GENOM 2005: Программное обеспечение для расширенного анализа микрочипов
GENOM 2005 — это комплексная, многофункциональная биоинформационная платформа, предназначенная для расширенного анализа экспериментов по дифференциальной экспрессии генов на основе микрочипов и массивов. Это удобное программное обеспечение, специально разработанное для поддержки массивов высокой плотности, таких как массивы Affymetrix, устраняет разрыв между обработкой необработанных данных и высокоэффективными биологическими знаниями. Благодаря интеграции многометодных аналитических конвейеров, автоматизированному картированию путей, прогнозирующей функциональной геномике и прямым перекрестным ссылкам на литературу, GENOM 2005 ускоряет рабочие процессы исследований для молекулярных биологов, генетиков и клинических исследователей.
Динамическое профилирование выражений
Мгновенно визуализируйте данные многосигнального массива с помощью настраиваемой высококонтрастной цветовой маркировки, предназначенной для быстрого аудита данных. Каждая строка транскрипта полностью сопоставлена с соответствующим официальным символом гена и стандартным номером доступа к базе данных.
График экспрессии генов
Быстро посмотрите, какие данные массива имеют наибольшее количество пиков. Увеличьте/уменьшите масштаб, чтобы легко найти интересные места на вашем массиве.
Интерактивная топология 3D-микроматрицы
Отображение интенсивности зонда в иммерсивном трехмерном пространственном представлении. Легко сравнивайте несколько массивов рядом, чтобы точно определить статистически значимые наборы зондов с выбросами. Динамическая сортировка данных по биологической функции или физическому хромосомному локусу.
Координаты хромосомного картирования
Последовательно картируйте и отображайте профили транскриптов на основе их физического координатного распределения по хромосомам, выявляя региональные генетические повышающие или понижающие регуляции.
Траектории выражения временного курса
Отслеживайте кинетику конкретного набора зондов в последовательных точках времени или условиях. Линейные графики трендов изолируют совместно регулируемые группы генов на сложных экспериментальных этапах.
Прямая интеграция пути
Мгновенно накладывайте загруженные транскриптомные профили на стандартизированные карты биологических путей. Это нативное перекрестное связывание позволяет с первого взгляда наблюдать системные метаболические или сигнальные изменения.
Архитектор Precision Pathway
Используйте встроенный редактор векторных карт, чтобы создавать оригинальные молекулярные пути с нуля или быстро редактировать существующие общедоступные сети в соответствии с вашими уникальными лабораторными гипотезами.
Автоматизированное функциональное прогнозирование BLAST
Неохарактеризованные последовательности и метки экспрессированных последовательностей (EST) больше не ограничивают область вашего обнаружения. Отправляйте неаннотированные транскрипты или пользовательские последовательности FASTA в онлайн-запрос BLAST непосредственно через платформу, чтобы предсказать новые функции генов и структурные особенности.
Детали прогнозирования функции
Подробности о функции прогнозирования.
Интегрированный майнинг литературы PubMed
Запросите глобальный архив PubMed непосредственно в рабочей области программного обеспечения. Извлекайте и возвращайте контекстно-релевантную медицинскую и научную литературу на основе отфильтрованных генов или целевых ключевых слов.
Оптимизация семантики MeSH
Используйте интегрированные иерархии медицинских предметных рубрик (MeSH) для создания точных и высокоточных строк запросов для автоматического поиска литературы.
Сети динамического взаимодействия генов
Создавайте диаграммы взаимоотношений на основе совпадений и научных корреляций в полученных рефератах PubMed, визуализируя сложные межгенные интерактомные сети.
Функции генов для микрочипов
Этот алгоритм представляет данные в таблице со всеми функциями генов, которые вы ранее отфильтровали. Это можно сделать для всего массива.
GeneOntology (GO) Базовое картирование
Классифицируйте и просматривайте отфильтрованные наборы данных, используя структурированную терминологию GeneOntology. Распределение наборов зондов можно анализировать по интерактивным деревьям GO для оценки клеточных компонентов, молекулярных функций или общих биологических процессов.
Информация о наборе зондов
Диалог информации о гене. Здесь вы получаете более подробную информацию по искомому запросу, такую как последовательность, описание и многое другое.
Мгновенный запрос гиперссылки
Доступ к внешним геномным репозиториям без каких-либо проблем с данными. Просто щелкните любую ссылку на карточке набора зондов, чтобы открыть конкретную целевую страницу в Интернете, не заполняя формы поиска вручную.
Функции для набора зондов
Другой график функций гена GeneOntology из гена.
Глубокие исследования in silico и перекрестное связывание баз данных
GENOM 2005 интегрирует внешние базы данных непосредственно в свой интерфейс, устраняя необходимость ручного переключения между веб-браузерами и внешними формами поиска.
Матричная иерархическая кластеризация
Выполняйте сложные алгоритмы кластеризации с минимальной конфигурацией. Программное обеспечение автоматически группирует схожие профили экспрессии генов, создавая четкие, интерпретируемые тепловые карты и дендрограммы.
Интерактивные диаграммы рассеяния
Оценивайте глобальные вариации транскриптов, оценивайте техническую или биологическую однородность реплик и отслеживайте сравнительные отклонения в экспрессии с помощью динамических многовариантных диаграмм рассеяния.