Šī bezmaksas programma vizualizē ceļus(KEGG, GenMAPP, BioCarta...). Lietotājam ir iespēja attēlot jebkāda veida kvantitatīvos datus no gēnu un olbaltumvielu eksperimentiem (piemēram, Affymetrix mikroshēmas) tieši ceļu ietvaros (krāsas attēlo vērtību). Saikne starp ceļa elementiem un eksperimenta datiem tiek veidota, izmantojot gēnu vai proteīnu nosaukumus un to pievienošanās numurus. Turklāt lietotājam ir ātrs pārskats par gēnu/proteīnu, izmantojot tīmekļa saskarnē apkopotās saites (tiešās saites).
Šajā programmā ir iekļauta tikai neliela daļa no funkcijām, kas pieejamas programmatūrā GENOM 2005.
Šajā programmā ir iekļauta tikai neliela daļa no funkcijām, kas pieejamas programmatūrā GENOM 2005.
- Kvantitatīvs datu pārklājums: tieši atveidojiet atšķirīgas gēnu ekspresijas un proteīnu koncentrācijas izveidotos bioloģiskajos tīklos (kur pielāgoti gradienti un krāsas attēlo precīzas skaitliskās vērtības).
- Vairāku platformu ID kartēšana: automātiski saistiet ceļa komponentus un eksperimentālās datu kopas, izmantojot standarta gēnu simbolus, proteīnu nosaukumus vai oficiālus datubāzes pievienošanās numurus.
- Visaptveroša datu bāzu integrācija: nekavējoties sinhronizējiet un atjauniniet bioloģiskos ceļus, izmantojot automatizētas tīmekļa saskarnes, kas savienojas ar labākajām publiskajām krātuvēm, tostarp KEGG, BioCarta un GenMAPP.
- Tīmeklī balstīta anotāciju informācija: dinamiski iegūstiet papildu gēnu un olbaltumvielu anotācijas. Nekavējoties piekļūstiet mērķtiecīgām informācijas lapām, izmantojot integrēto tīmekļa saskarni, manuāli neaizpildot tīmekļa meklēšanas veidlapas.
- Mērogojama akadēmiskā atskaite: eksportējiet augstas izšķirtspējas, publikācijām gatavas vektoru un rastra diagrammas, kas optimizētas zinātniskiem žurnāliem, prezentācijām un digitālajiem portfeļiem.
Tabulas skats
APP datus katram signālam attēlo dažādās krāsās, lai jūs varētu ātri pārskatīt datus.
Ceļi ar gēnu ekspresijām
Šajā ekrāna attēlā redzams ielādēts ceļš, kas ir tieši apvienots ar ielādētajiem datiem.
Informācija par gēnu
Šajā ekrāna attēlā varat tieši piekļūt saitēm, lai iegūtu plašāku informāciju par savu vaicājumu. Atšķirībā no citām programmām jūs varat noklikšķināt uz saites un tieši piekļūt rezultātu lapai, neaizpildot tīmekļa veidlapas.
Atjaunināt ceļus
Viegli atjaunināt celiņus no interneta bez laikietilpīgas meklēšanas.
Produkta saderība: bezmaksas versija pret GENOM 2005 Suite
Advanced Pathway Painter ir specializēts atsevišķs rīks, kas iegūts no mūsu visaptverošā genoma analīzes komplekta. Tālāk ir sniegts tiešs salīdzinājums, kas parāda, kā šis rīks atbilst jūsu pētniecības jomai.
| Funkcija/metrika | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | GSA GENOM 2005 Premium Suite |
|---|---|---|
| Licencēšanas modelis | 100% bezmaksas / bezmaksas programmatūras izdevums | Vienreizēja apmaksāta licence (uzņēmuma/akadēmiskā) |
| Ceļa vizualizācija | Pilnībā iespējots (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Pilnībā iespējots + pielāgota ceļa arhitekts |
| Datu kartēšana | Kvantitatīvā gēnu un olbaltumvielu ekspresija | Pilns mikromasīvs, nākamās paaudzes sekvencēšana un masas specifikācija |
| 3D klasteru analīze | Pamata 2D renderēšana un kartēšana | Uzlaboti 3D izteiksmes grafiki un izkliedes diagrammas |
| Datu bāzu sasaiste | Standarta tīmekļa saskarnes hipersaites | Deep SQL, PubMed un GeneOntology integrācijas |
| Tehniskais atbalsts | Kopienas forums un standarta e-pasts | Prioritārais 24/7 izstrādātāju atbalsts un API piekļuve |
Bieži uzdotie jautājumi (FAQ)
► Kas ir Advanced Pathway Painter un kā tas palīdz maniem pētījumiem?
Tā ir īpaša bioinformātikas programmatūra, kas vizualizē bioloģiskos ceļus un integrē tos ar kvantitatīviem eksperimentālajiem datiem. Kartējot skaitliskās vērtības ceļu kartēs, tas ļauj jums uzreiz noteikt, kuri bioloģiskie procesi jūsu paraugu grupās tiek regulēti augstāk vai pazemināti.
► Kuras eksperimentālās datu kopas un platformas tiek atbalstītas?
Programmatūra apstrādā jebkuru standarta kvantitatīvo datu kopu, tostarp mikromasīvu transkriptus (piemēram, Affymetrix masīvus), RNS-Seq skaitu un mērķtiecīgus proteomikas profilus. Kamēr jūsu dati satur atpazītus gēnu vai olbaltumvielu nosaukumus vai pievienošanās numurus, rīks var izpildīt kartēšanu.
► Vai man ir jāmaksā par ceļa atjauninājumiem vai piekļuvi datubāzei?
Nē. GSA Advanced Pathway Painter ir bezmaksas lietojumprogramma. Automātiskie tīkla atjauninājumi no KEGG, BioCarta un GenMAPP ir pilnīgi bez maksas, un tos var aktivizēt tieši no programmatūras paneļa.
► Vai šī programmatūra ir pilnībā saderīga ar virtualizētām vidēm?
Jā. Programmatūra ir ļoti optimizēta, viegla, un tai nav nepieciešamas lielas ārējās datu bāzes. Tā sākotnēji darbojas visās mūsdienu Windows OS un Windows Server izdevumos. Turklāt Mac un Linux pētnieki to var viegli izvietot, izmantojot virtualizācijas slāņus, piemēram, Parallels, Wine vai standarta virtuālās mašīnas.