GENOM 2005: Uzlabota Microarray analīzes programmatūra
GENOM 2005 ir visaptveroša, ar funkcijām bagāta bioinformātikas platforma, kas paredzēta mikromasīvu un uz masīvu balstītu diferenciālo gēnu ekspresijas eksperimentu progresīvai analīzei. Šī lietotājam draudzīgā programmatūra, kas īpaši izstrādāta, lai atbalstītu augsta blīvuma masīvus, piemēram, Affymetrix, novērš plaisu starp neapstrādātu datu apstrādi un augstas ietekmes bioloģisko ieskatu. Integrējot vairāku metožu analītiskos cauruļvadus, automatizētu ceļu kartēšanu, prognozējošo funkcionālo genomiku un tiešās literatūras savstarpējās atsauces, GENOM 2005 paātrina molekulāro biologu, ģenētiķu un klīnisko pētnieku atklāšanas darbplūsmas.
Dinamiskās izteiksmes profilēšana
Vizualizējiet vairāku signālu masīva datus uzreiz ar pielāgojamu, augsta kontrasta krāsu kodējumu, kas paredzēts ātrai datu auditēšanai. Katra transkripta rinda ir pilnībā kartēta ar atbilstošo oficiālo gēna simbolu un standarta datu bāzes pievienošanās numuru.
Gēnu ekspresijas grafiks
Ātri skatiet, kuriem masīva datiem ir visvairāk maksimumu. Tuviniet/tāliniet, lai viegli atrastu interesantās vietas savā masīvā.
Interaktīvā 3D mikromasīvu topoloģija
Renderējiet zondes intensitāti iespaidīgā 3D telpiskā skatā. Bez piepūles salīdziniet vairākus masīvus blakus, lai precīzi noteiktu statistiski nozīmīgas izņēmuma zondes. Kārtojiet datus dinamiski pēc bioloģiskās funkcijas vai fiziskā hromosomu lokusa.
Hromosomu kartēšanas koordinātas
Kartējiet un parādiet transkripcijas profilus secīgi, pamatojoties uz to fizisko koordinātu sadalījumu pa hromosomām, atklājot reģionālo ģenētisko augšupvērsto vai pazemināto regulējumu.
Laika kursa izteiksmes trajektorijas
Izsekojiet noteiktai zondes kinētikai secīgos laika punktos vai apstākļos. Lineārie tendenču grafiki izdala kopīgi regulētas gēnu grupas sarežģītās eksperimentālās fāzēs.
Tiešā ceļa integrācija
Nekavējoties pārklājiet savus ielādētos transkriptiskos profilus uz standartizētām bioloģisko ceļu kartēm. Šī vietējā šķērssaistīšana ļauj vienā mirklī novērot sistēmiskās vielmaiņas vai signālu korekcijas.
Precīzās trajektorijas projektētājs
Izmantojiet integrēto vektorkartes redaktoru, lai no nulles izveidotu oriģinālus, individuāli pielāgotus molekulāros ceļus, vai arī ātri rediģētu esošos publiski pieejamos tīklus, lai tie atbilstu jūsu laboratorijas unikālajām hipotēzēm.
Automatizēta BLAST funkcionālā prognozēšana
Neraksturotas sekvences un ekspresēto sekvenču marķieri (EST) vairs neierobežo jūsu pētījumu apjomu. Ievadiet neannotētas transkripcijas vai pielāgotas FASTA sekvences tiešsaistes BLAST meklējumā tieši caur platformu, lai prognozētu jaunas gēnu funkcijas un strukturālās identitātes.
Funkciju prognozēšanas informācija
Sīkāka informācija par funkcijas prognozēšanu.
Integrēta PubMed literatūras analīze
Veiciet meklēšanu globālajā PubMed arhīvā tieši programmatūras darba vidē. Atlasīt un sniegt kontekstam atbilstošu medicīnisko un zinātnisko literatūru, pamatojoties uz filtrētiem gēniem vai mērķa atslēgvārdiem.
MeSH semantikas optimizācija
Izmantojiet integrētās „Medical Subject Headings“ (MeSH) hierarhijas, lai veidotu precīzas un augstas precizitātes vaicājumu virknes automatizētai literatūras meklēšanai.
Dinamiskie gēnu mijiedarbības tīkli
Izveidot attiecību diagrammas, pamatojoties uz vienlaicīgu parādīšanos un zinātniskām korelācijām iegūtajos PubMed kopsavilkumos, vizualizējot sarežģītus gēnu mijiedarbības tīklus.
Gēnu funkcijas mikromatricas analīzē
Šis algoritms attēlo datus tabulā, kurā iekļautas visas gēnu funkcijas no tiem gēniem, kurus jūs iepriekš atlasījāt. To var izdarīt visam masīvam.
GeneOntology (GO) pamatkartēšana
Klasificējiet un pārskatiet filtrētos datu kopumus, izmantojot strukturēto GeneOntology terminoloģiju. Probeset sadalījumu var analizēt interaktīvos GO kokos, lai novērtētu šūnu komponentus, molekulārās funkcijas vai vispārējos bioloģiskos procesus.
Informācija par zondu komplektu
Gēnu informācijas dialoglodziņš. Šeit varat iegūt sīkāku informāciju par meklēto vaicājumu, piemēram, secību, aprakstu un citu informāciju.
Tūlītēja vaicājuma hipersaišu izveide
Piekļūstiet ārējiem genomu repozitorijiem bez jebkādiem datu pārraides šķēršļiem. Vienkārši noklikšķiniet uz jebkuras atsauces saites zondes kopas kartītē, lai atvērtu konkrēto mērķa lapu tiešsaistē, neaizpildot tīmekļa meklēšanas veidlapas manuāli.
Probeset funkcijas
Vēl viens GeneOntology grafiks, kas attēlo šī gēna funkcijas.
Padziļināti in silico pētījumi un Datu bāzu savstarpējās saites
GENOM 2005 integrē ārējās datu bāzes tieši savā saskarnē, tādējādi novēršot nepieciešamību manuāli pārslēgties starp tīmekļa pārlūkprogrammām un ārējām meklēšanas formām.
Matricas hierarhiskā klasterizācija
Izpildiet sarežģītus klasterizācijas algoritmus ar minimālu konfigurāciju. Programmatūra automātiski grupē līdzīgus gēnu ekspresijas profilus, izveidojot skaidras, interpretējamas siltuma kartes un dendrogrammas.
Interaktīvi izkliedes diagrammas
Novērtējiet transkriptu variācijas globālā mērogā, izvērtējiet tehnisko vai bioloģisko replikātu vienveidību un izsekojiet salīdzinošās ekspresijas novirzes, izmantojot dinamiskus, daudzdimensionālus izkliedes diagrammu grafikus.