GENOM 2005: Análise de microarray para arrays Affymetrix
Aplicação rica em funcionalidades e de fácil utilização para analisar experiências de array (por exemplo, do fornecedor Affymetrix). Inclui informações adicionais sobre genes, vários métodos de análise, mapeamento automático de vias com um editor, previsão de funções...
Análise de ADN por microarray
O Genom 2005 apresenta os dados em cores diferentes para cada sinal. Tem uma visão geral rápida dos dados. Em cada linha é apresentado um nome de gene e um número de acesso para cada conjunto de sondas.
Gráfico de expressão de genes
Este é um diagrama com uma matriz. Mostra uma barra para cada conjunto de sondas.
Vista 3D
Pode visualizar cada sinal da sua matriz numa vista 3D. Ao compará-lo com outro array, pode facilmente encontrar conjuntos de sondas interessantes. Também pode ordenar os sinais por função ou localização do gene.
Localização do cromossoma
Esta vista apresenta todos os conjuntos de sondas ordenados pela sua localização no cromossoma.
Processo de Expressão Génica
Esta captura de ecrã mostra um gráfico em que cada conjunto de sondas é representado por uma linha. Mostra a regulação ascendente/descendente de um gene entre tempos diferentes.
Vista do percurso
Esta captura de ecrã mostra uma via carregada que é diretamente combinada com os dados da matriz que carregou.
Editor de percursos
Com este editor de mapas integrado, pode facilmente criar novos percursos ou editar um já existente.
Previsão da função do gene
Muitas vezes não tem informações sobre um conjunto de sondas porque se trata de um EST ou porque não foi analisado anteriormente. Com este módulo, pode obter novas informações de probesets ou sequências personalizadas através de uma pesquisa BLAST (online). Serão então apresentadas possíveis novas funções de genes.
Detalhes da previsão de funções
Detalhes sobre a previsão da função.
Investigação PubMED
A PubMED é a maior base de dados do mundo com artigos médicos (alojada no sítio Web do Ncbi). Este módulo pesquisa essa base de dados e apresenta resultados relevantes para o termo (ou gene) introduzido.
Investigação MeSH
O MeSH (Medical Subject Headings) fornece termos ordenados para melhorar as pesquisas no PubMED, por exemplo.
Rede de genes
A relação entre os genes descritos nos resumos do PubMED é apresentada aqui sob a forma de diagrama de relações.
Funções de genes para microarray
Este algoritmo apresenta os dados numa tabela com todas as funções genéticas dos genes filtrados anteriormente, ou pode ser efectuado para toda a matriz.
GeneOntology para uma matriz
Isto apresenta as funções dos genes numa vista semelhante à GeneOntology.
Informações sobre o conjunto de sondas
A caixa de diálogo de informações do gene. Aqui obtém mais informações pormenorizadas sobre a consulta pesquisada, como a sequência, a descrição e muito mais.
Detalhes do conjunto de sondas
Nesta captura de ecrã, pode aceder diretamente às ligações para obter mais informações sobre a sua consulta. Ao contrário de outros programas, pode clicar numa ligação e aceder diretamente à página de resultados sem preencher formulários Web.
Funções para o Probeset
Outro gráfico GeneOntology das funções genéticas do gene.
Pesquisa na Internet
Nesta captura de ecrã, pode ver ligações diretas para obter mais informações sobre a sua consulta. Ao contrário de outros programas, pode clicar numa ligação e ir diretamente para a página de resultados sem preencher formulários Web.
Vista de cluster
Este agrupamento pode ser feito facilmente. Mostra os valores mais iguais emparelhados num gráfico.
Gráfico de dispersão
Outra vista do algoritmo de agrupamento.