GENOM 2005: Fejlett Microarray-elemző szoftver
A GENOM 2005 egy átfogó, funkciókban gazdag bioinformatikai platform, amelyet microarray és array alapú differenciális génexpressziós kísérletek fejlett elemzésére terveztek. Kifejezetten a nagy sűrűségű tömbök támogatására tervezték – például az Affymetrix-től – ez a felhasználóbarát szoftver áthidalja a szakadékot a nyers adatfeldolgozás és a nagy hatású biológiai betekintések között. A többmódszeres analitikai folyamatok, az automatizált útvonal-térképezés, a prediktív funkcionális genomika és a közvetlen irodalmi kereszthivatkozások integrálásával a GENOM 2005 felgyorsítja a felfedezési munkafolyamatokat a molekuláris biológusok, genetikusok és klinikai kutatók számára.
Dynamic Expression Profiling
A többjeles tömb adatait azonnal megjelenítheti a testreszabható, nagy kontrasztú színkóddal, amelyet a gyors adatauditáláshoz terveztek. Minden átiratsor teljes mértékben hozzá van rendelve a megfelelő hivatalos génszimbólumhoz és a szabványos adatbázis hozzáférési számhoz.
Génexpressziós grafikon
Gyorsan megtekintheti, hogy melyik tömbadatoknak van a legtöbb csúcsa. Nagyítson/kicsinyítsen, hogy könnyen megtalálja a tömb érdekes helyeit.
Interaktív 3D Microarray topológia
Renderelje le a szonda intenzitását magával ragadó 3D-s térbeli nézetben. Könnyedén összehasonlíthat több tömböt egymás mellett, hogy meghatározza a statisztikailag szignifikáns kiugró próbákat. Adatok dinamikus rendezése biológiai funkció vagy fizikai kromoszómális lokusz szerint.
Kromoszómális térképezési koordináták
Az átiratprofilok feltérképezése és megjelenítése sorrendben a kromoszómák közötti fizikai koordináta-eloszlás alapján, feltárva a regionális genetikai fel- vagy leszabályozásokat.
Időjárási kifejezési pályák
Kövesse nyomon a szonda specifikus kinetikáját szekvenciális időpontokban vagy feltételekben. A lineáris trendgrafikonok komplex kísérleti fázisokon keresztül izolálják a társszabályozott géncsoportokat.
Közvetlen útvonal integráció
Azonnal fedje le betöltött transzkriptomikus profiljait szabványosított biológiai útvonaltérképekre. Ez a natív keresztkötés lehetővé teszi, hogy egy pillantással megfigyelje a szisztémás metabolikus vagy jelátviteli változásokat.
Precision Pathway Architect
Használja az integrált vektoros térképszerkesztőt eredeti, testreszabott molekuláris útvonalak létrehozásához a semmiből, vagy gyorsan szerkessze a meglévő nyilvános hálózatokat, hogy megfeleljen egyedi laboratóriumi hipotéziseinek.
Automatizált BLAST funkcionális előrejelzés
A karakterizálatlan szekvenciák és az expresszált szekvenciacímkék (EST) már nem korlátozzák a felfedezési hatókört. Az új génfunkciók és szerkezeti identitások előrejelzése érdekében annotálatlan átiratokat vagy egyéni FASTA-szekvenciákat közvetlenül a platformon keresztül küldhet be egy online BLAST-lekérdezéshez.
A funkció előrejelzésének részletei
A függvény előrejelzésének részletei.
Integrált PubMed Literature Mining
Lekérdezheti a globális PubMed archívumot közvetlenül a szoftver munkaterületén belül. Szűrt gének vagy célkulcsszavak alapján a kontextus szempontjából releváns orvosi és tudományos irodalmat bontsa ki és küldje vissza.
MeSH szemantika optimalizálás
Használja ki az integrált Medical Subject Headings (MeSH) hierarchiákat, hogy precíz, nagy pontosságú lekérdezési karakterláncokat hozzon létre az automatizált irodalombeszerzéshez.
Dinamikus génkölcsönhatási hálózatok
Kapcsolati diagramokat hozhat létre az együttes előfordulások és a tudományos összefüggések alapján a letöltött PubMed-absztraktokon belül, megjelenítve az összetett gén-gén interaktóm hálózatokat.
A Microarray génfunkciói
Ez az algoritmus egy táblázatban jeleníti meg az adatokat a korábban kiszűrt gének összes génfunkciójával. Ezt a teljes tömbre meg lehet tenni.
GeneOntology (GO) Core Mapping
A szűrt adatkészletek kategorizálása és áttekintése strukturált GeneOntology terminológia használatával. A szonda eloszlását interaktív GO fák között lehet elemezni a sejtösszetevők, molekuláris funkciók vagy általános biológiai folyamatok értékelése céljából.
Probeset információk
A géninformációs párbeszédpanel. Itt részletesebb információkat kaphat a keresett lekérdezésről, például sorozatról, leírásról és egyebekről.
Azonnali lekérdezés hiperhivatkozás
Hozzáférés a külső genomi tárolókhoz nulla adatsúrlódással. Egyszerűen kattintson bármely hivatkozási hivatkozásra a próbakártya belsejében a pontos online céloldal elindításához anélkül, hogy manuálisan kellene kitöltenie a webes keresési űrlapokat.
A Probeset funkciói
Egy másik génontológiai grafikon a génből származó génfunkciókról.
Deep In-Silico kutatás és adatbázis-átkapcsolás
A GENOM 2005 közvetlenül integrálja a külső adatbázisokat a felületébe, így nincs szükség manuálisan váltani a webböngészők és a külső keresési űrlapok között.
Mátrix hierarchikus klaszterezés
Bonyolult fürtözési algoritmusok végrehajtása minimális konfigurációval. A szoftver automatikusan csoportosítja a hasonló génexpressziós profilokat, világos, értelmezhető hőtérképeket és dendrogramokat generálva.
Interaktív szórásdiagramok
Dinamikus, többváltozós szórásdiagramok segítségével értékelje ki a globális átirat-varianciákat, értékelje a technikai vagy biológiai replikátum egységességét, és kövesse nyomon az összehasonlító kifejezési eltéréseket.