GENOM 2005: Išplėstinė „Microarray“ analizės programinė įranga
GENOM 2005 yra išsami, daug funkcijų turinti bioinformatikos platforma, skirta pažangiai mikromasyvų ir masyvų diferencinės genų ekspresijos eksperimentų analizei. Specialiai sukurta palaikyti didelio tankio matricas, tokias kaip „Affymetrix“, ši patogi programinė įranga užpildo atotrūkį tarp neapdorotų duomenų apdorojimo ir didelio poveikio biologinių įžvalgų. Integruodama kelių metodų analitinius vamzdynus, automatizuotą kelio žemėlapių sudarymą, nuspėjamąją funkcinę genomiką ir tiesiogines literatūros nuorodas, GENOM 2005 pagreitina molekulinių biologų, genetikų ir klinikinių tyrinėtojų atradimų darbo eigą.
Dinaminės išraiškos profiliavimas
Akimirksniu vizualizuokite kelių signalų masyvo duomenis naudodami tinkinamą, didelio kontrasto spalvų kodavimą, skirtą greitam duomenų auditui. Kiekviena nuorašo eilutė yra visiškai susieta su atitinkamu oficialiu geno simboliu ir standartiniu duomenų bazės prisijungimo numeriu.
Genų ekspresijos grafikas
Greitai sužinokite, kurio masyvo duomenys turi daugiausiai smailių. Priartinkite / sumažinkite, kad lengvai rastumėte įdomias vietas savo masyve.
Interaktyvi 3D mikrogardelių topologija
Pateikite zondo intensyvumą įtraukiame 3D erdviniame vaizde. Lengvai palyginkite kelias matricas, kad tiksliai nustatytumėte statistiškai reikšmingus išorinius zondų rinkinius. Dinamiškai rūšiuokite duomenis pagal biologinę funkciją arba fizinį chromosomų lokusą.
Chromosomų kartografavimo koordinatės
Nubraižykite ir rodykite nuorašo profilius nuosekliai pagal jų fizinių koordinačių pasiskirstymą chromosomose, atskleidžiant regioninius genetinius aukštyn arba žemyn reguliavimus.
Laiko eigos raiškos trajektorijos
Sekite konkrečią zondo kinetiką nuosekliais laiko taškais arba sąlygomis. Linijiniai tendencijų grafikai išskiria bendrai reguliuojamas genų grupes sudėtingose eksperimentinėse fazėse.
Tiesioginio kelio integravimas
Akimirksniu perdėkite įkeltus transkriptominius profilius į standartizuotus biologinio kelio žemėlapius. Šis vietinis kryžminis susiejimas leidžia akimirksniu stebėti sisteminius medžiagų apykaitos ar signalizacijos koregavimus.
„Precision Pathway“ architektas
Naudokite integruotą vektorinių žemėlapių rengyklę, kad sukurtumėte originalius, pagal užsakymą sukurtus molekulinius kelius nuo nulio arba greitai redaguokite esamus viešuosius tinklus, kad atitiktų jūsų unikalias laboratorines hipotezes.
Automatizuotas BLAST funkcinis numatymas
Neapibūdintos sekos ir išreikštos sekos žymos (EST) neberiboja jūsų atradimo apimties. Pateikite be komentarų transkriptus arba pasirinktines FASTA sekas į internetinę BLAST užklausą tiesiai per platformą, kad nuspėtumėte naujas genų funkcijas ir struktūrines tapatybes.
Funkcijos numatymo detalės
Išsami informacija apie funkcijos numatymą.
Integruota PubMed literatūros kasyba
Pateikite užklausą pasauliniam PubMed archyvui tiesiogiai programinės įrangos darbo srityje. Išrinkite ir grąžinkite kontekstui svarbią medicininę ir mokslinę literatūrą, pagrįstą filtruotais genais arba tiksliniais raktiniais žodžiais.
MeSH semantikos optimizavimas
Pasinaudokite integruotomis medicinos dalykų antraščių (MeSH) hierarchijomis, kad sukurtumėte tikslias, didelio tikslumo užklausų eilutes, skirtas automatizuotam literatūros tiekimui.
Dinaminiai genų sąveikos tinklai
Kurkite santykių diagramas, pagrįstas bendru pasireiškimu ir mokslinėmis koreliacijomis gautose PubMed santraukose, vizualizuodami sudėtingus genų ir genų sąveikos tinklus.
„Microarray“ genų funkcijos
Šis algoritmas pateikia duomenis lentelėje su visomis genų funkcijomis iš genų, kuriuos anksčiau išfiltravote. Tai galima padaryti visam masyvui.
Geneontologijos (GO) pagrindinių žemėlapių sudarymas
Suskirstykite į kategorijas ir peržiūrėkite filtruotus duomenų rinkinius naudodami struktūrizuotą GeneOntologijos terminologiją. Probeset pasiskirstymas gali būti analizuojamas interaktyviuose GO medžiuose, siekiant įvertinti ląstelių komponentus, molekulines funkcijas arba bendrus biologinius procesus.
Informacija apie zondą
Genų informacijos dialogas. Čia gausite išsamesnės informacijos apie ieškomą užklausą, pvz., seką, aprašymą ir kt.
Momentinis užklausos hipersaitas
Pasiekite išorines genomo saugyklas be duomenų trinties. Tiesiog spustelėkite bet kurią nuorodos nuorodą tyrimo kortelėje, kad paleistumėte tikslų internetinį tikslinį puslapį, nepildydami žiniatinklio paieškos formų rankiniu būdu.
Probeset funkcijos
Kitas GeneOntologijos grafikas, rodantis genų funkcijas iš geno.
Deep In-Silico tyrimai ir duomenų bazių kryžminis susiejimas
GENOM 2005 integruoja išorines duomenų bazes tiesiai į savo sąsają, todėl nebereikia rankiniu būdu perjungti žiniatinklio naršyklių ir išorinių paieškos formų.
Matricinis hierarchinis klasterizavimas
Vykdykite sudėtingus klasterizacijos algoritmus su minimalia konfigūracija. Programinė įranga automatiškai sugrupuoja panašius genų ekspresijos profilius, sukurdama aiškius, aiškinamus šilumos žemėlapius ir dendrogramas.
Interaktyvios sklaidos diagramos
Įvertinkite visuotines nuorašo dispersijas, įvertinkite techninį ar biologinį pakartojimų vienodumą ir stebėkite lyginamųjų išraiškų nuokrypius naudodami dinamines, kelių kintamųjų sklaidos diagramas.