GENOM 2005: Zaawansowane oprogramowanie do analizy mikromacierzy
GENOM 2005 to kompleksowa, bogata w funkcje platforma bioinformatyczna przeznaczona do zaawansowanej analizy eksperymentów z różnicową ekspresją genów w oparciu o mikromacierze i macierze. To przyjazne dla użytkownika oprogramowanie, specjalnie zaprojektowane do obsługi macierzy o dużej gęstości, takich jak te firmy Affymetrix, wypełnia lukę pomiędzy przetwarzaniem surowych danych a wnikliwymi spostrzeżeniami biologicznymi. Integrując wielometodowe potoki analityczne, zautomatyzowane mapowanie szlaków, predykcyjną genomikę funkcjonalną i bezpośrednie odsyłacze do literatury, GENOM 2005 przyspiesza przepływ prac związanych z odkrywaniem dla biologów molekularnych, genetyków i badaczy klinicznych.
Dynamiczne profilowanie wyrażeń
Błyskawicznie wizualizuj dane wielosygnałowe dzięki konfigurowalnemu kodowaniu kolorami o wysokim kontraście, zaprojektowanemu z myślą o szybkiej kontroli danych. Każdy wiersz transkryptu jest w pełni odwzorowany na odpowiadający mu oficjalny symbol genu i standardowy numer dostępu do bazy danych.
Wykres ekspresji genów
Szybko sprawdź, które dane tablicowe mają najwięcej pików. Powiększ/oddal, aby łatwo znaleźć interesujące miejsca w swojej tablicy.
Interaktywna topologia mikromacierzy 3D
Renderuj intensywność sond w wciągającym widoku przestrzennym 3D. Bez wysiłku porównuj wiele tablic obok siebie, aby wskazać statystycznie istotne zestawy sond odstających. Sortuj dane dynamicznie według funkcji biologicznej lub fizycznego locus chromosomalnego.
Współrzędne mapowania chromosomów
Mapuj i wyświetlaj profile transkryptów sekwencyjnie na podstawie ich fizycznego rozkładu współrzędnych na chromosomach, ujawniając regionalne genetyczne regulacje w górę i w dół.
Trajektorie wyrażeń w czasie
Śledź kinetykę specyficznego zestawu sond w kolejnych punktach czasowych lub warunkach. Liniowe wykresy trendów izolują współregulowane grupy genów w złożonych fazach eksperymentalnych.
Bezpośrednia integracja ścieżki
Natychmiast nakładaj załadowane profile transkryptomiczne na standardowe mapy szlaków biologicznych. To natywne sieciowanie pozwala na szybkie zaobserwowanie ogólnoustrojowych zmian metabolicznych lub sygnalizacyjnych.
Architekt precyzyjnych ścieżek
Skorzystaj ze zintegrowanego edytora map wektorowych, aby od podstaw konstruować oryginalne, dostosowane do potrzeb ścieżki molekularne lub szybko edytuj istniejące sieci publiczne, aby dopasować je do swoich unikalnych hipotez laboratoryjnych.
Zautomatyzowane przewidywanie funkcjonalne BLAST
Sekwencje niescharakteryzowane i znaczniki sekwencji wyrażonej (EST) nie ograniczają już zakresu odkrywania. Przesyłaj transkrypty bez adnotacji lub niestandardowe sekwencje FASTA do zapytania BLAST online bezpośrednio za pośrednictwem platformy, aby przewidzieć nowe funkcje genów i tożsamość strukturalną.
Szczegóły przewidywania funkcji
Szczegóły dotyczące przewidywania funkcji.
Zintegrowane eksplorowanie literatury PubMed
Zapytaj o globalne archiwum PubMed bezpośrednio w obszarze roboczym oprogramowania. Wyodrębnij i zwróć odpowiednią kontekstowo literaturę medyczną i naukową w oparciu o przefiltrowane geny lub docelowe słowa kluczowe.
Optymalizacja semantyki MeSH
Wykorzystaj zintegrowane hierarchie nagłówków tematów medycznych (MeSH), aby konstruować precyzyjne ciągi zapytań o wysokiej dokładności na potrzeby automatycznego pozyskiwania literatury.
Sieci dynamicznej interakcji genów
Generuj diagramy relacji w oparciu o współwystępowanie i korelacje naukowe w pobranych abstraktach PubMed, wizualizując złożone sieci interakcji gen-gen.
Funkcje genów dla mikromacierzy
Algorytm ten przedstawia dane w tabeli zawierającej wszystkie funkcje genów z wcześniej odfiltrowanych genów. Można to zrobić dla całej tablicy.
Mapowanie rdzenia GeneOntology (GO).
Kategoryzuj i przeglądaj filtrowane zbiory danych przy użyciu ustrukturyzowanej terminologii GeneOntology. Rozkłady sond można analizować w interaktywnych drzewach GO w celu oceny składników komórkowych, funkcji molekularnych lub ogólnych procesów biologicznych.
Informacje o sondzie
Okno informacji o genie. Tutaj znajdziesz bardziej szczegółowe informacje na temat wyszukiwanego zapytania, takie jak sekwencja, opis i inne.
Natychmiastowe hiperłącze zapytań
Uzyskaj dostęp do zewnętrznych repozytoriów genomicznych przy zerowym tarciu o dane. Po prostu kliknij dowolne łącze referencyjne na karcie zestawu sond, aby uruchomić dokładną stronę docelową online, bez konieczności ręcznego wypełniania formularzy wyszukiwania w Internecie.
Funkcje dla Probesetu
Kolejny wykres GeneOntology przedstawiający funkcje genu z genu.
Głębokie badania in-silico i łączenie baz danych
GENOM 2005 integruje zewnętrzne bazy danych bezpośrednio ze swoim interfejsem, eliminując potrzebę ręcznego przełączania pomiędzy przeglądarkami internetowymi i zewnętrznymi formularzami wyszukiwania.
Hierarchiczne grupowanie macierzy
Wykonuj złożone algorytmy klastrowania przy minimalnej konfiguracji. Oprogramowanie automatycznie grupuje podobne profile ekspresji genów, generując przejrzyste, interpretacyjne mapy cieplne i dendrogramy.
Interaktywne wykresy rozrzutu
Oceniaj globalne wariancje transkryptów, oceniaj techniczną lub biologiczną jednorodność replik i śledź odchylenia ekspresji porównawczej za pomocą dynamicznych wykresów rozrzutu z wieloma zmiennymi.