يقوم هذا البرنامج المجاني بتصور المسارات(KEGG، GenMAPP، BioCarta...). لدى المستخدم إمكانية عرض أي نوع من البيانات الكمية من التجارب الجينية والبروتينية (مثل المصفوفات الدقيقة من Affymetrix) مباشرةً داخل المسارات (تمثل الألوان القيمة). يتم الربط بين عناصر المسار وبيانات التجربة عبر أسماء الجينات أو البروتينات وأرقام انضمامها. علاوة على ذلك، يتوفر للمستخدم نظرة عامة سريعة على الجين/البروتين مع الروابط المجمعة في واجهة الويب (روابط مباشرة).
يتضمن هذا البرنامج جزءًا صغيرًا فقط من وظائف برنامج GENOM 2005.
يتضمن هذا البرنامج جزءًا صغيرًا فقط من وظائف برنامج GENOM 2005.
- تراكب البيانات الكمية: عرض التعبيرات الجينية التفاضلية وتركيزات البروتين مباشرة داخل الشبكات البيولوجية القائمة (حيث تمثل التدرجات والألوان المخصصة قيمًا عددية دقيقة).
- تخطيط المعرفات عبر الأنظمة الأساسية: ربط مكونات المسار ومجموعات البيانات التجريبية تلقائيًا باستخدام رموز الجينات القياسية، أو أسماء البروتينات، أو أرقام الوصول الرسمية إلى قاعدة البيانات.
- التكامل الشامل لقاعدة البيانات: مزامنة وتحديث المسارات البيولوجية على الفور عبر واجهات الويب الآلية التي تتصل بالمستودعات العامة الرئيسية، بما في ذلك KEGG، وBioCarta، وGenMAPP.
- ذكاء التعليقات التوضيحية المستندة إلى الويب: جلب التعليقات التوضيحية للجينات والبروتينات الإضافية ديناميكيًا. يمكنك الوصول إلى صفحات المعلومات المستهدفة بشكل فوري عبر واجهة ويب متكاملة دون الحاجة إلى ملء نماذج بحث الويب يدويًا.
- تقارير أكاديمية قابلة للتطوير: يمكنك تصدير رسوم بيانية متجهة ونقطية عالية الدقة وجاهزة للنشر ومُحسَّنة للمجلات العلمية والعروض التقديمية والمحافظ الرقمية.
عرض الجدول
يعرض التطبيق البيانات بألوان مختلفة لكل إشارة، بحيث يكون لديك نظرة عامة سريعة على البيانات.
المسارات ذات التعبيرات الجينية
تُظهر لقطة الشاشة هذه مسارًا تم تحميله يتم دمجه مباشرةً مع البيانات التي قمت بتحميلها.
تفاصيل الجينات
في لقطة الشاشة هذه، يمكنك الوصول مباشرةً إلى الروابط للحصول على مزيد من المعلومات حول استفسارك. على عكس البرامج الأخرى، يمكنك النقر على رابط والوصول مباشرة إلى صفحة النتائج دون ملء نماذج الويب.
مسارات التحديث
تحديثات سهلة للمسارات من الإنترنت دون الحاجة إلى بحث مكثف للوقت.
توافق المنتج: الإصدار المجاني مقابل GENOM 2005 Suite
يعد برنامج Advanced Pathway Painter أداة مستقلة ومتخصصة مشتقة من مجموعة التحليل الجينومي الشاملة. فيما يلي مقارنة مباشرة توضح كيف تناسب هذه الأداة نطاق بحثك.
| الميزة / متري | GSA رسام المسار المتقدم (APP) | GSA GENOM 2005 بريميوم سويت |
|---|---|---|
| نموذج الترخيص | إصدار مجاني/مجاني 100% | ترخيص مدفوع الأجر لمرة واحدة (مؤسسي/أكاديمي) |
| تصور المسار | ممكّن بالكامل (KEGG، BioCarta، GenMAPP) | ممكّن بالكامل + مهندس مسار مخصص |
| رسم خرائط البيانات | التعبير الجيني والبروتيني الكمي | ميكروأري كامل، تسلسل الجيل التالي والمواصفات الجماعية |
| تحليل الكتلة ثلاثية الأبعاد | العرض الأساسي ثنائي الأبعاد ورسم الخرائط | مؤامرات التعبير ثلاثية الأبعاد المتقدمة ومخططات التشتت |
| الربط المتبادل لقاعدة البيانات | الارتباط التشعبي القياسي لواجهة الويب | التكامل العميق مع SQL وPubMed وGeneOntology |
| الدعم الفني | منتدى المجتمع والبريد الإلكتروني القياسي | الأولوية لدعم المطورين على مدار 24 ساعة طوال أيام الأسبوع والوصول إلى واجهة برمجة التطبيقات |
الأسئلة المتداولة (الأسئلة الشائعة)
► ما هو برنامج رسام المسار المتقدم وكيف يساعدني في بحثي؟
إنه برنامج مخصص للمعلوماتية الحيوية يصور المسارات البيولوجية ويدمجها مع البيانات التجريبية الكمية. من خلال تعيين القيم الرقمية على خرائط المسار، فإنه يسمح لك بالتعرف على الفور على العمليات البيولوجية التي يتم تنظيمها بشكل أكبر أو التي يتم تنظيمها بشكل أقل ضمن مجموعات العينة الخاصة بك.
► ما هي مجموعات البيانات والمنصات التجريبية المدعومة؟
يقوم البرنامج بمعالجة أي مجموعة بيانات كمية قياسية، بما في ذلك نصوص ميكروأري (مثل صفائف Affymetrix)، وأعداد RNA-Seq، وملفات تعريف البروتينات المستهدفة. طالما أن بياناتك تحتوي على أسماء جينات أو بروتينات أو أرقام دخول معروفة، فيمكن للأداة تنفيذ عملية التعيين.
► هل أحتاج إلى الدفع مقابل تحديثات المسار أو الوصول إلى قاعدة البيانات؟
رقم GSA Advanced Pathway Painter هو تطبيق مجاني. تحديثات الشبكة الآلية من KEGG وBioCarta وGenMAPP مجانية تمامًا ويمكن تشغيلها مباشرة من لوحة البرنامج.
► هل هذا البرنامج متوافق تمامًا مع البيئات الافتراضية؟
نعم. تم تحسين البرنامج بدرجة كبيرة، وخفيف الوزن، ولا يتطلب أي قواعد بيانات خارجية ضخمة. يتم تشغيله أصلاً على جميع إصدارات نظام التشغيل Windows وWindows Server الحديثة. علاوة على ذلك، يمكن للباحثين في Mac وLinux نشرها بسهولة باستخدام طبقات المحاكاة الافتراضية مثل Parallels أو Wine أو الأجهزة الافتراضية القياسية.