GENOM 2005
Analyse des puces à ADN pour les puces Affymetrix
Application riche en fonctionnalités et conviviale pour l'analyse des expériences d'array (par ex. du fournisseur Affymetrix). Il comprend des informations supplémentaires sur les gènes, de multiples méthodes d'analyse, la cartographie automatique des voies avec un éditeur, la prédiction des fonctions...
Analyse de l'ADN par microréseau
Genom 2005 présente les données dans des couleurs différentes pour chaque signal. Vous avez un aperçu rapide des données. Un nom de gène et un numéro d'accès pour chaque jeu de sondes sont présentés dans chaque ligne.
Graphique d'expression génétique
Il s'agit d'un diagramme avec un seul réseau. Il montre une barre pour chaque ensemble de sondes.
Vue 3D
Vous pouvez afficher chaque signal de votre réseau dans une vue 3D. En le comparant avec un autre réseau, vous pouvez facilement trouver des ensembles de sondes intéressants. Vous pouvez également trier les signaux par fonction ou emplacement du gène.
Localisation du chromosome
Cette vue affiche tous les ensembles de sondes en fonction de leur emplacement sur le chromosome.
Processus d'expression génétique
Cette capture d'écran montre un graphique où chaque jeu de sondes est représenté par une ligne. Il montre la régulation ascendante/descendante d'un gène entre différentes périodes.
Vue du sentier
Cette capture d'écran montre une voie chargée qui est directement combinée avec les données du tableau que vous avez chargées.
Éditeur de voies d'accès
Grâce à cet éditeur de cartes intégré, vous pouvez facilement créer de nouvelles voies d'accès ou modifier une voie existante.
Prédiction de la fonction des gènes
Souvent, vous n'avez pas d'informations sur un probeset parce qu'il s'agit d'une EST ou qu'il n'a pas été analysé auparavant. Ce module vous permet d'obtenir de nouvelles informations à partir de jeux de sondes ou de séquences personnalisées par le biais d'une recherche BLAST (en ligne). Les nouvelles fonctions possibles des gènes seront alors indiquées.
Détails de la prédiction de fonction
Détails sur la prédiction de la fonction.
PubMED Recherche
PubMED est la plus grande base de données au monde contenant des articles médicaux (hébergée sur le site du Ncbi). Ce module effectue une recherche dans cette base de données et renvoie des résultats pertinents pour le terme (ou le gène) saisi.
Recherche MeSH
MeSH (Medical Subject Headings) fournit des termes ordonnés pour améliorer les recherches PubMED, par exemple.
Réseau génétique
Les relations entre les gènes décrits dans les résumés de PubMED sont présentées ici sous forme de diagramme de relations.
Fonctions des gènes pour les puces à ADN
Cet algorithme présente les données dans un tableau avec toutes les fonctions des gènes que vous avez précédemment filtrés, ou peut être effectué pour l'ensemble de la matrice.
GeneOntology pour une matrice
Elle affiche les fonctions des gènes dans une vue semblable à celle de GeneOntology.
Informations sur le Probeset
La boîte de dialogue d'information sur les gènes. Cette boîte de dialogue permet d'obtenir des informations plus détaillées sur la requête recherchée, telles que la séquence, la description, etc.
Détails de la sonde
Dans cette capture d'écran, vous pouvez accéder directement aux liens pour obtenir plus d'informations sur votre requête. Contrairement à d'autres programmes, vous pouvez cliquer sur un lien et accéder directement à la page de résultats sans avoir à remplir de formulaires web.
Fonctions pour Probeset
Un autre graphique GeneOntology des fonctions du gène.
Recherche sur Internet
Dans cette capture d'écran, vous pouvez voir des liens directs pour plus d'informations sur votre requête. Contrairement à d'autres programmes, vous pouvez cliquer sur un lien et accéder directement à la page de résultats sans avoir à remplir de formulaires web.
Vue en grappe
Cette grappe peut être facilement réalisée. Il montre les valeurs les plus égales regroupées dans un graphique.
Diagramme de dispersion
Une autre vue de l'algorithme de regroupement.
