GENOM 2005: Анализ микрочипов для массивов Affymetrix
Многофункциональное и удобное приложение для анализа экспериментов с массивами данных (например, от поставщика Affymetrix). Оно включает в себя дополнительную информацию о генах, множество методов анализа, автоматическое картирование путей с помощью редактора, предсказание функций...
Анализ ДНК с помощью микрочипов
Genom 2005 представляет данные разными цветами для каждого сигнала. Вы получаете быстрый обзор данных. В каждой строке представлены название гена и номер присоединения для каждого набора зондов.
График экспрессии генов
Это диаграмма с одним массивом. На ней показан столбик для каждого набора зондов.
3D-обзор
Вы можете отобразить каждый сигнал на массиве в 3D-виде. Сравнивая его с другим массивом, вы легко найдете интересные наборы зондов. Вы также можете сортировать сигналы по функции гена или его местоположению.
Расположение хромосомы
В этом представлении отображаются все наборы зондов, упорядоченные по их расположению на хромосоме.
Процесс экспрессии генов
На этом скриншоте показан график, где каждый зонд представлен линией. Он показывает повышение/понижение регуляции гена в разное время.
Вид на путь
На этом скриншоте показан загруженный путь, который напрямую сочетается с загруженными данными массива.
Редактор путей
С помощью встроенного редактора карт вы можете легко создавать новые или редактировать существующие маршруты.
Прогнозирование функций генов
Часто у вас нет информации о наборе пробников, потому что это EST или он не был проанализирован ранее. С помощью этого модуля вы можете получить новую информацию о зондах или пользовательских последовательностях с помощью поиска BLAST (онлайн). После этого будут показаны возможные новые функции генов.
Прогнозирование функций Подробнее
Подробная информация о предсказании функции.
Исследование PubMED
PubMED - крупнейшая в мире база данных с медицинскими статьями (размещена на сайте Ncbi). Данный модуль выполняет поиск в этой базе данных и возвращает результаты, соответствующие введенному термину (или гену).
Исследование MeSH
MeSH (Medical Subject Headings) предоставляет упорядоченные термины для улучшения поиска в PubMED, например.
Генная сеть
Взаимосвязь генов, описанных в аннотациях из PubMED, представлена здесь в виде диаграммы отношений.
Функции генов для микрочипов
Этот алгоритм представляет данные в виде таблицы со всеми функциями генов, которые вы ранее отфильтровали, или может быть выполнен для всего массива.
Генная онтология для массива
Это отображает функции генов в виде представления, подобного GeneOntology.
Информация о зондах
Диалог информации о гене. Здесь вы получите более подробную информацию по искомому запросу: последовательность, описание и т. д.
Подробная информация о наборе зондов
На этом снимке экрана вы можете напрямую перейти по ссылкам для получения дополнительной информации о вашем запросе. В отличие от других программ, вы можете нажать на ссылку и перейти непосредственно на страницу с результатом, не заполняя веб-формы.
Функции для Probeset
Еще один граф GeneOntology для функций гена из гена.
Исследование Интернета
На этом скриншоте вы видите прямые ссылки для получения дополнительной информации по вашему запросу. В отличие от других программ, вы можете нажать на ссылку и попасть непосредственно на страницу с результатом, не заполняя веб-формы.
Кластерный вид
Этот кластер можно легко составить. Он показывает наиболее одинаковые значения, попарно соединенные на графике.
Скаттерплот
Еще один вид из алгоритма кластеризации.