GENOM 2005
Analýza mikročipů pro matrice Affymetrix
Funkčně bohatá a uživatelsky přívětivá aplikace pro analýzu array-experimentů (např. od poskytovatele Affymetrix). Obsahuje další informace o genech, více metod analýzy, automatické mapování drah pomocí editoru, predikci funkcí...
Analýza DNA pomocí mikročipů
Genom 2005 zobrazuje data pro každý signál různými barvami. Máte tak rychlý přehled o datech. V každém řádku je uveden název genu a přístupové číslo pro každou sadu sond.
Graf genové exprese
Toto je diagram s jedním polem. Zobrazuje sloupec pro každou sadu sond.
3D zobrazení
Každý signál na poli můžete zobrazit ve 3D zobrazení. Při porovnávání s jiným polem můžete snadno najít zajímavé sady sond. Signály můžete také seřadit podle funkce nebo umístění genu.
Umístění chromozomů
Toto zobrazení zobrazuje všechny sady sond podle jejich umístění na chromozomu.
Proces genové exprese
Na tomto snímku obrazovky je zobrazen graf, kde je každá sada sond znázorněna čarou. Ukazuje regulaci genu nahoru/dolů mezi různými časy.
Pohled na cestu
Na tomto snímku obrazovky je zobrazena načtená cesta, která je přímo kombinována s načtenými daty pole.
Editor cest
Pomocí tohoto integrovaného editoru map můžete snadno vytvářet nové cesty nebo upravovat stávající.
Předpovídání funkce genů
Často nemáte o sadě sond žádné informace, protože se jedná o EST nebo nebyla dosud analyzována. Pomocí tohoto modulu můžete získat nové informace ze sondových sad nebo vlastních sekvencí prostřednictvím vyhledávání BLAST (online). Poté se zobrazí možné nové funkce genů.
Podrobnosti o predikci funkce
Podrobnosti o předpovědi funkce.
Výzkum PubMED
PubMED je největší databáze lékařských článků na světě (umístěná na webu Ncbi). Tento modul prohledává tuto databázi a vrací relevantní výsledky k zadanému termínu (nebo genu).
Výzkum MeSH
MeSH (Medical Subject Headings) poskytuje uspořádané termíny pro zlepšení vyhledávání v PubMED, například.
Síť genů
Vztahy mezi geny popsanými v abstraktech z PubMED jsou zde zobrazeny jako diagram vztahů.
Funkce genů pro microarray
Tento algoritmus zobrazí data v tabulce se všemi funkcemi genů z genů, které jste předtím vyfiltrovali, nebo může být proveden pro celou matici.
GeneOntologie pro pole
Tím se zobrazí funkce genu v zobrazení podobném GeneOntology.
Informace o sadě sond
Dialogové okno s informacemi o genu. Zde získáte podrobnější informace o hledaném dotazu, jako je sekvence, popis a další.
Podrobnosti o sadě sond
Na tomto snímku obrazovky máte přímý přístup k odkazům, kde najdete další informace o svém dotazu. Na rozdíl od jiných programů můžete kliknout na odkaz a přímo se dostat na stránku s výsledky bez vyplňování webových formulářů.
Funkce pro sadu Probeset
Další graf funkcí genu z GeneOntology.
Internetový výzkum
Na tomto snímku obrazovky vidíte přímé odkazy na další informace o vašem dotazu. Na rozdíl od jiných programů můžete kliknout na odkaz a dostat se přímo na stránku s výsledky bez nutnosti vyplňovat webové formuláře.
Zobrazení clusteru
Tento klastr lze snadno vytvořit. Zobrazuje nejvíce stejných hodnot, které jsou v grafu spárovány dohromady.
Graf rozptylu
Další pohled na shlukový algoritmus.
