Dette gratisprogrammet visualiserer pathways(KEGG, GenMAPP, BioCarta...). Brukeren har mulighet til å vise alle typer kvantitative data fra gen- og proteineksperimenter (f.eks. mikromatriser fra Affymetrix) direkte i stiene (farger representerer verdien). Koblingen mellom stielementene og eksperimentdataene gjøres via gen- eller proteinnavnene og deres aksesjonsnummer. I tillegg får brukeren en rask oversikt over genene/proteinene ved hjelp av de innsamlede lenkene i webgrensesnittet (direkte lenker).
Dette programmet inneholder bare en liten del av funksjonene fra programvaren GENOM 2005.
Dette programmet inneholder bare en liten del av funksjonene fra programvaren GENOM 2005.
- Kvantitativt dataoverlegg: Gjengi differensielle genuttrykk og proteinkonsentrasjoner direkte i etablerte biologiske nettverk (der tilpassede gradienter og farger representerer presise numeriske verdier).
- Tverrplattform ID-kartlegging: Koble automatisk banekomponenter og eksperimentelle datasett ved å bruke standard gensymboler, proteinnavn eller offisielle databasetiltredelsesnumre.
- Omfattende databaseintegrasjon: Synkroniser og oppdater biologiske veier umiddelbart via automatiserte nettgrensesnitt som kobles til de beste offentlige depotene, inkludert KEGG, BioCarta og GenMAPP.
- Nettbasert merknadsinformasjon: Hent dynamisk supplerende gen- og proteinkommentarer. Få tilgang til målrettede informasjonssider umiddelbart via et integrert web-grensesnitt uten å manuelt fylle ut nettsøkeskjemaer.
- Skalerbar akademisk rapportering: Eksporter høyoppløselige, publikasjonsklare vektor- og rasterdiagrammer optimalisert for vitenskapelige tidsskrifter, presentasjoner og digitale porteføljer.
Tabellvisning
APP presenterer dataene i forskjellige farger for hvert signal, slik at du raskt får en oversikt over dataene.
Veier med genuttrykk
Dette skjermbildet viser en innlastet bane som kombineres direkte med dataene du har lastet inn.
Detaljer om genet
I dette skjermbildet har du direkte tilgang til lenkene for mer informasjon om søket ditt. I motsetning til i andre programmer kan du klikke på en lenke og få direkte tilgang til resultatsiden uten å fylle ut webskjemaer.
Oppdateringsveier
Enkel oppdatering av baner fra Internett uten tidkrevende søk.
Produktkompatibilitet: Gratis versjon vs. GENOM 2005 Suite
Advanced Pathway Painter er et spesialisert frittstående verktøy hentet fra vår omfattende genomisk analysepakke. Nedenfor er en direkte sammenligning som viser hvordan dette verktøyet passer ditt forskningsomfang.
| Funksjon / Metrisk | GSA Advanced Pathway Painter (APP) | GSA GENOM 2005 Premium Suite |
|---|---|---|
| Lisensmodell | 100 % gratis / gratisvareutgave | Engangsbetalt lisens (bedrift/akademisk) |
| Veivisualisering | Fullt aktivert (KEGG, BioCarta, GenMAPP) | Fullt aktivert + Custom Pathway Architect |
| Datakartlegging | Kvantitativ gen- og proteinuttrykk | Full Microarray, neste generasjons sekvensering og massespes |
| 3D-klyngeanalyse | Grunnleggende 2D-gjengivelse og kartlegging | Avanserte 3D-uttrykksplott og spredningsplott |
| Krysskobling av databaser | Standard web-grensesnitt hyperkobling | Deep SQL, PubMed og GeneOntology integrasjoner |
| Teknisk støtte | Fellesskapsforum og standard e-post | Prioritert 24/7 utviklerstøtte og API-tilgang |
Ofte stilte spørsmål (FAQs)
► Hva er Advanced Pathway Painter og hvordan hjelper det forskningen min?
Det er en dedikert bioinformatikkprogramvare som visualiserer biologiske veier og integrerer dem med kvantitative eksperimentelle data. Ved å kartlegge numeriske verdier på banekart, lar det deg umiddelbart identifisere hvilke biologiske prosesser som er opp- eller nedregulert innenfor prøvegruppene dine.
► Hvilke eksperimentelle datasett og plattformer støttes?
Programvaren behandler ethvert standard kvantitativt datasett, inkludert mikroarray-transkripsjoner (som Affymetrix-matriser), RNA-Seq-tellinger og målrettede proteomikkprofiler. Så lenge dataene dine inneholder gjenkjente gen- eller proteinnavn eller tiltredelsesnummer, kan verktøyet utføre kartleggingen.
► Må jeg betale for baneoppdateringer eller databasetilgang?
Nei. GSA Advanced Pathway Painter er et gratisprogram. De automatiserte nettverksoppdateringene fra KEGG, BioCarta og GenMAPP er helt gratis og kan utløses direkte fra programvarepanelet.
► Er denne programvaren fullt kompatibel med virtualiserte miljøer?
Ja. Programvaren er svært optimalisert, lett og krever ingen store eksterne databaser. Den kjører naturlig på alle moderne Windows OS og Windows Server-utgaver. Videre kan Mac- og Linux-forskere enkelt distribuere den ved å bruke virtualiseringslag som Parallels, Wine eller standard virtuelle maskiner.