linkit, joista saat lisätietoja kyselystäsi. Toisin kuin muissa ohjelmissa, voit napsauttaa linkkiä ja päästä suoraan tulossivulle täyttämättä verkkolomakkeita.
Klusterinäkymä
Tämä klusteri voidaan tehdä helposti. Se näyttää kaikkein tasavertaisimmat arvot pareittain kuvaajassa.
Scatterplot
Toinen näkymä klusterialgoritmista.