Advanced Pathway Painter: Näytä geeni-/proteiinikokeita varten tarvittavat polut
Tämä ohjelma visualisoi polkuja. Käyttäjä voi näyttää kaikenlaista kvantitatiivista tietoa geeni- ja proteiinikokeista suoraan polkujen sisällä (värit kuvaavat arvoa). Automaattinen polkujen päivitys KEGG:stä, BioCartasta ja GenMAPP:stä.
Tämä ilmaisohjelma visualisoi polkuja(KEGG, GenMAPP, BioCarta...). Käyttäjällä on mahdollisuus näyttää kaikenlaista kvantitatiivista tietoa geeni- ja proteiinikokeista (esim. Affymetrixin mikrosirut) suoraan polkujen sisällä (värit edustavat arvoa). Polkujen ja koetietojen välinen linkitys tapahtuu geenien tai proteiinien nimien ja niiden liittymisnumeroiden avulla. Lisäksi käyttäjällä on nopea yleiskatsaus geeniin/proteiiniin kerättyjen linkkien avulla web-käyttöliittymässä (suorat linkit).
Tämä ohjelma sisältää vain pienen osan GENOM 2005 -ohjelmiston toiminnoista.
Tämä ohjelma sisältää vain pienen osan GENOM 2005 -ohjelmiston toiminnoista.
- Kvantitatiivinen datapeitto: renderöi suoraan erilaisia geeni-ilmentymiä ja proteiinipitoisuuksia vakiintuneiden biologisten verkostojen sisällä (joissa mukautetut gradientit ja värit edustavat tarkkoja numeerisia arvoja).
- Cross- Platform ID -kartoitus: linkitä automaattisesti polkukomponentit ja kokeelliset tietojoukot käyttämällä tavallisia geenisymboleja, proteiinien nimiä tai virallisia tietokannan tunnusnumeroita.
- Kattava tietokantaintegraatio: Synkronoi ja päivitä välittömästi biologisia polkuja automaattisten verkkoliittymien kautta, jotka muodostavat yhteyden tärkeimpiin julkisiin tietovarastoihin, kuten KEGG, BioCarta ja GenMAPP.
- Web-based Annotation Intelligence: Hae dynaamisesti täydentäviä geeni- ja proteiinimerkintöjä. Pääset kohdistetuille tietosivuille välittömästi integroidun verkkokäyttöliittymän kautta ilman, että täytät manuaalisia verkkohakulomakkeita.
- Skaalautuva akateeminen raportointi: Vie korkearesoluutioisia, julkaisuvalmiita vektori- ja rasterikaavioita, jotka on optimoitu tieteellisiä lehtiä, esityksiä ja digitaalisia portfolioita varten.
Taulukkonäkymä
APP esittää tiedot eri väreillä kunkin signaalin kohdalla, jotta saat nopean yleiskuvan tiedoista.
Geenien ilmentymiä sisältävät polut
Tässä kuvakaappauksessa näkyy ladattu polku, joka yhdistetään suoraan lataamiisi tietoihin.
Geenin tiedot
Tässä kuvakaappauksessa pääset suoraan linkkeihin, joista saat lisätietoja kyselystäsi. Toisin kuin muissa ohjelmissa, voit napsauttaa linkkiä ja siirtyä suoraan tulossivulle täyttämättä verkkolomakkeita.
Päivitä polut
Helppo päivittää polkuja internetistä ilman aikaa vievää hakua.
Tuotteen yhteensopivuus: Ilmainen versio vs. GENOM 2005 Suite
Advanced Pathway Painter on erikoistunut itsenäinen työkalu, joka on johdettu kattavasta genomianalyysiohjelmistostamme. Alla on suora vertailu, joka osoittaa, kuinka tämä työkalu sopii tutkimusalueeseesi.
| Ominaisuus/metriikka | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | GSA GENOM 2005 Premium Suite |
|---|---|---|
| Lisenssimalli | 100% ilmainen / ilmaisversio | Kertamaksullinen lisenssi (yritys/akateeminen) |
| Reitin visualisointi | Täysin käytössä (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Täysin käytössä + Custom Pathway Architect |
| Tietojen kartoitus | Kvantitatiivinen geeni- ja proteiiniekspressio | Täysi mikrosiru, seuraavan sukupolven sekvensointi ja massamääritys |
| 3D-klusterianalyysi | Perus 2D-renderöinti ja -kartoitus | Edistyneet 3D-ilmaisukuvaajat ja sirontakuvaajat |
| Tietokannan ristiinlinkitys | Normaali Web-käyttöliittymän hyperlinkki | Syvät SQL-, PubMed- ja GeneOntology-integraatiot |
| Tekninen tuki | Yhteisöfoorumi ja vakiosähköposti | Ensisijainen 24/7 kehittäjätuki ja API-käyttö |
Usein kysytyt kysymykset (FAQ)
► Mikä Advanced Pathway Painter on ja miten se auttaa tutkimustani?
Se on omistettu bioinformatiikkaohjelmisto, joka visualisoi biologiset reitit ja integroi ne kvantitatiivisiin kokeellisiin tietoihin. Kartoittamalla numeeriset arvot reittikarttoihin, sen avulla voit välittömästi tunnistaa, mitkä biologiset prosessit ovat ylös- tai alasäädeltyjä näyteryhmissäsi.
► Mitä kokeellisia tietojoukkoja ja alustoja tuetaan?
Ohjelmisto käsittelee minkä tahansa standardinmukaisen kvantitatiivisen tietojoukon, mukaan lukien mikrosirutranskriptit (kuten Affymetrix-taulukot), RNA-Seq-määrät ja kohdistetut proteomiikkaprofiilit. Niin kauan kuin tietosi sisältävät tunnistettuja geenien tai proteiinien nimiä tai tunnusnumeroita, työkalu voi suorittaa kartoituksen.
► Pitääkö minun maksaa polkupäivityksistä tai tietokannan käytöstä?
Ei. GSA Advanced Pathway Painter on ilmainen sovellus. KEGG:n, BioCartan ja GenMAPPin automaattiset verkkopäivitykset ovat täysin ilmaisia, ja ne voidaan käynnistää suoraan ohjelmistopaneelista.
► Onko tämä ohjelmisto täysin yhteensopiva virtualisoitujen ympäristöjen kanssa?
Kyllä. Ohjelmisto on erittäin optimoitu, kevyt eikä vaadi suuria ulkoisia tietokantoja. Se toimii natiivisti kaikissa nykyaikaisissa Windows-käyttöjärjestelmissä ja Windows Server -versioissa. Lisäksi Mac- ja Linux-tutkijat voivat helposti ottaa sen käyttöön virtualisointikerrosten, kuten Parallels, Wine tai tavallisten virtuaalikoneiden, avulla.