Advanced Pathway Painter: Показване на пътища за експерименти с гени/белтъци
Тази програма визуализира пътища. Потребителят може да показва всякакъв вид количествени данни от експерименти с гени и протеини директно в рамките на пътищата (цветовете представят стойността). Автоматично обновяване на пътищата от KEGG, BioCarta и GenMAPP.
Тази безплатна програма визуализира пътища (KEGG, GenMAPP, BioCarta...). Потребителят има възможност да показва всякакъв вид количествени данни от експерименти с гени и протеини (напр. микрочипове от Affymetrix) директно в рамките на пътищата (цветовете представят стойността). Връзката между елементите на пътеката и данните от експеримента се осъществява чрез имената на гените или протеините и техните присъединителни номера. Освен това потребителят има бърз преглед на гена/протеина със събраните връзки в уеб интерфейса (директни връзки).
Тази програма включва само малка част от функциите на софтуера GENOM 2005.
Тази програма включва само малка част от функциите на софтуера GENOM 2005.
- Наслагване на количествени данни: Директно визуализиране на разликите в експресията на гените и концентрациите на протеините в рамките на установени биологични мрежи (където персонализираните градиенти и цветове отразяват точни числови стойности).
- Кръстосано съпоставяне на идентификатори между платформи: Автоматично свързване на компонентите на биологичните пътища и експерименталните набори от данни чрез използване на стандартни генни символи, имена на протеини или официални номера за достъп до бази данни.
- Comprehensive Database Integration: Instantly synchronize and update biological pathways via automated web interfaces connecting to premier public repositories, including KEGG, BioCarta, and GenMAPP.
- Уеб-базирана система за интелигентно добавяне на анотации: Динамично извличане на допълнителни анотации за гени и протеини. Получавайте незабавен достъп до целеви информационни страници чрез вграден уеб-интерфейс, без да се налага ръчно да попълвате формуляри за търсене в интернет.
- Мащабируема академична отчетност: Експортирайте векторни и растерни диаграми с висока разделителна способност, готови за публикуване и оптимизирани за научни списания, презентации и дигитални портфолиа.
Изглед на таблицата
APP представя данните в различни цветове за всеки сигнал, така че да имате бърз преглед на данните.
Пътища с генни експресии
На тази снимка е показана заредена пътека, която се комбинира директно с данните, които сте заредили.
Данни за гена
На този екран можете да получите директен достъп до връзките за повече информация за вашето запитване. За разлика от други програми можете да щракнете върху връзка и да получите директен достъп до страницата с резултатите, без да попълвате уеб формуляри.
Пътища за актуализация
Лесно актуализиране на пътеките от интернет без трудоемко търсене.
Съвместимост на продукта: Безплатна версия срещу Пакет GENOM 2005
Advanced Pathway Painter е специализиран самостоятелен инструмент, създаден на базата на нашия цялостен пакет за геномни анализи. По-долу е представено пряко сравнение, което показва как този инструмент се вписва в обхвата на вашето проучване.
| Характеристика / Метрична система | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | GSA GENOM 2005 Premium Suite |
|---|---|---|
| Модел на лицензиране | 100% безплатно / версия за свободно ползване | Еднократна платена лицензия (за предприятия/академична) |
| Визуализация на пътя | Напълно активирани (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Напълно активиран + Архитект на персонализирани пътеки |
| Съпоставяне на данни | Количествено измерване на експресията на гени и протеини | Пълен микроарей, секвениране от ново поколение и масова спектрометрия |
| 3D клъстерен анализ | Основи на 2D рендеринга и картографирането | Разширени 3D графики и разпръснати диаграми |
| Взаимни връзки в базата данни | Създаване на хипервръзки в стандартния уеб интерфейс | Дълбока интеграция с SQL, PubMed и GeneOntology |
| Техническа поддръжка | Форум на общността и стандартен имейл | Приоритетна поддръжка за разработчици 24/7 и достъп до API |
Често задавани въпроси (ЧЗВ)
► Какво представлява Advanced Pathway Painter и как ми помага в изследванията?
Това е специализиран софтуер за биоинформатика, който визуализира биологичните пътища и ги интегрира с количествени експериментални данни. Чрез нанасянето на числови стойности върху картите на метаболитните пътища това ви позволява незабавно да установите кои биологични процеси са с повишена или понижена активност в рамките на вашите групи проби.
► Кои експериментални набори от данни и платформи се поддържат?
Софтуерът обработва всякакви стандартни количествени набори от данни, включително транскрипти от микрочипове (като например чипове на Affymetrix), данни от RNA-Seq и целеви протеомни профили. Стига данните ви да съдържат разпознаваеми наименования на гени или протеини или номера на достъп, инструментът може да извърши съпоставянето.
► Трябва ли да плащам за актуализации на пътеките или за достъп до базата данни?
Не. GSA Advanced Pathway Painter е безплатна програма. Автоматичните актуализации на мрежата от KEGG, BioCarta и GenMAPP са напълно безплатни и могат да се стартират директно от панела на софтуера.
► Този софтуер напълно съвместим ли е с виртуализирани среди?
Да. Софтуерът е силно оптимизиран, лек и не изисква обемисти външни бази данни. Програмата работи директно на всички съвременни версии на операционната система Windows и на Windows Server. Освен това изследователите, работещи с Mac и Linux, могат лесно да го инсталират, като използват виртуализационни слоеве като Parallels, Wine или стандартни виртуални машини.