Advanced Pathway Painter: Afficher les voies d'accès pour les expériences sur les gènes/protéines
Ce programme permet de visualiser les voies d'accès. L'utilisateur peut afficher n'importe quel type de données quantitatives provenant d'expériences sur les gènes et les protéines directement dans les voies (les couleurs représentent la valeur). Mise à jour automatique des voies à partir de KEGG, BioCarta et GenMAPP.
Ce logiciel gratuit permet de visualiser les voies(KEGG, GenMAPP, BioCarta...). L'utilisateur a la possibilité d'afficher n'importe quel type de données quantitatives provenant d'expériences sur les gènes et les protéines (par exemple, les puces à ADN d'Affymetrix) directement dans les voies (les couleurs représentent la valeur). Le lien entre les éléments de la voie et les données de l'expérience se fait par le biais des noms des gènes ou des protéines et de leurs numéros d'accès. En outre, l'utilisateur dispose d'un aperçu rapide du gène ou de la protéine grâce aux liens collectés dans l'interface web (liens directs).
Ce programme ne comprend qu'une petite partie des fonctions du logiciel GENOM 2005.
Ce programme ne comprend qu'une petite partie des fonctions du logiciel GENOM 2005.
- Superposition de données quantitatives : restituez directement les expressions génétiques différentielles et les concentrations de protéines au sein de réseaux biologiques établis (où les dégradés et les couleurs personnalisés représentent des valeurs numériques précises).
- Cartographie d'identification multiplateforme : associez automatiquement les composants de voies et les ensembles de données expérimentales à l'aide de symboles génétiques standard, de noms de protéines ou de numéros d'accès officiels à des bases de données.
- Comprehensive Database Integration: Instantly synchronize and update biological pathways via automated web interfaces connecting to premier public repositories, including KEGG, BioCarta, and GenMAPP.
- Intelligence d'annotation basée sur le Web : récupérez dynamiquement des annotations supplémentaires de gènes et de protéines. Accédez instantanément à des pages d'informations ciblées via une interface Web intégrée sans remplir manuellement les formulaires de recherche Web.
- Rapports académiques évolutifs : exportez des diagrammes vectoriels et raster haute résolution, prêts à être publiés, optimisés pour les revues scientifiques, les présentations et les portfolios numériques.
Vue du tableau
L'APP présente les données dans des couleurs différentes pour chaque signal, ce qui vous permet d'avoir une vue d'ensemble rapide des données.
Voies d'expression des gènes
Cette capture d'écran montre une voie chargée qui est directement combinée avec les données que vous avez chargées.
Détails du gène
Dans cette capture d'écran, vous pouvez accéder directement aux liens pour obtenir plus d'informations sur votre requête. Contrairement à d'autres programmes, vous pouvez cliquer sur un lien et accéder directement à la page de résultats sans avoir à remplir de formulaires web.
Mise à jour des voies d'accès
Mise à jour facile des voies d'accès à partir de l'internet, sans recherche fastidieuse.
Compatibilité du produit : version gratuite par rapport à la suite GENOM 2005
Advanced Pathway Painter est un outil autonome spécialisé dérivé de notre suite complète d'analyse génomique. Vous trouverez ci-dessous une comparaison directe montrant comment cet outil s'adapte à votre champ de recherche.
| Caractéristique/métrique | Peintre de parcours avancé GSA (APP) | Suite Premium GSA GENOM 2005 |
|---|---|---|
| Modèle de licence | Édition 100% gratuite / gratuite | Licence payante unique (entreprise/académique) |
| Visualisation du parcours | Entièrement activé (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Architecte de parcours entièrement activé + personnalisé |
| Cartographie des données | Expression quantitative des gènes et des protéines | Puce à ADN complète, séquençage de nouvelle génération et spécification de masse |
| Analyse de cluster 3D | Rendu et cartographie 2D de base | Graphiques d'expression 3D avancés et nuages de points |
| Liaison croisée de bases de données | Liens hypertextes standard vers l'interface Web | Intégrations Deep SQL, PubMed et GeneOntology |
| Assistance technique | Forum communautaire et e-mail standard | Support développeur prioritaire 24h/24 et 7j/7 et accès API |
Foire aux questions (FAQ)
► Qu’est-ce que Advanced Pathway Painter et comment peut-il m’aider dans mes recherches ?
Il s'agit d'un logiciel bioinformatique dédié qui visualise les voies biologiques et les intègre à des données expérimentales quantitatives. En mappant les valeurs numériques sur des cartes de voies, il vous permet d'identifier instantanément quels processus biologiques sont régulés positivement ou négativement au sein de vos groupes d'échantillons.
► Quels ensembles de données et plates-formes expérimentales sont pris en charge ?
Le logiciel traite n'importe quel ensemble de données quantitatives standard, y compris les transcriptions de puces à ADN (telles que les matrices Affymetrix), les décomptes d'ARN-Seq et les profils protéomiques ciblés. Tant que vos données contiennent des noms de gènes ou de protéines reconnus ou des numéros d'accession, l'outil peut exécuter la cartographie.
► Dois-je payer pour les mises à jour des parcours ou l’accès à la base de données ?
Non. GSA Advanced Pathway Painter est une application gratuite. Les mises à jour réseau automatisées de KEGG, BioCarta et GenMAPP sont entièrement gratuites et peuvent être déclenchées directement depuis le panneau du logiciel.
► Ce logiciel est-il entièrement compatible avec les environnements virtualisés ?
Oui. Le logiciel est hautement optimisé, léger et ne nécessite aucune base de données externe volumineuse. Il fonctionne de manière native sur toutes les éditions modernes du système d'exploitation Windows et de Windows Server. De plus, les chercheurs Mac et Linux peuvent facilement le déployer à l'aide de couches de virtualisation telles que Parallels, Wine ou des machines virtuelles standard.