GENOM 2005: Аналіз мікрочипів для масивів Affymetrix
Багатофункціональна і зручна програма для аналізу масивів-експериментів (наприклад, від постачальника Affymetrix). Включає додаткову інформацію про гени, декілька методів аналізу, автоматичне відображення шляхів за допомогою редактора, прогнозування функцій...
Мікрочиповий аналіз ДНК
Genom 2005 представляє дані різними кольорами для кожного сигналу. Ви маєте швидкий огляд даних. У кожному рядку подано назву гена та номер приєднання для кожного зразка.
Графік експресії генів
Це діаграма з одним масивом. Вона показує стовпчик для кожного набору проб.
3D-вигляд
Ви можете відображати кожен сигнал у вашому масиві у 3D-відображенні. Порівнюючи його з іншим масивом, ви можете легко знайти цікаві набори зондів. Ви також можете сортувати сигнали за функцією гена або розташуванням гена.
Розташування хромосом
У цьому поданні відображаються всі послідовності зондів за їхнім розташуванням на хромосомі.
Процес експресії генів
На цьому скріншоті показано графік, де кожна проба представлена лінією. Він показує регуляцію гена між різними періодами часу.
Вид на доріжку
На цьому скріншоті показано завантажений шлях, який безпосередньо об'єднано з даними масиву, який ви завантажили.
Редактор шляхів
За допомогою інтегрованого редактора карт ви можете легко створювати нові шляхи або редагувати вже існуючі.
Прогнозування функцій генів
Часто ви не маєте інформації про пробний набір, тому що це EST або він не був проаналізований раніше. За допомогою цього модуля ви можете отримати нову інформацію з пробних наборів або користувацьких послідовностей за допомогою BLAST-пошуку (онлайн). Після цього будуть показані можливі нові функції генів.
Деталі прогнозування функцій
Детальніше про прогнозування функцій.
Дослідження PubMED
PubMED - це найбільша в світі база даних медичних статей (розміщена на сайті Ncbi). Цей модуль здійснює пошук у цій базі даних і повертає релевантні результати за введеним терміном (або геном).
MeSH Research
MeSH (Медичні предметні рубрики) містить упорядковані терміни, наприклад, для покращення пошуку в PubMED.
Генна мережа
Взаємозв'язок генів, описаних в анотаціях з PubMED, показано тут у вигляді діаграми взаємозв'язку.
Функції генів для мікрочипів
Цей алгоритм представляє дані у вигляді таблиці з усіма функціями генів з попередньо відфільтрованих вами генів, або може бути виконаний для всього масиву.
Генна онтологія для масиву
Тут відображаються функції гена у вигляді, подібному до GeneOntology.
Інформація про набір датчиків
Діалогове вікно з інформацією про ген. Тут ви отримаєте більш детальну інформацію за запитом, таку як послідовність, опис тощо.
Деталі набору датчиків
На цьому скріншоті ви можете отримати прямий доступ до посилань для отримання додаткової інформації про ваш запит. На відміну від інших програм, ви можете натиснути на посилання і перейти на сторінку з результатами без заповнення веб-форм.
Функції для Probeset
Ще один граф GeneOntology, що відображає функції гена від гена.
Інтернет-дослідження
На цьому скріншоті ви бачите прямі посилання для отримання додаткової інформації про ваш запит. На відміну від інших програм, ви можете натиснути на посилання і потрапити безпосередньо на сторінку з результатами без заповнення веб-форм.
Кластерний вид
Цей кластер можна легко створити. Він показує найбільш рівні значення, об'єднані в пари на графіку.
Діаграма розсіювання
Інший погляд на кластерний алгоритм.