GENOM 2005
Analiza mikromacierzy dla macierzy Affymetrix
Bogata w funkcje i przyjazna dla użytkownika aplikacja do analizy eksperymentów z macierzami (np. od dostawcy Affymetrix). Zawiera dodatkowe informacje o genach, wiele metod analizy, automatyczne mapowanie ścieżek z edytorem, przewidywanie funkcji...
Analiza mikromacierzy DNA
Genom 2005 prezentuje dane w różnych kolorach dla każdego sygnału. Użytkownik ma szybki przegląd danych. W każdym wierszu prezentowana jest nazwa genu i numer akcesyjny dla każdego zestawu sond.
Wykres ekspresji genów
Jest to diagram z jedną tablicą. Pokazuje pasek dla każdego zestawu sond.
Widok 3D
Każdy sygnał na macierzy można wyświetlić w widoku 3D. Porównując go z inną macierzą, można łatwo znaleźć interesujące zestawy sond. Można również sortować sygnały według funkcji genu lub lokalizacji genu.
Lokalizacja chromosomu
Ten widok wyświetla wszystkie zestawy sond uporządkowane według ich lokalizacji na chromosomie.
Proces ekspresji genów
Ten zrzut ekranu przedstawia wykres, na którym każdy zestaw sond jest reprezentowany przez linię. Pokazuje on regulację genu w górę/w dół pomiędzy różnymi okresami.
Widok ścieżki
Ten zrzut ekranu przedstawia wczytaną ścieżkę, która jest bezpośrednio łączona z wczytanymi danymi tablicy.
Edytor ścieżek
Dzięki zintegrowanemu edytorowi map można łatwo tworzyć nowe ścieżki lub edytować już istniejące.
Przewidywanie funkcji genów
Często nie masz informacji o zestawie sond, ponieważ jest to EST lub nie był on wcześniej analizowany. Dzięki temu modułowi można uzyskać nowe informacje z zestawów sond lub niestandardowych sekwencji za pomocą wyszukiwania BLAST (online). Następnie wyświetlone zostaną możliwe nowe funkcje genów.
Szczegóły przewidywania funkcji
Szczegóły dotyczące przewidywania funkcji.
PubMED Research
PubMED to największa na świecie baza danych z artykułami medycznymi (hostowana na stronie Ncbi). Moduł ten przeszukuje tę bazę danych i zwraca odpowiednie wyniki dla wprowadzonego terminu (lub genu).
Badania MeSH
MeSH (Medical Subject Headings) zapewnia uporządkowane terminy w celu usprawnienia wyszukiwania w PubMED, na przykład.
Sieć genów
Zależności między genami opisanymi w abstraktach z PubMED są przedstawione tutaj jako diagram zależności.
Funkcje genów dla mikromacierzy
Algorytm ten przedstawia dane w tabeli ze wszystkimi funkcjami genów z wcześniej przefiltrowanych genów lub może być wykonany dla całej tablicy.
GeneOntology dla tablicy
Wyświetla funkcje genów w widoku podobnym do GeneOntology.
Informacje o zestawie próbek
Okno dialogowe informacji o genie. Tutaj można uzyskać więcej szczegółowych informacji na temat wyszukiwanego zapytania, takich jak sekwencja, opis i inne.
Szczegóły zestawu próbek
Na tym zrzucie ekranu można uzyskać bezpośredni dostęp do linków, aby uzyskać więcej informacji na temat zapytania. W przeciwieństwie do innych programów, możesz kliknąć link i uzyskać bezpośredni dostęp do strony wyników bez wypełniania formularzy internetowych.
Funkcje zestawu Probeset
Kolejny wykres GeneOntology funkcji z genu.
Badania internetowe
Na tym zrzucie ekranu można zobaczyć bezpośrednie linki, aby uzyskać więcej informacji na temat zapytania. W przeciwieństwie do innych programów, możesz kliknąć link i przejść bezpośrednio do strony wyników bez wypełniania formularzy internetowych.
Widok klastra
Ten klaster można łatwo utworzyć. Pokazuje on najbardziej równe wartości sparowane razem na wykresie.
Scatterplot
Inny widok z algorytmu klastra.
