GENOM 2005: Pokročilý software pro analýzu Microarray
GENOM 2005 je komplexní bioinformatická platforma s bohatými funkcemi navržená pro pokročilou analýzu experimentů s diferenciální genovou expresí na bázi microarray a pole. Tento uživatelsky přívětivý software, speciálně navržený pro podporu polí s vysokou hustotou – jako jsou pole od Affymetrix – překlenuje propast mezi zpracováním nezpracovaných dat a vysoce účinnými biologickými poznatky. Integrací analytických kanálů s více metodami, automatizovaného mapování cest, prediktivní funkční genomiky a přímého křížového odkazování na literaturu urychluje GENOM 2005 pracovní postupy objevování pro molekulární biology, genetiky a klinické výzkumníky.
Dynamické profilování výrazů
Okamžitě vizualizujte data pole více signálů pomocí přizpůsobitelného, vysoce kontrastního barevného kódování navrženého pro rychlý audit dat. Každý řádek přepisu je plně mapován na svůj odpovídající oficiální genový symbol a standardní přístupové číslo databáze.
Graf genové exprese
Rychle zjistěte, která data pole mají nejvíce vrcholů. Přiblížením/oddálením snadno najdete zajímavá místa na svém poli.
Interaktivní 3D topologie Microarray
Vykreslete intenzity sondy v pohlcujícím 3D prostorovém zobrazení. Bez námahy porovnávejte více polí vedle sebe, abyste určili statisticky významné odlehlé sady sond. Dynamicky třídit data podle biologické funkce nebo fyzického chromozomálního lokusu.
Chromozomální mapovací souřadnice
Mapujte a zobrazujte profily přepisů postupně na základě jejich fyzické distribuce souřadnic napříč chromozomy, odhalující regionální genetické up- nebo down-regulace.
Trajektorie výrazů časového průběhu
Sledujte kinetiku specifické sondy napříč sekvenčními časovými body nebo podmínkami. Lineární trendové grafy izolují společně regulované genové skupiny napříč složitými experimentálními fázemi.
Integrace přímé cesty
Okamžitě překryjte své načtené transkriptomické profily na standardizované mapy biologických cest. Toto nativní zesítění vám umožňuje na první pohled pozorovat systémové metabolické nebo signalizační úpravy.
Precision Pathway Architect
Využijte integrovaný editor vektorových map k vytvoření originálních molekulárních cest na míru od nuly nebo rychle upravte stávající veřejné sítě tak, aby odpovídaly vašim jedinečným laboratorním hypotézám.
Automatizovaná funkční predikce BLAST
Necharakterizované sekvence a Expressed Sequence Tags (EST) již neomezují váš rozsah zjišťování. Odešlete nekomentované transkripty nebo vlastní sekvence FASTA do online dotazu BLAST přímo prostřednictvím platformy, abyste předpověděli nové genové funkce a strukturální identity.
Podrobnosti předpovědi funkce
Podrobnosti o predikci funkce.
Integrovaná těžba literatury PubMed
Dotazujte se na globální archiv PubMed přímo v pracovním prostoru softwaru. Extrahujte a vraťte kontextově relevantní lékařskou a vědeckou literaturu na základě filtrovaných genů nebo cílových klíčových slov.
Optimalizace sémantiky MeSH
Využijte integrované hierarchie Medical Subject Headings (MeSH) k vytvoření přesných, vysoce přesných řetězců dotazů pro automatizované získávání literatury.
Dynamické sítě interakce genů
Vytvářejte diagramy vztahů založené na společném výskytu a vědeckých korelacích v rámci načtených abstraktů PubMed, vizualizujte komplexní sítě interaktomů mezi geny.
Genové funkce pro Microarray
Tento algoritmus prezentuje data v tabulce se všemi funkcemi genů z genů, které jste předtím odfiltrovali. To lze provést pro celé pole.
GeneOntology (GO) Core Mapping
Kategorizujte a kontrolujte filtrované datové sady pomocí strukturované terminologie GeneOntology. Distribuce sondových sad lze analyzovat napříč interaktivními GO stromy za účelem vyhodnocení buněčných složek, molekulárních funkcí nebo celkových biologických procesů.
Informace o sondě
Dialogové informace o genu. Zde získáte podrobnější informace z hledaného dotazu, jako je sekvence, popis a další.
Okamžité hypertextové odkazy
Získejte přístup k externím genomickým úložištím s nulovým třením dat. Jednoduše klikněte na jakýkoli referenční odkaz na kartě sondy pro spuštění přesné online cílové stránky bez ručního vyplňování webových formulářů.
Funkce pro Probeset
Další graf GeneOntology funkcí genu z genu.
Deep In-Silico Research & Database Cross-Linking
GENOM 2005 integruje externí databáze přímo do svého rozhraní, čímž eliminuje potřebu ručního přepínání mezi webovými prohlížeči a externími vyhledávacími formuláři.
Hierarchické shlukování matic
Provádějte složité shlukovací algoritmy s minimální konfigurací. Software automaticky seskupuje podobné profily genové exprese a generuje jasné, interpretační tepelné mapy a dendrogramy.
Interaktivní Scatterplots
Vyhodnoťte globální odchylky transkriptů, zhodnoťte technickou nebo biologickou uniformitu replikace a sledujte komparativní odchylky exprese pomocí dynamických, více proměnných bodových grafů.