GENOM 2005
Microarray-analyse voor Affymetrix arrays
Uitgebreide en gebruiksvriendelijke toepassing voor het analyseren van array-experimenten (bv. van leverancier Affymetrix). Het bevat aanvullende geninformatie, meerdere analysemethoden, automatische pathway mapping met een editor, functievoorspelling...
Microarray DNA-analyse
Genom 2005 presenteert de gegevens in verschillende kleuren voor elk signaal. Je hebt een snel overzicht van de gegevens. Een gennaam en een toetredingsnummer voor elke probeset wordt in elke rij weergegeven.
Grafiek genexpressie
Dit is een diagram met één array. Het toont een balk voor elke probeset.
3D-weergave
U kunt elk signaal op uw array weergeven in een 3D-weergave. Als je het vergelijkt met een andere array, kun je gemakkelijk interessante probesets vinden. U kunt de signalen ook sorteren op genfunctie of genlocatie.
Chromosoomlocatie
Deze weergave toont alle probesets geordend op hun locatie op het chromosoom.
Genexpressieproces
Deze schermafbeelding toont een grafiek waarin elke probeset wordt weergegeven door een lijn. Het toont de op/neer regulatie van een gen tussen verschillende tijdstippen.
Pad bekijken
Deze schermafbeelding toont een geladen pad dat direct gecombineerd wordt met de arraygegevens die je geladen hebt.
Traject-editor
Met deze geïntegreerde kaarteditor kun je eenvoudig nieuwe paden maken of bestaande paden bewerken.
Voorspelling van genfunctie
Vaak heb je geen informatie over een probeset omdat het een EST is of nog niet eerder is geanalyseerd. Met deze module kun je nieuwe informatie krijgen van probesets of aangepaste sequenties via een BLAST zoekopdracht (online). Mogelijke nieuwe genfuncties worden dan getoond.
Details functievoorspelling
Details over de functievoorspelling.
PubMED Onderzoek
PubMED is de grootste database ter wereld met medische artikelen (gehost op de website van Ncbi). Deze module doorzoekt die database en geeft relevante resultaten voor de ingevoerde term (of gen).
MeSH-onderzoek
MeSH (Medical Subject Headings) biedt geordende termen om bijvoorbeeld PubMED-zoekopdrachten te verbeteren.
Genen Netwerk
De relatie van de genen beschreven in de samenvattingen van PubMED worden hier weergegeven als relatiediagram.
Genfuncties voor Microarray
Dit algoritme presenteert de gegevens in een tabel met alle genfuncties van de genen die je eerder hebt gefilterd, of kan worden gedaan voor de hele array.
GeneOntology voor een array
Dit toont de genfuncties in een GeneOntology-achtige weergave.
Probeset informatie
Het dialoogvenster met geninformatie. Hier krijg je meer gedetailleerde informatie van de zoekopdracht, zoals sequentie, beschrijving en meer.
Details sondeset
In deze schermafbeelding heb je direct toegang tot de links voor meer informatie over je zoekopdracht. In tegenstelling tot andere programma's kun je op een link klikken en direct naar de resultatenpagina gaan zonder webformulieren in te vullen.
Functies voor tasterset
Een andere GeneOntology-grafiek van de genfuncties van het gen.
Internetonderzoek
In deze schermafbeelding zie je directe links voor meer informatie over je zoekopdracht. In tegenstelling tot andere programma's kun je op een link klikken en direct naar de resultatenpagina gaan zonder webformulieren in te vullen.
Cluster bekijken
Dit cluster kan gemakkelijk worden gemaakt. Het toont de meest gelijke waarden aan elkaar gekoppeld in een grafiek.
Scatterplot
Een andere weergave van het clusteralgoritme.
