GENOM 2005
Analisi di microarray per array Affymetrix
Applicazione ricca di funzioni e di facile utilizzo per l'analisi di esperimenti su array (ad esempio del fornitore Affymetrix). Include informazioni aggiuntive sui geni, metodi di analisi multipli, mappatura automatica dei percorsi con un editor, previsione di funzioni...
Analisi del DNA su microarray
Genom 2005 presenta i dati in colori diversi per ogni segnale. È possibile avere una rapida panoramica dei dati. In ogni riga vengono presentati il nome del gene e il numero di adesione per ogni probeset.
Grafico dell'espressione genica
Questo è un diagramma con un array. Mostra una barra per ciascun probeset.
Vista 3D
È possibile visualizzare ogni segnale dell'array in una vista 3D. Quando lo si confronta con un altro array, è possibile individuare facilmente i probeset interessanti. È inoltre possibile ordinare i segnali in base alla funzione genica o alla posizione del gene.
Posizione del cromosoma
Questa vista visualizza tutti i probeset ordinati in base alla loro posizione sul cromosoma.
Processo di espressione genica
Questa schermata mostra un grafico in cui ogni probeset è rappresentato da una linea. Mostra la regolazione in aumento e in diminuzione di un gene tra tempi diversi.
Vista sul percorso
Questa schermata mostra un percorso caricato che viene direttamente combinato con i dati della matrice caricata.
Editor di percorsi
Grazie all'editor di mappe integrato, è possibile creare facilmente nuovi percorsi o modificare quelli esistenti.
Previsione della funzione genica
Spesso non si hanno informazioni su un probeset perché è un EST o non è stato analizzato in precedenza. Con questo modulo è possibile ottenere nuove informazioni da probeset o sequenze personalizzate tramite una ricerca BLAST (online). Verranno quindi mostrate le possibili nuove funzioni dei geni.
Dettagli sulla previsione delle funzioni
Dettagli sulla previsione della funzione.
Ricerca PubMED
PubMED è il più grande database al mondo di articoli medici (ospitato sul sito Ncbi). Questo modulo cerca in questo database e restituisce i risultati pertinenti al termine (o al gene) inserito.
Ricerca MeSH
MeSH (Medical Subject Headings) fornisce termini ordinati per migliorare le ricerche su PubMED, ad esempio.
Rete genica
La relazione tra i geni descritti negli abstract di PubMED è mostrata qui come diagramma di relazione.
Funzioni geniche per microarray
Questo algoritmo presenta i dati in una tabella con tutte le funzioni geniche dei geni precedentemente filtrati, oppure può essere eseguito per l'intero array.
GeneOntology per un array
Visualizza le funzioni dei geni in una vista simile a GeneOntology.
Informazioni sul probeet
La finestra di dialogo delle informazioni sul gene. Qui si ottengono informazioni più dettagliate dalla query ricercata, come la sequenza, la descrizione e altro ancora.
Dettagli del probeet
In questa schermata, è possibile accedere direttamente ai link per ottenere ulteriori informazioni sulla propria richiesta. A differenza di altri programmi, è possibile fare clic su un link e accedere direttamente alla pagina dei risultati senza compilare moduli web.
Funzioni per Probeset
Un altro grafico GeneOntology delle funzioni del gene.
Ricerca su Internet
In questa schermata è possibile vedere i link diretti per ottenere ulteriori informazioni sulla richiesta. A differenza di altri programmi, è possibile fare clic su un link e accedere direttamente alla pagina dei risultati senza compilare moduli web.
Vista del cluster
Questo cluster può essere creato facilmente. Mostra i valori più uguali accoppiati in un grafico.
Grafico di dispersione
Un'altra vista dell'algoritmo di cluster.
