Advanced Pathway Painter: Visualizar vias para experiências com genes/proteínas
Este programa visualiza as vias. O utilizador pode apresentar qualquer tipo de dados quantitativos de experiências com genes e proteínas diretamente nas vias (as cores representam o valor). Atualização automática das vias a partir de KEGG, BioCarta e GenMAPP.
Este programa freeware visualiza vias(KEGG, GenMAPP, BioCarta...). O utilizador tem a possibilidade de apresentar qualquer tipo de dados quantitativos de experiências com genes e proteínas (por exemplo, microarrays da Affymetrix) diretamente nas vias (as cores representam o valor). A ligação entre os itens da via e os dados da experiência é feita através dos nomes dos genes ou das proteínas e dos respectivos números de acesso. Além disso, o utilizador tem uma visão geral rápida do gene/proteína com as ligações recolhidas na interface Web (ligações diretas).
Este programa inclui apenas uma pequena parte das funções do software GENOM 2005.
Este programa inclui apenas uma pequena parte das funções do software GENOM 2005.
- Sobreposição de dados quantitativos: renderize diretamente expressões diferenciais de genes e concentrações de proteínas dentro de redes biológicas estabelecidas (onde gradientes e cores personalizados representam valores numéricos precisos).
- Mapeamento de identificação entre plataformas: vincule automaticamente componentes de vias e conjuntos de dados experimentais utilizando símbolos genéticos padrão, nomes de proteínas ou números de acesso oficiais ao banco de dados.
- Integração abrangente de banco de dados: sincronize e atualize instantaneamente caminhos biológicos por meio de interfaces web automatizadas conectando-se aos principais repositórios públicos, incluindo KEGG, BioCarta e GenMAPP.
- Inteligência de anotação baseada na Web: busque dinamicamente anotações suplementares de genes e proteínas. Acesse páginas de informações direcionadas instantaneamente por meio de uma interface da Web integrada, sem preencher manualmente formulários de pesquisa na Web.
- Relatórios Acadêmicos Escaláveis: exporte diagramas vetoriais e raster de alta resolução, prontos para publicação, otimizados para periódicos científicos, apresentações e portfólios digitais.
Vista de tabela
A APP apresenta os dados em cores diferentes para cada sinal, para que possa ter uma visão geral rápida dos dados.
Vias com expressões genéticas
Esta captura de ecrã mostra uma via carregada que é diretamente combinada com os dados que carregou.
Detalhes do gene
Nesta captura de ecrã, pode aceder diretamente às ligações para obter mais informações sobre a sua consulta. Ao contrário de outros programas, pode clicar numa ligação e aceder diretamente à página de resultados sem preencher formulários Web.
Atualizar percursos
Actualizações fáceis de percursos a partir da Internet sem necessidade de pesquisas demoradas.
Compatibilidade do produto: Versão gratuita vs. GENOM 2005 Suite
O Advanced Pathway Painter é uma ferramenta autônoma especializada derivada de nosso conjunto abrangente de análise genômica. Abaixo está uma comparação direta mostrando como essa ferramenta se adapta ao seu escopo de pesquisa.
| Recurso/métrica | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | Suíte Premium GSA GENOM 2005 |
|---|---|---|
| Modelo de licenciamento | Edição 100% gratuita/freeware | Licença Paga Única (Empresarial/Acadêmica) |
| Visualização do caminho | Totalmente habilitado (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Totalmente habilitado + Pathway Architect personalizado |
| Mapeamento de dados | Expressão quantitativa de genes e proteínas | Microarray completo, sequenciamento de última geração e especificação de massa |
| Análise de Cluster 3D | Renderização e mapeamento 2D básico | Gráficos de expressão 3D avançados e gráficos de dispersão |
| Link cruzado de banco de dados | Hiperlink de interface da Web padrão | Integrações profundas com SQL, PubMed e GeneOntology |
| Suporte Técnico | Fórum da comunidade e e-mail padrão | Suporte prioritário ao desenvolvedor 24 horas por dia, 7 dias por semana e acesso à API |
Perguntas frequentes (FAQ)
► O que é o Advanced Pathway Painter e como ele auxilia minha pesquisa?
É um software de bioinformática dedicado que visualiza caminhos biológicos e os integra com dados experimentais quantitativos. Ao mapear valores numéricos em mapas de caminhos, ele permite identificar instantaneamente quais processos biológicos são regulados positivamente ou regulados negativamente em seus grupos de amostras.
► Quais conjuntos de dados e plataformas experimentais são suportados?
O software processa qualquer conjunto de dados quantitativos padrão, incluindo transcrições de microarranjos (como matrizes Affymetrix), contagens de RNA-Seq e perfis proteômicos direcionados. Contanto que seus dados contenham nomes de genes ou proteínas reconhecidos ou números de acesso, a ferramenta pode executar o mapeamento.
► Preciso pagar por atualizações de caminho ou acesso ao banco de dados?
Não. O GSA Advanced Pathway Painter é um aplicativo freeware. As atualizações automatizadas de rede do KEGG, BioCarta e GenMAPP são totalmente gratuitas e podem ser acionadas diretamente no painel do software.
► Este software é totalmente compatível com ambientes virtualizados?
Sim. O software é altamente otimizado, leve e não requer bancos de dados externos volumosos. Ele é executado nativamente em todas as edições modernas do sistema operacional Windows e do Windows Server. Além disso, os pesquisadores de Mac e Linux podem implantá-lo facilmente usando camadas de virtualização como Parallels, Wine ou máquinas virtuais padrão.