תוכנית חופשית זו מדמיינת מסלולים ( kegg , genmapp , Biocarta ...). למשתמש יש אפשרות להציג כל סוג של נתונים כמותיים מניסויי גנים וחלבון (למשל מיקרו-מערכים מ- Affymetrix ). הקישור בין פריטי המסלול לנתוני הניסוי נעשה על פני שמות הגן או החלבון ומספרי ההצטרפות שלהם. יתר על כן, למשתמש סקירה מהירה על הגן/חלבון עם הקישורים שנאספו במשטח האינטרנט (קישורים ישירים).
תוכנית זו כוללת רק חלק קטן מהפונקציות של התוכנה Genom 2005.
תוכנית זו כוללת רק חלק קטן מהפונקציות של התוכנה Genom 2005.
- שכבת נתונים כמותיים: עיבוד ישיר של ביטויי גנים דיפרנציאליים וריכוזי חלבון בתוך רשתות ביולוגיות מבוססות (כאשר שיפועים וצבעים מותאמים אישית מייצגים ערכים מספריים מדויקים).
- מיפוי מזהה חוצה פלטפורמות: קשר אוטומטית בין רכיבי מסלול ומערכי נתונים ניסיוניים תוך שימוש בסמלי גנים סטנדרטיים, שמות חלבונים או מספרי הצטרפות רשמיים למסד הנתונים.
- שילוב מקיף של מסדי נתונים: סנכרון ועדכון מיידי של מסלולים ביולוגיים באמצעות ממשקי אינטרנט אוטומטיים המתחברים למאגרים ציבוריים מובילים, כולל KEGG, BioCarta וGenMAPP.
- תבונה מבוססת אינטרנט: אחזר באופן דינמי הערות משלימות של גנים וחלבונים. גש לדפי מידע ממוקדים באופן מיידי באמצעות ממשק אינטרנט משולב ללא מילוי ידני של טפסי חיפוש באינטרנט.
- דיווח אקדמי ניתן להרחבה: ייצא דיאגרמות וקטוריות ורסטר ברזולוציה גבוהה ומוכנות לפרסום המותאמות עבור כתבי עת מדעיים, מצגות ותיקים דיגיטליים.
תצוגת טבלה
APP מציגה את הנתונים בצבעים שונים עבור כל אות, כך שיש לך סקירה מהירה של הנתונים.
מסלולים עם ביטויי גנים
צילום מסך זה מציג מסלול טעון המשולב ישירות עם הנתונים שהטענתם.
פרטי גנים
במסך מסך זה, באפשרותך לגשת ישירות לקישורים למידע נוסף על השאילתה שלך. שלא כמו בתוכנות אחרות תוכלו ללחוץ על קישור ולגשת ישירות לדף התוצאה מבלי למלא טפסי אינטרנט.
עדכן מסלולי מסלולים
עדכונים קלים של נתיבים מהאינטרנט ללא חיפוש אינטנסיבי בזמן.
תאימות מוצר: גרסה חינמית לעומת GENOM 2005 Suite
ה-Advanced Pathway Painter הוא כלי עצמאי מיוחד הנגזר מחבילת הניתוח הגנומית המקיפה שלנו. להלן השוואה ישירה שמראה כיצד הכלי הזה מתאים להיקף המחקר שלך.
| תכונה / מדד | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | סוויטת פרימיום GSA GENOM 2005 |
|---|---|---|
| דגם רישוי | מהדורת 100% חינם / תוכנה חינמית | רישיון חד פעמי בתשלום (ארגוני/אקדמי) |
| ויזואליזציה של נתיב | מופעל לחלוטין (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | מופעל לחלוטין + אדריכל נתיב מותאם אישית |
| מיפוי נתונים | ביטוי כמותי של גנים וחלבונים | מיקרו-מערך מלא, רצף מהדור הבא ומפרט המוני |
| ניתוח אשכולות תלת מימד | עיבוד ומיפוי דו מימדי בסיסי | עלילות ביטוי ותלת מימד מתקדמים |
| קישור צולב מסדי נתונים | היפר-קישור סטנדרטי של ממשק אינטרנט | שילובים עמוקים של SQL, PubMed ו- GeneOntology |
| תמיכה טכנית | פורום קהילתי ואימייל רגיל | תמיכת מפתחים מועדפת 24/7 וגישה ל-API |
שאלות נפוצות (שאלות נפוצות)
► מהו צייר המסלול המתקדם וכיצד הוא מסייע למחקר שלי?
זוהי תוכנת ביואינפורמטיקה ייעודית הממחישה מסלולים ביולוגיים ומשלבת אותם עם נתונים ניסויים כמותיים. על ידי מיפוי ערכים מספריים על מפות מסלולים, זה מאפשר לך לזהות באופן מיידי אילו תהליכים ביולוגיים מווסתים למעלה או מטה בתוך קבוצות המדגם שלך.
► אילו מערכי נתונים ופלטפורמות ניסיוניים נתמכים?
התוכנה מעבדת כל מערך נתונים כמותי סטנדרטי, כולל תמלול מיקרו-מערכים (כגון מערכי Affymetrix), ספירת RNA-Seq ופרופילי פרוטאומיקה ממוקדים. כל עוד הנתונים שלך מכילים שמות גנים או חלבונים מוכרים או מספרי הצטרפות, הכלי יכול לבצע את המיפוי.
► האם אני צריך לשלם עבור עדכוני מסלול או גישה למסד נתונים?
לא. GSA Advanced Pathway Painter הוא יישום תוכנה חופשית. עדכוני הרשת האוטומטיים מ-KEGG, BioCarta ו-GenMAPP הם בחינם לחלוטין וניתן להפעיל אותם ישירות מלוח התוכנה.
► האם התוכנה הזו תואמת לחלוטין לסביבות וירטואליות?
כֵּן. התוכנה מותאמת מאוד, קלת משקל ואינה דורשת מסדי נתונים חיצוניים מגושמים. הוא פועל באופן מקורי בכל מהדורות מערכת ההפעלה המודרנית של Windows ו-Windows Server. יתר על כן, חוקרי מק ולינוקס יכולים לפרוס אותו בקלות באמצעות שכבות וירטואליזציה כמו Parallels, Wine או מכונות וירטואליות סטנדרטיות.