GENOM 2005: Software avansat de analiză de microarray
GENOM 2005 este o platformă bioinformatică cuprinzătoare, bogată în caracteristici, concepută pentru analiza avansată a experimentelor de expresie genetică diferențială bazate pe microarray și matrice. Special conceput pentru a susține matrice de înaltă densitate, cum ar fi cele de la Affymetrix, acest software ușor de utilizat face o punte între procesarea datelor brute și cunoștințele biologice cu impact ridicat. Prin integrarea conductelor analitice cu mai multe metode, cartografierea automată a căilor, genomica funcțională predictivă și referințele directe în literatură, GENOM 2005 accelerează fluxurile de lucru pentru descoperiri pentru biologi moleculari, geneticieni și cercetători clinici.
Profilare dinamică a expresiei
Vizualizați instantaneu datele matricei cu mai multe semnale cu coduri de culori personalizabile, cu contrast ridicat, concepute pentru auditarea rapidă a datelor. Fiecare rând de transcriere este complet mapat la simbolul său oficial de genă corespunzător și numărul de acces la baza de date standard.
Graficul expresiei genetice
Vedeți rapid care date matrice are cele mai multe vârfuri. Măriți/micșorați pentru a găsi cu ușurință locurile interesante din matricea dvs.
Topologie interactivă de microarray 3D
Redați intensitățile sondei într-o vedere spațială 3D captivantă. Comparați fără efort mai multe matrice una lângă alta pentru a identifica seturi de probe aberante semnificative statistic. Sortați datele în mod dinamic după funcție biologică sau locus cromozomial fizic.
Coordonatele cartografice cromozomiale
Hartați și afișați secvențial profilurile de transcriere pe baza distribuției coordonatelor fizice între cromozomi, expunând reglementările genetice regionale în sus sau în jos.
Traiectorii de expresie timp-curs
Urmăriți cinetica setului de sonde specifice în momente sau condiții secvențiale. Graficele de tendințe liniare izolează grupuri de gene co-reglate în faze experimentale complexe.
Integrare directă a căii
Suprapuneți instantaneu profilurile transcriptomice încărcate pe hărțile standardizate ale căilor biologice. Această reticulare nativă vă permite să observați ajustările metabolice sistemice sau de semnalizare dintr-o privire.
Precision Pathway Architect
Utilizați editorul de hărți vectoriale integrat pentru a construi căi moleculare originale, personalizate de la zero, sau editați rapid rețelele publice existente pentru a se potrivi cu ipotezele dvs. unice de laborator.
Predicție funcțională automată BLAST
Secvențele necaracterizate și etichetele de secvență exprimată (EST) nu vă mai limitează domeniul de descoperire. Trimiteți transcrieri neadnotate sau secvențe FASTA personalizate la o interogare BLAST online direct prin platformă pentru a prezice funcții noi ale genelor și identități structurale.
Detalii de predicție a funcției
Detalii despre predicția funcției.
Exploatare integrată a literaturii PubMed
Interogați arhiva globală PubMed direct în spațiul de lucru software. Extrageți și returnați literatura medicală și științifică relevantă contextual, bazată pe gene filtrate sau cuvinte cheie țintă.
Optimizare semantică MeSH
Utilizați ierarhiile integrate Medical Subject Headings (MeSH) pentru a construi șiruri de interogări precise și de înaltă acuratețe pentru aprovizionarea automată a literaturii.
Rețele de interacțiune genică dinamică
Generați diagrame de relații bazate pe co-ocurență și corelații științifice în rezumatele PubMed preluate, vizualizând rețele complexe de interatomi genă-genă.
Funcții genetice pentru Microarray
Acest algoritm prezintă datele într-un tabel cu toate funcțiile genelor din genele pe care le-ați filtrat anterior. Acest lucru se poate face pentru întreaga matrice.
GeneOntology (GO) Core Mapping
Clasificați și revizuiți seturile de date filtrate folosind terminologia structurată de GeneOntology. Distribuțiile setului de sonde pot fi analizate prin arbori GO interactivi pentru a evalua componentele celulare, funcțiile moleculare sau procesele biologice generale.
Informații Probeset
Dialogul de informații despre gene. Aici obțineți informații mai detaliate din interogarea căutată, cum ar fi secvența, descrierea și multe altele.
Hyperlinking interogare instant
Accesați depozite genomice externe fără frecare de date. Pur și simplu faceți clic pe orice link de referință din interiorul unui card probeset pentru a lansa pagina țintă online exactă, fără a completa manual formularele de căutare web.
Funcții pentru Probeset
Un alt grafic GeneOntology al funcțiilor genei din genă.
Deep In-Silico Research & Database Cross-Linking
GENOM 2005 integrează baze de date externe direct în interfața sa, eliminând nevoia de a comuta manual între browserele web și formularele de căutare externe.
Clustering Ierarhic Matrix
Executați algoritmi de clustering complexi cu configurație minimă. Software-ul grupează automat profiluri similare de expresie genetică împreună, generând hărți termice și dendrograme clare, interpretative.
Scatterplot interactive
Evaluați variațiile globale ale transcripției, evaluați uniformitatea reproducerii tehnice sau biologice și urmăriți abaterile de expresie comparativă folosind grafice dinamice, cu mai multe variabile.