Advanced Pathway Painter: Gén/fehérje kísérletekhez szükséges útvonalak megjelenítése
Ez a program vizualizálja az útvonalakat. A felhasználó a gén- és fehérjekísérletekből származó bármilyen mennyiségi adatot megjeleníthet közvetlenül az útvonalakon belül (a színek az értéket jelölik). Automatikus útvonalfrissítés a KEGG, BioCarta és GenMAPP adatbázisokból.
Ez a freeware program vizualizálja az útvonalakat(KEGG, GenMAPP, BioCarta...). A felhasználónak lehetősége van arra, hogy a gén- és fehérje-kísérletekből (pl. Affymetrix microarrays) származó bármilyen kvantitatív adatot közvetlenül az útvonalakon belül jelenítsen meg (a színek az értéket jelölik). Az útvonalelemek és a kísérleti adatok közötti összekapcsolás a gén- vagy fehérje nevek és azok hozzáférési számai alapján történik. Ezen túlmenően a felhasználó a webes felületen összegyűjtött linkek segítségével gyors áttekintést kap a génről/fehérjéről (közvetlen linkek).
Ez a program a GENOM 2005 szoftver funkcióinak csak egy kis részét tartalmazza.
Ez a program a GENOM 2005 szoftver funkcióinak csak egy kis részét tartalmazza.
- Kvantitatív adatok átfedése: A génkifejeződés és a fehérjekoncentrációk közötti különbségeket közvetlenül ábrázoljuk a meglévő biológiai hálózatokon belül (ahol az egyedi színátmenetek és színek pontos numerikus értékeket jelölnek).
- Platformok közötti azonosító-leképezés: A szabványos génszimbólumok, fehérjenevek vagy hivatalos adatbázis-hozzáférési számok felhasználásával automatikusan összekapcsolja az útvonal-komponenseket és a kísérleti adatsorokat.
- Comprehensive Database Integration: Instantly synchronize and update biological pathways via automated web interfaces connecting to premier public repositories, including KEGG, BioCarta, and GenMAPP.
- Web alapú annotációs intelligencia: Dinamikusan kérje le a kiegészítő gén- és fehérjeannotációkat. Az integrált webes felületen keresztül azonnal elérheti a célzott információs oldalakat anélkül, hogy manuálisan kellene kitöltenie a webes keresési űrlapokat.
- Skálázható tudományos jelentések: nagy felbontású, publikálásra kész vektor- és raszterdiagramok exportálása tudományos folyóiratokhoz, prezentációkhoz és digitális portfóliókhoz.
Asztali nézet
Az APP az egyes jeleknél különböző színekkel jeleníti meg az adatokat, így gyorsan áttekintheti az adatokat.
Génkifejeződéseket tartalmazó útvonalak
Ez a képernyőkép egy betöltött útvonalat mutat, amely közvetlenül a betöltött adatokkal van kombinálva.
Gén részletek
Ezen a képernyőképen közvetlenül elérheti a lekérdezéssel kapcsolatos további információkat tartalmazó linkeket. Más programokkal ellentétben egy linkre kattintva közvetlenül elérheti az eredményoldalt, webes űrlapok kitöltése nélkül.
Frissítési útvonalak
Az útvonalak egyszerű frissítése az internetről időigényes keresés nélkül.
Termékkompatibilitás: Ingyenes verzió vs. GENOM 2005 Suite
Az Advanced Pathway Painter egy speciális, önálló eszköz, amely az átfogó genomelemző csomagunkból származik. Az alábbiakban egy közvetlen összehasonlítás látható, amely megmutatja, hogy ez az eszköz hogyan illeszkedik az Ön kutatási területéhez.
| Funkció / metrika | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | GSA GENOM 2005 Premium Suite |
|---|---|---|
| Engedélyezési modell | 100% ingyenes / ingyenes kiadás | Egyszeri fizetett licenc (vállalati/akadémiai) |
| Útvonal vizualizáció | Teljesen engedélyezve (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Teljesen engedélyezett + egyéni útvonaltervező |
| Adatleképezés | Kvantitatív gén- és fehérjeexpresszió | Teljes Microarray, következő generációs szekvenálás és tömegspecifikáció |
| 3D klaszterelemzés | Alapvető 2D renderelés és leképezés | Speciális 3D kifejezési diagramok és szórásdiagramok |
| Adatbázis keresztkötés | Szabványos web-interfész hiperhivatkozás | Mély SQL, PubMed és GeneOntology integrációk |
| Műszaki támogatás | Közösségi fórum és normál e-mail | Elsőbbségi 24 órás fejlesztői támogatás és API-hozzáférés |
Gyakran Ismételt Kérdések (GYIK)
► Mi az Advanced Pathway Painter, és hogyan segíti a kutatásomat?
Ez egy speciális bioinformatikai szoftver, amely a biológiai folyamatokat ábrázolja, és azokat a kvantitatív kísérleti adatokkal integrálja. A numerikus értékek útvonal-térképekre való ráhelyezésével azonnal azonosíthatja, hogy a mintacsoportokon belül mely biológiai folyamatok vannak felfelé vagy lefelé szabályozva.
► Mely kísérleti adatkészleteket és platformokat támogatja a rendszer?
A szoftver bármilyen szabványos kvantitatív adatsort feldolgoz, beleértve a mikroszálas transzkriptumokat (például az Affymetrix-mikroszálas paneleket), az RNA-Seq-számlálási eredményeket és a célzott proteomikai profilokat. Amennyiben az adataid elismert gén- vagy fehérjeneveket, illetve hozzáférési számokat tartalmaznak, az eszköz elvégezheti a leképezést.
► Kell-e fizetnem a Pathway-frissítésekért vagy az adatbázishoz való hozzáférésért?
Nem. A GSA Advanced Pathway Painter egy ingyenes alkalmazás. A KEGG, a BioCarta és a GenMAPP által biztosított automatikus hálózati frissítések teljesen ingyenesek, és közvetlenül a szoftver vezérlőpultjáról indíthatók el.
► Ez a szoftver teljes mértékben kompatibilis a virtualizált környezetekkel?
Igen. A szoftver rendkívül optimalizált, könnyű, és nem igényel terjedelmes külső adatbázisokat. Minden modern Windows operációs rendszeren és Windows Server kiadáson natívan fut. Ezenkívül a Mac- és Linux-felhasználók könnyedén telepíthetik a szoftvert olyan virtualizációs rétegek segítségével, mint a Parallels, a Wine vagy a szokásos virtuális gépek.