GENOM 2005: Täiustatud mikrokiipide analüüsitarkvara
GENOM 2005 on terviklik ja mitmekülgne bioinformaatika platvorm, mis on loodud mikrokiipide ja kiipidel põhinevate geeniekspressiooni erinevuste analüüsimiseks. See kasutajasõbralik tarkvara on spetsiaalselt välja töötatud kõrge tihedusega mikrokiipide – näiteks Affymetrixi toodete – toetamiseks ning ühendab toorandmete töötlemise ja oluliste bioloogiliste järelduste vahelise lünga. GENOM 2005 kiirendab molekulaarbioloogide, geneetikute ja kliiniliste teadlaste uurimistööd, integreerides mitme meetodi analüüsiprotsesse, automatiseeritud signaaliteede kaardistamist, ennustavat funktsionaalset genoomikat ja otsest viitamist kirjandusele.
Dünaamiline ekspressiooniprofiilide koostamine
Genom 2005 esitab andmed iga signaali kohta eri värvides. Teil on andmetest kiire ülevaade. Igas reas on esitatud geeninimi ja liitumisnumber iga sondikomplekti kohta.
Geeni ekspressiooni graafik
See on ühe massiivi diagramm. See näitab iga proovikomplekti jaoks riba.
3D vaade
Saate kuvada iga signaali oma massiivi 3D-vaates. Võrreldes seda teise massiiviga, saate hõlpsasti leida huvipakkuvaid sondikomplekte. Samuti saate sorteerida signaale geenifunktsiooni või geeni asukoha järgi.
Kromosoomi asukoht
Selles vaates kuvatakse kõik proovikomplektid nende asukoha järgi kromosoomil.
Geeni ekspressiooni protsess
Sellel ekraanipildil on graafik, kus iga proovikomplekt on kujutatud joonega. See näitab geeni üles/alla reguleerimist eri aegade vahel.
Teekonna vaade
Sellel ekraanipildil on kujutatud laaditud rada, mis on otse kombineeritud laaditud massiiviandmetega.
Teekonna toimetaja
Selle integreeritud kaardiredaktori abil saate hõlpsasti luua uusi radu või muuta olemasolevaid radu.
Geeni funktsiooni ennustamine
Sageli puudub teave proovikomplekti kohta, sest see on EST või seda ei ole varem analüüsitud. Selle mooduli abil saate uut teavet proovikomplektide või kohandatud järjestuste kohta BLAST-otsingu kaudu (veebipõhiselt). Seejärel kuvatakse võimalikud uued geenifunktsioonid.
Funktsiooni prognoosimise üksikasjad
Üksikasjad funktsiooni prognoosimise kohta.
PubMED Research
PubMED on maailma suurim meditsiiniliste artiklite andmebaas (asub Ncbi veebilehel). See moodul otsib seda andmebaasi ja tagastab sisestatud terminile (või geenile) vastavad tulemused.
MeSH Research
MeSH (Medical Subject Headings) pakub korrastatud termineid, et parandada näiteks PubMEDi otsinguid.
Geenivõrgustik
PubMEDi kokkuvõtetes kirjeldatud geenide seosed on siin näidatud seosdiagrammina.
Geenifunktsioonid Microarray jaoks
See algoritm esitab andmed tabelis, milles on kõik geenifunktsioonid eelnevalt filtreeritud geenidest, või saab seda teha kogu massiivi kohta.
GeneOntoloogia Array jaoks
See kuvab geenifunktsioonid GeneOntology-taolises vaates.
Andmekogumi teave
Geeniinfo dialoog. Siin saate otsitud päringu kohta üksikasjalikumat teavet, nagu järjestus, kirjeldus ja muud.
Probeset üksikasjad
Sellel ekraanipildil saate otse juurde pääseda linkidele, mis annavad lisateavet teie päringu kohta. Erinevalt teistest programmidest saate klõpsata lingil ja pääseda otse tulemuslehele ilma veebivormide täitmiseta.
Probeseti funktsioonid
Teine GeneOntology graafik geenifunktsioonide geenist.
Interneti-uuringud
Sellel ekraanipildil näete otselinkide kaudu lisateavet oma päringu kohta. Erinevalt teistest programmidest saate klõpsata lingil ja pääseda otse tulemuslehele ilma veebivormide täitmiseta.
Klastri vaade
Seda klastrit saab kergesti teha. See näitab kõige võrdsemaid väärtusi, mis on paaris graafikus.
Scatterplot
Teine vaade klastri algoritmist.