Advanced Pathway Painter: Visualizzazione di percorsi per esperimenti su geni/proteine
Questo programma visualizza i percorsi. L'utente può visualizzare qualsiasi tipo di dati quantitativi provenienti da esperimenti su geni e proteine direttamente all'interno dei percorsi (i colori rappresentano il valore). Aggiornamento automatico dei percorsi da KEGG, BioCarta e GenMAPP.
Questo programma freeware visualizza i percorsi(KEGG, GenMAPP, BioCarta...). L'utente ha la possibilità di visualizzare qualsiasi tipo di dati quantitativi provenienti da esperimenti su geni e proteine (ad esempio, microarray di Affymetrix) direttamente all'interno dei percorsi (i colori rappresentano il valore). Il collegamento tra le voci dei percorsi e i dati degli esperimenti avviene tramite i nomi dei geni o delle proteine e i loro numeri di accesso. Inoltre, l'utente ha una rapida panoramica sul gene/proteina con i link raccolti nell'interfaccia web (link diretti).
Questo programma include solo una piccola parte delle funzioni del software GENOM 2005.
Questo programma include solo una piccola parte delle funzioni del software GENOM 2005.
- Sovrapposizione dati quantitativi: rappresenta direttamente le espressioni genetiche differenziali e le concentrazioni proteiche all'interno di reti biologiche consolidate (dove gradienti e colori personalizzati rappresentano valori numerici precisi).
- Mappatura ID multipiattaforma: collega automaticamente componenti del percorso e set di dati sperimentali utilizzando simboli di geni standard, nomi di proteine o numeri di accesso al database ufficiale.
- Integrazione completa del database: sincronizza e aggiorna istantaneamente i percorsi biologici tramite interfacce web automatizzate che si collegano ai principali archivi pubblici, tra cui KEGG, BioCarta e GenMAPP.
- Intelligenza delle annotazioni basata sul Web: recupera dinamicamente annotazioni supplementari su geni e proteine. Accedi istantaneamente a pagine di informazioni mirate tramite un'interfaccia web integrata senza compilare manualmente i moduli di ricerca web.
- Report accademici scalabili: esporta diagrammi vettoriali e raster ad alta risoluzione, pronti per la pubblicazione, ottimizzati per riviste scientifiche, presentazioni e portfolio digitali.
Vista della tabella
L'APP presenta i dati in colori diversi per ogni segnale, in modo da avere una rapida panoramica dei dati.
Percorsi con espressioni geniche
Questa schermata mostra un percorso caricato che viene direttamente combinato con i dati caricati.
Dettagli sul gene
In questa schermata, è possibile accedere direttamente ai link per ottenere ulteriori informazioni sulla propria richiesta. A differenza di altri programmi, è possibile fare clic su un link e accedere direttamente alla pagina dei risultati senza compilare moduli web.
Percorsi di aggiornamento
Aggiornamenti semplici dei percorsi da Internet, senza dover effettuare ricerche a lungo termine.
Compatibilità del prodotto: versione gratuita rispetto a GENOM 2005 Suite
Advanced Pathway Painter è uno strumento autonomo specializzato derivato dalla la nostra suite completa di analisi genomica. Di seguito è riportato un confronto diretto che mostra come questo strumento si adatta al tuo ambito di ricerca.
| Caratteristica/metrica | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | GSA GENOM 2005 Suite Premium |
|---|---|---|
| Modello di licenza | Edizione gratuita/gratuita al 100%. | Licenza a pagamento una tantum (Enterprise/Academic) |
| Visualizzazione del percorso | Completamente abilitato (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Completamente abilitato + Architetto di percorsi personalizzati |
| Mappatura dei dati | Espressione quantitativa di geni e proteine | Microarray completo, sequenziamento di nuova generazione e spettrometria di massa |
| Analisi dei cluster 3D | Rendering e mappatura 2D di base | Grafici di espressione 3D avanzati e grafici a dispersione |
| Collegamento incrociato di database | Collegamento ipertestuale dell'interfaccia Web standard | Integrazioni profonde di SQL, PubMed e GeneOntology |
| Supporto tecnico | Forum della community ed e-mail standard | Supporto prioritario per gli sviluppatori 24 ore su 24, 7 giorni su 7 e accesso API |
Domande frequenti (FAQ)
► Che cos'è Advanced Pathway Painter e in che modo aiuta la mia ricerca?
È un software bioinformatico dedicato che visualizza i percorsi biologici e li integra con dati sperimentali quantitativi. Mappando i valori numerici sulle mappe dei percorsi, consente di identificare immediatamente quali processi biologici sono sovraregolati o sottoregolati all'interno dei gruppi campione.
► Quali set di dati e piattaforme sperimentali sono supportati?
Il software elabora qualsiasi set di dati quantitativi standard, comprese le trascrizioni di microarray (come gli array Affymetrix), i conteggi di RNA-Seq e i profili proteomici mirati. Finché i tuoi dati contengono nomi di geni o proteine riconosciuti o numeri di accesso, lo strumento può eseguire la mappatura.
► Devo pagare per gli aggiornamenti del percorso o l'accesso al database?
No. GSA Advanced Pathway Painter è un'applicazione freeware. Gli aggiornamenti di rete automatizzati di KEGG, BioCarta e GenMAPP sono completamente gratuiti e possono essere attivati direttamente dal pannello del software.
► Questo software è completamente compatibile con gli ambienti virtualizzati?
SÌ. Il software è altamente ottimizzato, leggero e non richiede ingombranti database esterni. Funziona in modo nativo su tutti i moderni sistemi operativi Windows e sulle edizioni Windows Server. Inoltre, i ricercatori Mac e Linux possono implementarlo facilmente utilizzando livelli di virtualizzazione come Parallels, Wine o macchine virtuali standard.